在朱载坖命令之下，朝廷各部都开始运转起来了，在朱载坖的命令之下，大量的官军和粮秣开始的调动起来，同时李如松奉调北上，在路上李如松向朱载坖上疏，请求出征女真，同时陈述了自己的方略，李如松认为，揍个努尔哈赤哪需要这么麻烦，拣选五千精骑，他李如松亲自带兵，直接横扫女真，朱载坖对于李如松的奏疏没有作出回应，而是要他立即到任参谋军务总署。
而安东都护府也向朝廷奏报，一些仍旧忠于倭王的大名公推毛利家起兵反叛，现在安东都护府已经调集官军和忠于大明的土司们发兵讨伐毛利隆景，方逢时和刘綎向朝廷奏报，起兵反抗大明的倭国大名的人数大约在五六万之数，虽然从总兵力上来说，远远不是安东都护府的对手，但是这些人比较聚集起来还是数量不少的，在这种情况之下，朝廷的精力显然是被西北、东北两场战事所吸引了，对于倭国，朱载坖的态度就是严加诛戮，既然敢于挑衅大明就必须承担相应的代价，这点是不容多说的。
朱载坖命令安东都护方逢时和提督军务刘綎，对于毛利隆景严加诛戮，同时将石见银山直接收归朝廷所有，拓张大明在倭奴都统使司的势力，而对于朝廷内部的一些反对声浪，朱载坖现在必须要予以处理了，现在朝廷上下对于此事的讨论是极为热烈的，官员们纷纷上疏阐述自己的意见。
对于现在的情况，很多官员们表示担忧，大明同时在西北、东北、倭奴、安南都有战事，这是从来没有过的事情，很多官员们认为国虽大，好战必亡，从朱载坖即位以来，用兵不断，虽然大多数以官军取得胜利而告终，但是实际上也对大明的国力始终是一种损耗，他们以汉武帝作为例子，想要警示朱载坖。
他们援引历代史家的话对于朱载坖加以劝谏：“武帝虽有攘四夷广土斥境之功，然多杀士众，竭民财力，奢泰亡度，天下虚耗，百姓流离，物故者半。蝗虫大起，赤地数千里，或人民相食，畜积至今未复。亡德泽于民，不宜为立庙乐。昔秦皇、汉武，外则穷极兵戈，内则崇侈宫室，人力既竭，祸难遂兴，彼岂不欲安人乎？失所以安人之道也。”
甚至用唐太宗的话对朱载坖加以劝谏，当年唐太宗评价汉武帝说道：“近代平一天下，拓定边方者，惟秦皇、汉武。始皇暴虐，至子而亡；汉武骄奢，国祚几绝。穷兵三十余年，疲弊中国，所获无几。”
对于这些奏疏，朱载坖一概予以留中不发，全当狗叫，朱载坖很清楚，他们对于战争性质和战争后果并不是很了解的，很多官员就是认为开战就损耗国力，是不得已而为之的办法，这点在中国历代已经是被验证了的，中国一直以来最大的外敌就是北方草原，从秦汉到大明，皆是如此。
中原强大的时候不管是秦皇汉武，还是唐太宗乃至于本朝的太祖、成祖，对于草原上的游牧民族自然是大加挞伐，追亡逐北，可以使得草原消停不到百余年的光景，但是一旦中原王朝虚弱了下来，这些草原上的少数民族肯定就是会直接对中原加以掳掠，甚至于改朝换代，这并不稀奇。
历代的雄主们对于此事似乎也没能够找到合适的办法，因为中原王朝出兵草原，其实是一件极为损耗国力的事情，这点朱载坖并不否认，无论是汉武帝对匈奴，唐太宗对突厥，乃至于成祖对于蒙古的征讨，固然能够在一段时间内起到效果，但是要想追根溯源，恐怕很难的。
究其原因，中原王朝的战争成本太高，对北方少数民族的征讨有没有任何收益，在这种情况下，这种征讨是不可能长期持续的，这点朱载坖是很清楚的，一旦战争长期化，对于中原王朝来说是极为不利的，不仅仅是战事的拖延，钱粮的消耗，对于中原王朝来说，还会导致农业生产秩序的破坏，这点对于中原王朝来说是最可怕的事情，所以在这种情况之下，形成了一个观点，就是战端不可轻启。
朱载坖知道，在很多大明官员们的心目中，朱载坖就是一个轻启边衅的人，从朱载坖即位以来，用兵几乎就没有停止过，不管是对内镇压各种反叛，还是对外用兵，朱载坖在用兵这个问题上是从不啰嗦的，当然朱载坖麾下有一帮能征惯战的武将，不管是老一代的马芳、戚继光、李成梁、刘显还是新一代的李如松、刘綎、俞咨皋等人，他们确实都是当世一流的武将，同时在朱载坖的整顿之下，大明朝廷的财力加强，能够支应大军的征战，这也是一个极为重要的因素。
在这种情况之下，官员们认为朱载坖是在频繁用兵，虚耗国力，但是朱载坖认为，只要能够控制好战争的规模，同时战争能够向大明提供足够的好处，对于朝廷来说用兵并不是一个只会消耗国力的事情，是否用兵，在什么情况下用兵，这些问题必须要做个了断，大明必须纠正一直的看法，大明的敌人不仅仅是北虏，不能将对北虏的用兵和其他地方的用兵混为一谈。
对于此事，朱载坖还是很重要的，朱载坖决定以国务会议的形式对此事进行说明，在之前朱载坖对于内阁的改组中，在内阁下有一个特殊的机构，就是国务会议，原本是内阁、部院重臣们共商国事的一个机构，规格高于廷议和朝会，同时保密性强，朱载坖决定召集大规模国务会议，朱载坖亲自主持，召集内阁辅臣、军机大臣、部院侍郎、副都御使以上官员，以及朝廷各寺、监、总署堂官等，一道在文华殿商量机务。
朱载坖和皇太子、皇太孙以及勋臣、亲臣们一道参与。