而在大明介入西域之后，沙汗的势力就更加受到打击，一方面是大明不断收复原本的领土，另一方面是叶尔羌的不断打击，势力日益消亡，在官军重新将吐鲁番夺回之后，满速儿这一支的势力已经消亡殆尽了，真正对于官军构成严重威胁的是叶尔羌。
在叶尔羌汗国达到鼎盛时期疆域包括天山南部、巴尔喀什湖以东、以南地区费尔干盆巴达克山、和瓦罕地区，有兵五六万，不过和满速儿的政权一样，叶尔羌汗国内部也是矛盾重重，阿不都克里木之后是拉失德的五子穆罕默德称汗。穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击，在大明的压力之下，才拥立了新可汗阿不都里提夫准备对抗大明。
不过即便是如此，叶尔羌汗国内部的斗争也依然没有停止，据吴兑等人得到的情报，针对汗位的争夺远没有结束，这也是所有游牧部落的通病，叶尔羌汗国也是如此，他的汗位继承有很深刻的蒙古风气，按照蒙古人的传统观念，汗国不是君主个人的私产，而是属于整个家族。因此，蒙古统治者采取族内择长的继承制，具体地说，就是兄终弟及，若同辈兄弟全部去世，从子侄辈中再择年长者依次继位。
这就极易导致国家内部的动乱，虽然这种继承法常见于各游牧民族。在聚族而居的游牧生活，与具有军事民主特征的部落体制中，择长继承可以最大限度地维系庞大的部族成员，增强家族凝聚力，也可避免幼儿即位的混乱局面。但这种制度的缺陷也很明显。可汗也有人之常情，会对自己儿子有所偏爱。而可汗的儿子在父亲死后，自然也希望继位的是自己。因此，游牧民族政权极易产生内乱，叶尔羌汗国中期就是由此衰落。
而且除了这些有关叶尔羌汗国内部的斗争之外，朱载坖关心的还有一个重要的问题，就是叶尔羌汗国的军事力量问题，虽然叶尔羌号称有十万之兵，但是实际上远没有这么多的兵力，经过吴兑等人的多方查探，认为叶尔羌汗国的精兵应在两三万之数，战时动员各个部落兵力，可能有六七万之数，不过他们的兵力可能无法集中到一起，当然官军的兵力也受限于后勤。
朱载坖批准了李成梁的方略，命令进兵玛纳斯，但是朱载坖作为皇帝必须要思考官军下一步的行动，官军是继续北上还是南下，这个问题是很重要的，朱载坖为此专门召见了军机大臣们商量此事，对于北上，军机大臣们还是有些顾虑的，李成梁本人在奏疏中也认为北上对于现在的官军来说风险太大，后勤保障的难度太大，而且北方更加苦寒，从庭州到阿尔泰，中间是古尔班通古特沙漠，对于官军的后勤补给来说，难度极大，而蒙古人则可以以逸待劳，对于官军来说是极为不利的。
而如果南下的话，沿天山南下，一路上水源至少是有保证的，同时西域南部也一直存在绿洲农业，可以为大明官军提供一些给养，减少朝廷在后勤上的负担，同时南部城市也相对比较多，气候也相对比较好，对于官军来说进攻的难度小一些。
朱载坖当然知道这些道理，但是卫拉特部的问题还尚未解决，在这种情况之下朱载坖认为认为官军还不能够轻易南下，必须保持对卫拉特四部的军事压力，同时通过外交斡旋将阿尔泰地区纳入大明的管辖之中，这点是非常重要的，只有将阿尔泰地区纳入大明的管辖之后，官军才能够没有后顾之忧大举南下。
而朱载坖很清楚，朝廷不仅仅要通过军事手段，外交手段也是很重要的，除了通过土默特部联系和硕特部之外，朱载坖认为还要实施合纵连横，朱载坖拉拢的对象是哈萨克汗国，哈萨克汗国原本也是西域的大国，曾经是金帐汗国的附属，随着金帐汗国的衰落，哈萨克人得以独立。
在大明初年的时候，哈萨克人利用阿不勒海尔汗在往征哈萨克汗国途中丧生，乌兹别克汗国内乱时，征服东钦察草原各游牧部落，并乘机占领锡尔河流域的卡腊套山大部分地区。附近哈萨克部落纷纷归附，逼使乌兹别克汗国继位者穆罕默德·昔班尼汗逃往帖木儿帝国的土耳克斯坦城。
随后哈萨克汗国继续扩张，又率军攻土耳克斯坦城，迫昔班尼逃往布哈拉汗国。随着军事的胜利，其领土不断扩展至巴尔喀什湖西北广大草原及以南的楚河、塔拉斯河流域，直至中亚塔什干、安集延、撒马尔罕等地。并不断与南迁的乌孜别克人和察合台汗国中从游牧转向定居的蒙古人融合，人口增至20余万。
哈萨克汗国极盛时期占有较大领土，他们居住地区名为钦察草原，分大玉兹、中玉兹、小玉兹。又称大帐、中帐、小帐。中帐在哈萨克中部高地，小帐在乌拉尔河至里海，大帐在巴尔喀什湖以西至突厥斯坦。小帐也吸收不少诺盖人。东至额尔齐斯河、北至伊施姆河、图尔盖州、鄂木斯克，西至里海，南及锡尔河。哈斯木汗时代人口百多万，兵力三十万。
不过随着瓦剌的西迁，哈萨克汗国的好日子就结束了，蒙古达延汗势力强大，击败瓦剌大军，迫使其向西逃窜至哈萨克草原。而瓦剌部要求和哈萨克共享草场，哈萨克人拒绝此提议：尽管昔日同属一体，但现今已各自独立，草原不可随意划分予你们。
随后就是卫拉特四部和哈萨克人长期的征战，而为了支持和硕特部，土默特部也亲自下场，俺答汗曾经派切尽黄台吉西征行兵于托克摩克（碎叶城），于实喇摩楞地方击败阿克萨尔汗，掠取属众，并掳获秋格依福晋，青巴图尔收为己妻。使得哈萨克人不得不将阿尔泰的草原让出来。