在朱载坖明确说明了此事之后，朱载坖详细和内阁以及军机处商量支应着两场战事的办法，现在大明正在或者有可能进行的战事主要有三场，西域、安南和倭国，从规模大小来说，最大的肯定是西域，其次倭国最后才是安南，对于大明来说，对于这三场战事要采取不同的办法。
对于西域，是全力支持吴兑和李成梁，一方面迁移卫所，开展屯垦，另一方面运输粮秣，修筑城池，总之目的就是为了讨平西域，巩固大明在西北的边防，而对于倭国则是剿抚并用，尽可能的控制倭国的战事规模，朱载坖在和军机大臣们商量了之后，给方逢时和刘綎下达了诏令，朝廷在短期内是不可能大规模再向倭国增兵的，所以安东都护府在处理倭奴都统使司事务的时候要讲究策略，对于愿意接受大明官职，成为土司，世守其地的，给予官爵，加以安抚，对于心怀叵测，对抗天兵的，要予以坚决镇压，保障朝廷在倭国的利益不受损，同时控制战事规模。
而对于安南，则是要大军进剿，消弭安南的反抗势力，迅速安定安南的局势，同时朱载坖还和军机处商量实施更戍制度，将内地各镇、各都司、行都司、留守司的兵力按照距离远近轮流向这三个地方实施轮换，一来是锻炼官军各部的战斗力，二来就是增强这些地域的作战兵力。
在朱载坖的命令下直隶、山西、河南、陕西、甘肃、宁夏各镇各都司增援西域，辽东、山东、南直、浙江、福建和湖广部分兵力增援安东都护府，江西、广东、云南、四川、广西、贵州和湖广部分兵力增援交趾和安南，根据各省直的实际情况，从各都司和各镇中抽调兵力，凡是参与增援的士卒，增发军饷一元，行粮本色七斗，折色钱四百文，立功的，优先予以晋升或者是选送武学进修之后授官。
同时将南京京营、中都留守司、兴都留守司的兵力集中起来，配置到各要害地区加强防备，除此之外，对于大明来说最重要的还是粮储问题，之前朱载坖任命原总督仓场杨俊民为司农院卿，负责朝廷的粮储管理，杨俊民经过仔细的核查之后向朱载坖奏报，现在大明的粮秣仍旧不足。
在北方由于之前的旱灾和朝廷对西北的用兵，导致河南、陕西等省份的仓储不足，而在南方，苏松等地虽然看似仓储不少，但是由于人口众多，也还是非常之危险的，杨俊民就此事特地提醒朱载坖，他认为苏松和广州、杭州等地，作为现在大明沿海的重要商业港口，工场众多，人口稠密，粮储之事尤其要上心，这些地方虽然原来是产粮区，但是由于现在人口滋生之后，粮食供应都需要仰仗外地，而这些地方尤其需要保证仓储，同时北方、辽东等地的仓库也都需要补充粮秣，杨俊民建议，增加从暹罗、占城等地进口粮食的数量，同时将缅甸等地的粮食内调。
其实大明在控制了缅甸等地之后，在粮食生产上还是很不错的，大明在缅甸各个卫所和百姓所屯垦的粮食，每年的产量是不小的，但是要想把这些南方的粮食向北方运输，确实是一件极为麻烦的事情，尽管通过海运是比较划算的办法，但是缺粮的地方很多都是在内陆，转运确实是极为不方便的，同时缅甸也需要修整河道，同时有朝廷出面加强南粮北运。
之前朝廷是通过减免关税的形式刺激这些商人运输粮食，之前朝廷的规定是：“带米一万石以上者，着免其船货税银十分之五；带米五千石以上者，免其税银十分之三。”
但是在实际执行的过程中，这些商人很快就发现了漏洞，这些商人利用朝廷的优惠政策，偷逃税款：“许多船商象征性地装载少量大米，使船运合法化，而夹带大量的香料、苏木、铅、锡等货。米不满5 000石，货可值数十万。”同时在其中还滋生了很多腐败行为，所以朱载坖准备调整这些政策，同时朝廷也要介入此事，以朝廷的力量组织大规模的粮食运输，保证朝廷的仓储不空虚，这点是非常之重要的。
同时通过朝廷购买的方式，稳定暹罗、占城、缅甸等地的粮食种植，使得这些地方能够稳定的为大明提供粮食，这是极为重要的，当然也要保障运输的便利，为了转运这些粮食，朝廷不仅仅要制造大量的船只，同时也要保证航道的通畅，主要就是缅甸的水路和从长江口到湖广的水道，对于这两条重要的水道，朝廷要予以维护，保障他们的通畅。
同时杨俊民在和这些粮商以及地方督抚们商量了之后决定实施梯次转运的办法，对于各个沿海城市，自然是直接由船只予以运输，这样是最方便不过的事情了，同时要发挥长江水道和湖广九省通衢的作用，现在最缺粮食的地方主要就是西北了，而朝廷主要的粮秣调运方向也就是西北和京师，而对于西北的粮食补给，主要是两条道路。
第一就是海运到天津然后转运到京通仓，然后经由京通仓实施梯次转运，以开中或者是朝廷雇佣的形式经由直道通过河南、山西和蒙古等省份向西北各省予以补充，第二条道路就是海运到松江府，然后通过松江府换内河航运抵达湖广，从湖广经由陆路向河南、陕西等省份予以发运，补充这些省份的常平和备荒仓。
杨俊民希望通过这两种方式每年能够向西北各省调运粮秣以四百万石，不仅仅补充常平、备荒仓，还能够有力的保证西征大军的军粮，支持朝廷在西域的屯垦等事项，朱载坖同意了杨俊民的建议，命令安南都护府和暹罗、占城等国商量增加大明采购粮食的数量，保证朝廷仓储所需。