对于朱载坖的这个想法，重臣们也丝毫不意外，甚至于一些重臣们也认为应当予以改革，统一学制和考核是科目，作为大明选拔人才的方式，朱载坖认为应该将乡试和会试科目予以统一，同时对于科举考试的内容也要予以修改，朱载坖认为八股已经足够考察应试举子的文字能力，至于诗词等，就不必再考了。
这点也得到了重臣们的赞同，八股本身对于考生的文字能力要求就不低，八股文章的严密逻辑和工整对仗。在极其严格的形式下，练习出优美的文章，能够锻炼人的智力。而在命题作文的特定情况下，能够作出逻辑严密、辞藻华丽的文章，的确需要相当的文学修养。既然已经考了八股，诗词就不必再考了，重复测试，没有任何意义。
朱载坖认为仍旧维持乡试和会试的三场比试，同时对于考试科目予以调整，第一场仍旧是八股，四书一篇和本经一篇，而第二场则是策论和公文写作，策论一文，然后就朝廷的公文写作进行考核，而最后一场的变动最大，朱载坖认为将第三场改为常识考试，朝廷选拔的事能够治国理政的官吏，不是寻章摘句的腐儒，所以必须具备相应的常识，才能够为朝廷官吏，所以必须要对他们的常识予以考核。
不仅仅包括对于大明律和大明律例集解还有算学、物理、农政、水利的常识，都要加以考核，以保证朝廷所选拔的官员是有真才实学的，同时实施计分考核制度，将三场考试在科举的比重予以确定，第一场自然是最重的，八股占四成，策论、公文占三成，常识占三成，每场考试的分数以十分为率，六分及格，不及六分则直接予以淘汰，然后将三场分数按照比例折算之后以总分排名录取，这样能够尽可能的保证朝廷科举的公平和所选取的人才能够为朝廷所用。
虽然现在举人和吏员出身的官员数量在增加，但是对于大明来说，进士仍然是最重要的取士途径，毕竟绝大多数的朝廷四品以上官员尤其是部院堂官和内阁辅臣，都是进士出身，所以进士科对于朝廷仍然是非常之重要的，所以朱载坖很重视进士科，亲自组织对于进士科的改革，申时行认为朱载坖的改革措施是合理的，但是不能够这么快的推动，要给天下的读书人以适应的时间才行，否则的话，科举考试的改动太大，士子们无法立即适应，恐怕会引起事端的。
朱载坖认为必须立即实施，大明已经是时不我待了，科举选官，关系到朝廷的吏治，是不能有所等待的，朱载坖说道：“天地不仁以万物为刍狗，圣人不仁以百姓为刍狗，朕不能因为这些士子们不能适应，就使得朝廷受到拖累。”
朱载坖任命王世贞为学部尚书，专门负责此事，对于科举予以改革，同时将科举相关的事宜要尽快落实，从最近一次的乡试和会试中就开始推行，朱载坖下达上谕，在头三次的科举中，适当降低难度，但是之后就要恢复难度的，经过改革之后的乡试和会试，虽然八股仍旧占据主要的地位，但是其核心地位已经丧失了，不再具有定去留的性质了。
而三场的地位同样重要，因为根据新的制度，三场中只要有一场不及六分，就要予以淘汰，所以三场同样重要，朱载坖命令王世贞制定科举则例，详细规定科举考试的制度，对于朱载坖的科举改革，很多士子们当然是不干的，因为这样一来，科举的难度成倍增加，原来那种以程文取巧的办法就完全行不通了，甚至有传闻生员们准备罢考以示抗议，不过朱载坖明发上谕，凡是扇惑人心，煽动罢考对抗朝廷的，首犯以谋逆论处，从犯俱发西域军前陷阵，参与者革除功名，永不叙用，以强硬手段对付这些人。
申时行等人上疏求情都被朱载坖予以申斥、罚俸了，朱载坖现在就是要大刀阔斧的推动改革，争取将很多事情在自己这里有个了断，对于常识的出题，由律例馆会同格物院、司农院等衙门一道，务必要考察士子的常识水平，把那些酸儒、腐儒筛选出去。
而对于朱载坖来说，最重要的还是对于军事体制的改革，现在大明在军制上实际是二元体制，即五军都督府领导的都司卫所官军和练兵军务处领导的镇协常备官军，虽然兵部是军政机关，但是实际上的军令机关是两个，即五军都督府和练兵军务处，在地方上也是如此，各都司、行都司、留守司和下属的卫所构成了五军都督府的管理体制，而以提督、总兵等构成了镇协官军的指挥管理体制。
朱载坖一直在思考的事情就是是否应当建立起一个统一的军令机关，方便统一指挥官军，从长远来看，镇协官军是必然会取代卫所的，倒不是说卫所会消失，而是都司卫所的军事职能会越来越低，实际上从朱载坖即位以来的一系列举动上，也说明了卫所的军事职能在逐步降低，尽管现在卫所仍旧是镇协官军军官和士卒的主要来源，但是卫所本身所承担的军事任务已经是越来越低的，卫所的主要任务在于控制边境地区，进行屯垦等事情，而不是直接遂行军事任务，内外征战都更多的依靠镇协官军，这点已经是不争的事实了。
所在这种情况下，朱载坖也确实是要好好的思考这个问题了，应该建立一个怎样的军事机构，军政、军令分离自然是极为重要的，既要实施将不专兵，防止出现藩镇等情况，也要防止出现前宋的情况，保证军队的战斗力和指挥顺畅，同时也要保证朝廷和皇帝对于军队的掌握，再加上现在安南和西域的战事没有停止，所以朱载坖对于此事还是十分之慎重的。