不过大明和土默特部在怎么处理卫拉特部的问题上，还是有一些分歧的，土默特部希望大明能够支持土默特部成为真正的蒙古之主，将卫拉特蒙古置于土默特大汗的管理之下，壮大土默特部的声威，而这显然不是朱载坖和大明所希望看到的，尽管土默特部现在和大明的关系非常之好，土默特部队大明也非常之恭顺，但是朱载坖从不因为土默特恭顺而放松警惕，宣大、蓟辽、大宁、开平等镇依旧是官军在北方重点设防的地区，在没有彻底消弭蒙古对于大明的威胁之前，朱载坖不会放松对于蒙古的防备的。
为此朱载坖还召集了内阁、部院和在京四品以上官员，举行廷议，在外督抚也可以就怎么经略蒙古一事向朝廷上疏，兵部尚书梁梦龙就指出，如何消除蒙古诸部重新联合的可能性，化整为零，使原先以部落为单位自由放牧的蒙古人被严格固定在自己的小块住牧地内，不能形成全民族统一的地方政权，也就不可能产生全民族共同的领袖，这样的话，才能够彻底消弭蒙古人的威胁，使得朝廷能够长治久安。
对于梁梦龙的这个观点，朱载坖表示同意，朱载坖明确表示，大明和蒙古的关系，不是宗藩关系，而是君臣关系，顺义王是大明臣子，他治下的百姓也是大明百姓，他所领有的住牧地，也是大明的领土，这点是毋庸置疑的，虽然现在顺义王在土默特内部仍旧拥有很强大的力量，但是中原王朝在怎么消弭地方势力这个问题上已经是拥有太丰富的经验了。
核心思想就是重建而分其势，这是自从两汉以来百试不爽的套路了，但是蒙古毕竟和中原是不同的，这点朱载坖还是要求大臣们要制定相关方案的时候要予以考虑，朱载坖认为，现在的蒙古，其内部贵族势力还相当之庞大，不能轻举妄动，否则的话会逼反这些蒙古贵族了，这对于大明来说就是得不偿失的。
所以现在大明的总体策略就是在不改变蒙古原有土地和习俗的基础上，对其原先以血缘关系为纽带的大部落的住牧地进行划分，同时原各部的台吉等各级蒙古贵族根据其归附大明的早晚、忠顺程度、功绩等方面或授予实缺、或授予虚衔，取消其原本的统治关系，变成了朝廷管辖下的臣民，直接效忠于大明。
实际上就是先变相架空顺义王，从名义上来说，顺义王从土默特部之主变成了整个蒙古的大汗，地位尊崇了，但是大明要对于蒙古各部的台吉们加以分封赏赐，同时这些台吉们也就获得了双重身份，一方面来说他们是蒙古各部的台吉，是顺义王麾下的蒙古贵族，但是从另一方面来说，他们又是大明的官员，可以直接向大明皇帝或者相关的办事大臣上疏，接受大明皇帝或者是钦差办事大臣的管理，瓦解顺义王对于蒙古各部的控制。
这点是非常之重要的，朱载坖很清楚，即便是在土默特部，各部之间为了争夺草场等，一样冲突不断，刀兵相向是极为正常的事情，最终朝廷要达到的结果就是加强朝廷在蒙古的统治，使蒙古各部逐渐同化于大明朝廷之中。只要能够实现对蒙古各部划定游牧地界和编审地方户口，随后即任命官员进行管理的话，大明对于蒙古的控制也算是非常是完美的。
当然，此事不可能是一蹴而就的，不过朱载坖现在能够将此事开头，加强对于蒙古的控制，这点是非常之重要的，朱载坖还和重臣们还有太子商定了和土默特部进行谈判的方略，大明可以支持土默特部成为整个蒙古的大汗，但是土默特部也必须答应大明的条件才行。
第一，土默特部出兵协助大明经略西域，同时迁移部分部落到西域去，掺杂在卫拉特部中，作为大明的耳目。
第二，大明向西域补充粮秣，要借道土默特部，大明要在沿途设立驿站等设施，并且派驻官军，土默特部要予以协助。
第三，大明要对于土默特部的大小台吉们，根据出兵人数的多少，予以封赏，除了赏赐钱粮、茶叶等物资之外，还有就是予以封赏，为这些台吉们按照出兵人数的多少和对大明的恭顺程度，授予官职，仍旧管理自己麾下的部落。
第四，为了协调大明和土默特部之间的各项事宜，朝廷要派驻办事大臣一员，驻节板升，负责边务、互市、司法、驿站等事项的管理，因为随着俺答封贡以来，大明和蒙古的关系缓和，大明商人的足迹就更远了，不仅仅是和土默特部之间进行互市，甚至还北上喀尔喀部，对于这些互市，朝廷认为应当加强管理。
所以要派遣办事大臣，驻节板升，由于内地商民即有出口北到外蒙古互市贸易的情况。监督内地商民之责其实与互市贸易有连带关系。内地商民赴口北贸易，都要经理藩院发给院票。由办事大臣予以管理才行，同时办事大臣还负责管理与活佛的关系，作为朝廷所册封的格鲁派宗教领袖，活佛也是要定期朝见天子，才好分清楚大小王。
如果活佛要朝觐天子，必须通过办事大臣奏报朝廷同意后，由顺义王和办事大臣衙门派兵护卫到内地，与内地督抚交接清楚之后，再前往京师朝觐天子，同时办事大臣的重要职能就是负责活佛转世的相关事宜，按照皇帝旨意，办事大臣参照达赖喇嘛和班禅额尔德尼圆寂和转世的例证，办理蒙古各大小活佛圆寂及其活佛转世的相关事宜。
同时负责部分案件的审理，直接审理有关内地民人的案件，还有就是协助顺义王调停蒙古各部之间的争端，避免刀兵相向，还有就是协调蒙古和大明边镇之间的各种事宜，防止出现误会。