要整顿军屯，其实是朱载坖早就想做的事情了，之前由于朝廷要用兵，同时其他事情的重要性是远远高于整顿军屯，而且整顿军屯是有极大的风险的，刘瑾当年不就是想整顿军屯，结果下场是什么就不必多说了吧。这些卫所军官们侵占屯田，隐占为业，祖孙相继，盘踞自如，这些确实是不争的事实，但是他们之前确实是大明官军中的基础力量，一旦动了他们，是会引起军中的不安的，之前刘瑾之败，就是由于刘瑾激起了这些卫所军官们的反抗，直接整出了安化王叛乱，最终导致了刘瑾的败亡。
所以至此之后，对于军屯的整顿在大明就成为了一个极为尴尬的事情，尽管朝廷上下都很清楚卫所军屯的弊病，但是大家都不敢轻易动手，即便朱载坖即位之后，大力整顿军队，所做的事情仍旧是进一步先限制这些卫所军官们兼并土地，保住现有的军屯数量，同时对于卫所军户予以优抚，提高卫所军户的待遇，遏制了军户逃亡的风潮。
朱载坖的这些措施应该说还是有很大的效果的，至少遏制住了军屯进一步减少的可能，同时也遏制住了军户逃亡的风潮，现在由于军户的待遇相对比较好，所承担的赋税也比较少，因为军户之承担田赋，免于缴纳徭役折色，在这点上卫所的军户反而比之普通百姓所承担的赋税要轻一些，而且家中要是有脱产服役的军士，还能够获取赋税的减免，通过这种办法，朱载坖提高了卫所军户的待遇和吸引力，将从大明建国以来就产生的大量卫所士卒逃亡这个问题予以解决了。
而现在朱载坖要解决的军屯的问题，朱载坖首先以河西、陇右、河套等地的卫所为这次军屯和卫所制度改革的地方，而卫所改革的第一步就是对于卫所军官们的改革，之前按照太祖成祖的想法，这些功臣子弟世袭军职，既是朝廷对于功臣的优待，也是保证军队可靠的一个重要手段，通过实施卫所军官世袭制度，使得大明官军能够稳定可靠，但是随着时间的推移，世袭军官把持卫所，私役军士，并且他们的数量越来越庞大，朝廷已经很难养得起他们的。
所以从世宗朝开始，朝廷就开始有意识的控制这些世袭军官的数量了，在张璁等人的主持之下，朝廷将世袭军官的任职变成了所谓的世选，由兵部组织对这些应当袭职的军官们予以考核，根据考核成绩，每次比试上等且名次靠前的新袭武官 ， 由兵部直接选用为提调 、把总等镇戍、京营将领 ， 剩下的发回原卫所担任掌印 、佥书等军政官 ； 次等则发回原籍 ， 由抚按任用为卫所杂差官或担任营兵基层军职 。于是，袭替比试由过关考试 ， 演变为甄别新袭武官的选拔考试 。
同时对于无意继续从军的军官子弟，朝廷也允许他们放弃世职，改习他业，减少卫所世袭军官们的数量，嘉靖朝的时候，通过各种手段，在世职贴黄继续增多的同时 ， 实际袭替的官员却因赴京袭替道远费多 ， 官吏索贿刁难 ， 武官子孙弃武就文，袭替资格受到限制等原因而逐渐减少 ，同时增加其他途径进入军中的军官。
朱载坖实施镇协官军制度之后，作为朝廷的常备军和野战的主力，镇协官军的军官虽然主要也是以世袭军官为主，但是毕竟是经过武学培训的，其次就是朱载坖即位以来经过多次用兵，大量的士卒因功被提拔之后选送入武学深造之后再担任低级军官，同时两京各初级武学也面向民间招考，通过这种形式丰富军官们的来源。
而在朱载坖进行一系列的改革之后，卫所官军在大明军队的中的地位逐步下降，朝廷通过这种形式将镇协官军作为朝廷的武力支柱，削弱卫所官军的重要性，在这种情况之下，各地的镇协官军和卫所官军互不统属，朝廷才好对卫所官军下手整顿。
朱载坖首先宣布禁止卫所军官私役军士，霸占屯田的行为，对于有这种行为的军官，军士可以向巡按御史、清军御史和卫尉寺官员反应，一经查实，予以严惩，对于这些私役军士的军官，要剥夺他们的世职，这点是毋庸置疑的，同时还要打散卫所的隶属关系。
原本卫所军官能够私役军士或者是霸占屯田，主要的原因就是他们是世代为官，很多时候，这些百户、千户等职务虽然在袭职的时候也需要兵部考选，但是兵部官吏在受贿之后往往发回本卫任职，使得他们之间形成盘根错节的关系，这样一来，尽管都司的军官和指挥使都是流官，但是从指挥使以下都是世官，他们往往通过互相联姻等方式形成了一个极为庞大的利益集团，把持卫所事务，朝廷所派遣的指挥使，很难真正管事，同时不少人还和他们沆瀣一气，这些事情都是很正常的。
所以这次朱载坖不仅仅要严厉打击卫所在屯田过程中的各种违法行为，同时还要从军官选任当中予以革新，朱载坖命令将陕西、甘肃、宁夏等地的卫所，战备任务少，不临边，适合屯田的各个卫所，全部改称屯卫，屯卫的主要功能就是承担屯垦戍边的职能，和一般的卫所以屯戍为主，还是要承担一些边防职能不同，各个屯卫基本不承担守卫边墙、边堡或者是抽调机兵的职能，除了农闲时候要将正军和军余子弟集中起来加以训练之外，平时尤其是在农时，都是免于征调的，所以屯卫的军事职能弱化，地方色彩增加。
将这些屯卫和相应的军屯整理清楚之后，由朝廷派遣官员专司屯垦，同时将这些世袭的军官也要予以调离，朱载坖规定现在世官承袭的，只有品级，而非职务，具体职务，由朝廷安排，凡是不到任的，一律革除其世职。