对于现在朝廷上的各种议论，朱载坖认为也必须是要做个了断了，朱载坖一方面将一些出位妄言的官员予以惩处，同时朱载坖通过上谕的形式明确表达了自己的意思，对于张居正本人的评价：“肩承劳怨，力振纪纲，饬举废多，殊功可纪。”对于张居正本人的功劳，朱载坖认为不能予以埋没，对于张居正在首辅任上的所作所为，朱载坖都予以肯定，之前首辅申时行也向朱载坖上疏。
申时行在奏疏中认为，张居正总之功在国家，过在身家，对于张居正的功绩还是要予以的肯定，但是张居正在任期间，确实也有打击过度的嫌疑，一批官员因为得罪张居正，而遭到了打击，这点申时行也予以说明了，申时行请求对于这些人酌情予以复官，同时调和朝廷内部的矛盾。
对于申时行这方面的能力，朱载坖还是信任的，别的申时行不一定行，但是团结诸臣申时行还是有一套办法的，这也是朱载坖任用申时行当首辅的重要原因，在高拱和张居正大刀阔斧的改革之后，朝廷的力量固然是得到了极大的加强，但是也在朝廷内部造成了很大的裂痕。
张居正厉行考成法，同时对于有异议的官员大加打击，这些都使得朝廷内部有党争的倾向了，朱载坖必须消弭党争的风险，一方面是对于挑事妄言的臣子予以严厉打击，对于这些人，朱载坖是不会手软的，同时朱载坖也通过上谕的形式对于张居正本人做了盖棺定论的评价。
朱载坖亲自拟定了上谕，昭告天下：“内海肃清，四夷詟服，太仓粟可支数年，皆居正之功也。成君德，抑近幸，严考成，综名实，清邮传，核地亩，洵经济之才也。开诚布公，容贤逮佞，持止足之戒，惇宽大之风，虽古贤相何以加焉！居正不顾诽誉，综核吏治，厘剔奸弊，十年来民安其业，吏称其职，实纯臣也。”
对于张居正，朱载坖还是以皇帝的名义予以了肯定，同时命令厂卫，将杨四知、丘云章于午门外杖八十，追夺出身以来文字，妻子流三千里，对于这些试图挑动朝廷矛盾的人，朱载坖也采取铁腕手段予以镇压，同时经由吏部、都察院和内阁提请，也将部分之前被张居正所罢黜的官员予以重新启用，缓和朝廷内部尖锐的矛盾。
同时申时行也在其中发挥了重要的作用，论行政能力，申时行远不及高拱、张居正，但是申时行能够调和朝廷多方利益，尽可能的缓和、消弭朝廷的矛盾，对于现阶段的大明朝廷，还是非常之有用的，在申时行等人的调和之下，大明朝廷逐渐平息下来，同时朱载坖也在申时行等人商量，对于一些不安定的因素，要予以消弭，之前张居正是采取的直接罢官的形式，这样以来，未免有些过于直接了，容易引起臣子们的不满，朱载坖在和申时行商量了之后，决定修订考成则例，对于内外官员们考成办法予以重新修订。
在新修订的考成则例中，将实施朝廷大政方针也纳入了考成，同时对于一些之前不合理的惩处措施也予以了废除，如包赔等处罚项目，同时增加了政务处罚的种类，将泄密等事项纳入考成内，对于官员泄密或者是放纵下属泄密予以严肃处理。
同时统一大明的法律，之前朱载坖主持修订了大明律例集解，以大明律为蓝本，细化了条例，大明的法律体系过于繁杂，影响了法律的适用，律、令、诰、例都是大明的法律，这就使得官员在选择适用的时候有了很大的随意性。
大明律原本是最具有权威的，立法十分严谨、完备，完全可以与唐律相媲美。大明律全文三十卷，其中 《名例律》1卷47条列于篇首，又按照行政机关六部的设置，将其余29卷分别归 入六部名下，分为《吏律》的职制、公式2卷33条，《户律》户役、田宅、婚姻、 仓库、课程、钱债、市廛7卷95条，《礼律》祭祀、仪制2卷26条，《兵律》宫 卫、军政、关津、厩牧、邮驿5卷75条，《刑律》盗贼、人命、斗殴、骂詈、诉 讼、受赃、诈伪、犯奸、杂犯、捕亡、断狱11卷171条，《工律》营造、河防2 卷13条。整部法典一共460条，大体与唐律持平，而按照行政机构排列的方法， 比唐律十二篇更加方便查找。
而除了大明律之外，大明令也具备相当的法律职能，令是由皇帝颁布的，用于规范政治、社会等各种制度的行政法规。在大多数情况下起到规范教导之用，发挥指引职能。现在基本上已经废止，不再适用了。
而诰是以上告下的意思，亦称诰书，是帝王对臣子的命令、任命或封赠的文书。而在大明诰主要就是指的大诰，也就是《御制大诰》《御制大诰续编》《御制大诰三编》，同时三篇《大诰》都具有了一般性法律的效力。在大明前期，大诰的法律地位是要强于大明律的，但是现在也已经不再适用了。
而例则是大明现在使用比较频繁的法律，朱载坖所编撰的大明律例集解也就属于此类文书，例与律、令不同，例的主要特点表现在：首先，例与律是紧密结合的。比如《问刑条例》的例文与《大明律》的律文是紧密结合、彼此呼应。由此可见，例文是律文基础上的延伸，律是因，例是果；其次，例对律典中关于处理方法的规定进行了升华和改善，使得律文更加明确；第三，例具有的适应性。它能够适应社会政治关系的多样性变化，能够切合实际的需要，增强司法实践适应社会变革的能动性；第四，例的法律地位很高，一般要通过皇帝的批准之后才能实施。
而现在大明律、令、诰、例都同时存在，需要对其进行整理了。