朱载坖认为，保留南京各部院是必要，由于大明地域广大，朝廷设立在南京的各部院，不仅仅是朝廷的一个备份，同时也是朝廷的一个重要的派出的机构，能够及时的处理南方的一些事务，从这点来说，南京各部院还是有继续存在的必要性的，这点朱载坖也并不否认。
但是重要的是要厘清京师的南京各部院的关系，京师是朝廷，而南京更多的是朝廷派出机构，要服从于朝廷，这点是最重要的，否则的话，互相龃龉，国事日非，这是朱载坖所不愿意看到的，在和阁部重臣商量了之后，在这次大计之后，除了一些关键的部院，南京各部院的堂官都将予以财革，不再设立，取而代之的事以侍郎署部事，这样的话，南京各部院在品级上就无法再与京师各部院向抗衡了。
南京六部当中，仅保留南京兵部尚书兼参赞机务，作为负责南方以及留都兵防、邮驿等大员，而其余各部则都是以左侍郎署部事，同时在业务上也要接受京师六部的管理，以户部为例，原本归属于南京户部掌握的各仓库等，也都要登记造册，由户部统一调度，以保证朝廷财权的统一，其余各部也都是，这点是这次对于南京六部调整的主要方向。
在调整之后，南京各部院一样要按照朝廷的指示办事，同时还要增设一些衙门，如税务、巡检等分司，也要配置在南京，作为朝廷控制南方的一个重要节点，南京更多的是朝廷在南方的统治中心和行政中心，负责通过两京直道转运各种物资、文书，进行上传下达等。
同时为了加强对于一些重点地方的控制，朱载坖决定实施直隶州府制度，之前大明有南北直隶，也有直隶州，所谓直隶州，直隶州相当于省辖市，与府平级，直隶等级的州为统治人口多，事务杂繁者。就编制上，直隶州与府的等级相同，辖下知州，州同，州判等官员都与府品等编制相同。如南直隶的通州，就是很典型的直隶州。
按照大明会典的规定：“知州一人，从五品，同知，从六品，判官无定员，从七品。里不及三十而无属县，裁同知、判官。有属县，裁同知。其属，吏目一人，从九品。所辖别见。知州掌一州之政。凡州二:有属州，有直隶州。属州视县，直隶州视府，而品秩则同。同知、判官，俱视其州事之繁简，以供厥职。”
一般情况下，朝廷会将一些军事要地，还有经济发达，事务繁忙的地方升格为直隶州，便于朝廷的管理，这点确实是一个办法，但是就吏部的奏报来看，即便是直隶州，也并不能够缓解现在地方的情况，吏部之前就上奏称：“直隶州地处冲繁重地且所辖各县赋役繁重，直隶知州不仅有刑名、钱谷之任，又有督理盘查之责，还要负责稽查匪类、巡察山乡，即便有兼人之才，亦断无分身之术。”
吏部建议在直隶州下设立附郭知县，同时将部分直隶州升格为府，之前大明的直隶州一共就四十五个，显然是不够的，朱载坖命令吏部、户部、兵部等部院与地方督抚商量，将部分散州或者县升格为直隶州，同时将一些政务繁杂的直隶州升格为府，调整朝廷的行政区划，使得这些行政区划与实际上符合。
以河南和南直为例，吏部提出的计划是将开封府下的陈州、许州、禹州、郑州以及汝宁府的光州、河南府的陕州升为直隶州，提升其行政层级，扩大其行政职权；将黄河以北、原属开封府管辖的原武县、延津县分别划归所辖州县数量较少的怀庆府和卫辉府，这样的话开封府所辖州县的数量由34个锐减为14个，河南府所辖州县由14个减为11个，汝宁府所辖州县由 14 个减至 9 个。能够极大的提升行政效率。
而在南直隶，首先要调整的是直隶徐州，将徐州由直隶州升格为府，辖区东界淮安府及海州直隶州，西连河南省归德府，南抵凤阳府及泗州直隶州，北与山东省曹州府、兖州府、沂州府及济宁直隶州接壤。下辖一州七县，领萧县、砀山县、丰县、沛县，置铜山县。又以降直隶州邳州来隶，及所领宿迁县、睢宁县。将徐州升格，以加强徐州的地位。
而在南直隶南部，对于这里的行政区划也要有所调整，首先就是对于常州府的调整，原常州府下辖武进、无锡、宜兴、靖江、江阴五县，但是现在现在已经不能够满足朝廷的管理需要了，首先就是析分县域，从武进县分出阳湖县，从无锡县分出金匮县，从宜兴县分出荆溪县，然后就是将无锡县升格为直隶无锡州，辖无锡、金匮两县，宜兴县升散州，将常州府的编制得以扩大。
然后就是升散州太仓州为直隶州，太仓直隶州辖一州四县，即太仓州、镇洋县、崇明县、嘉定县、宝山县。常熟县升散州，改称常熟州，同时对于江北两府也要予以升格析分，原扬州府领3州7县，并直辖江都、仪真、泰兴县，高邮州领宝应、兴化县，泰州领如皋县，通州领海门县。
将原泰州升格为直隶泰州，领兴化、泰兴、如皋部分地区，将如皋予以析分为海安县，划给通州，将南通州升格为直隶州，领海门、海安两县，同时增设甘泉县，析江都、仪征而来，将泰州的一部分析分，与淮安府的沿海一道，析分射阳、阜宁两县，升原盐城县委直隶州，领射阳、阜宁两县。
同时对于全国的行政区划，都要有所调整，主要的方向是减少府的管辖范围，对一些重要的州县升州或者直隶州，加强朝廷对于地方的控制，同时减轻地方官府的管理难度，保证朝廷对于地方的控制，这样一来，府州县的数量肯定是大大增加了。