李成梁很清楚，作为西域的重镇，庭州的重要性是不言而喻的，对于朝廷来说，控制了庭州，就等捏住了天山的尾巴，而控制天山，则是控制西域的要点，所以控制庭州是极为重要的事情。
据官军的尖哨汇报，现在庭州故城中有瓦剌部的一个台吉驻守，麾下兵力不足五千，不过他们根本没有想到官军会突袭自己，因为大明官军所在的哈密距离庭州足有一千一百里，而且中间有吐鲁番和车师古道，官军要想进攻，总要把这些都夺取了再说了，所以庭州的防备是非常之松懈的。
加上蒙古人本就不擅长守城，他们仅仅是利用庭州故城躲避西域的风雪罢了，就更加谈不上什么严密守卫了，李成梁当机立断，他麾下的一万蒙古人撒出去，断绝庭州和附近蒙古人的联系，同时避免庭州的蒙古残部逃脱将消息传递出去，李成梁自己亲率官军精骑夺取庭州。
在之前朱载坖已经命令翰林院整理西域这些所谓的城池的情况，给李成梁作为参考，现在的庭州，基本上就是唐所修筑的庭州城，城池布局受唐长安城影响，分为内外两城，城池为不规则长方形分布，内城为全城的中心所在，位于外城中部略偏东北部，城墙周长六里，官署多居其中。
外城规模较大，城墙周长九里。外城之北还有低矮的羊马城，内外城墙都有马面、敌台、角楼和城门。外城北门还有瓮城，城外有天然河环绕成护城河，城墙的建筑方式为夯筑，高约两丈，宽约两丈八尺，但是现在由于蒙古人不善筑城，这些之前的防御设施由于年久失修，早就已经不能够使用了，这点对于李成梁是一个好事，要是这些防御设施还在的话，对于官军来说将会是极大的麻烦。
所以李成梁命令官军士卒们稍事休息之后就进兵庭州，等到官军抵达的时候，庭州城内的蒙古人已经乱作一团了，这些瓦剌人本就是被俺答汗打破了胆的，现在官军又再次突然出现了自己的面前，对于这些蒙古人来说，他们是很清楚的在城市攻坚战上和大明官军的水平是不能比的，而且现在官军的人数远多余自己，蒙古人都不傻，他们对于城池什么的并不在乎，所以第一反应就是撤走。
李成梁对于蒙古人太了解了，他很清楚蒙古人的反应，所以早就安排了土默特部堵截瓦剌人，他们都是蒙古人，战法相近，而且瓦剌人和土默特部之间可是有世仇的，他们遇见瓦剌人是不会放过他们的，而李成梁则率部进驻庭州，清剿仍旧在庭州城内的蒙古人，同时清理庭州，为官军长期驻守此地做好准备。
经过官军的尖哨查探，庭州确实是非常之不错一座城池，庭州地势南高北低。地貌南部为高山雪岭，北部为卡拉麦里山岭的低山残丘，两山之间是山前倾斜平原和低缓起伏的沙丘，形成山间盆地，境内河流众多，各大河流进入盆地后渗漏补给的地下水，在盆地北面受阻，又大量溢出地表，形成泉水河，如东碱沟河、石厂沟河、芦草沟河等。在扇缘泉水集中溢出带，也往往形成短距离的平原河流，如泉水地、上暖泉、叶家湖、庆阳湖、羊圈台子、梭梭梁河等。
同时有地下水，这也是蒙古人之所以仍旧居住在庭州旧城的原因，李成梁立即派人向京师报捷，同时安排守卫庭州，命令从哈密向庭州转运物资，以帮助官军驻守庭州，同时也发动官军和蒙古人修复庭州的各项防御设施，加强庭州的防御，作为原来大唐北庭都护府的驻地，庭州城的规模还是比较大的，李成梁首先就是要使得官军在庭州安顿下来，才能够为后续经略西域做准备。
而在吐鲁番，麻贵所统帅的官军也已经夺取了吐鲁番，不过对于官军来说，也确实刷新了对于西域军队的看法，这些西域军队虽然所装备的火器不多，但是一些从其他地方流传来的重型火绳枪，对于官军造成了很大的伤亡，他们所装备的鲁密铳，威力巨大，约重七八斤，或六斤，约长六七尺，龙头轨、机俱在床内。捏之则落，火燃复起，床尾有钢刀，若敌人逼近，即可作斩马刀用。放时，前捉托手，后掖床尾，发机只捏，不拨砣然身手不动，火门去着目对准处稍远，初发烟起，不致熏目惊心。此其所以胜于倭鸟铳也。用药四钱，铅弹三钱，虽然不如官军的燧发火铳射速快，但是威力颇大。
而且这些西域军队战斗意志也极为顽强，倒是比之蒙古人要强多了，官军最后是依靠手榴弹和近战肉搏才攻入了吐鲁番，这座城市并非是前唐的交河故城，而是正统十四年，吐鲁番地面也密力火者吞并火州、柳城，称王。王都安乐城，规模比之之前的交河故城要小多了，不过这里有水源，所以吐鲁番然才在此安家，麻贵指挥官军对于吐鲁番城好好的打扫了一下，便于大明日后的统治。
同时麻贵还立即组织向庭州运输物资，派兵守卫车师古道，保证吐鲁番和庭州的联系于物资供应，同时将逃散的当地人找回来，加以安顿，雇佣他们修整车师古道，便于转运物资，也向庭州派出了援兵，大明连夺吐鲁番、庭州两城，不管是叶尔羌还是察合台汗国，甚至是瓦剌人，都对于此事十分警惕，大明最近的强势是他们都很清楚的。
他们也纷纷派人和大明接触，重新遣使大明，试图恢复和大明的朝贡关系。
而在京师的朱载坖受到了李成梁的报捷之后，自然是极为高兴的，当即下旨，改吐鲁番为交河卫，恢复庭州旧称，设立庭州府和庭州诸卫，加强朝廷对于庭州的控制，同时召集部院重臣，商量朝廷下一步的计划。