朱载坖将此事交给太子负责，命令太子和总理学政蔡国熙、协理学政王家屏负责处理此事，以人口总数确定生员的基准数量，同时有所损益，对于朝廷朝廷，对于一些特殊的地方，朝廷还需要的予以照顾，对于朝廷来说，东南各省毕竟文教发达，必须要予以照顾，所以以朱载坖特旨加恩的方式，给南直、浙江、江西、福建、广东、辽东、吉林、宁夏、缅甸、交州等地增加基准数量之外的生员，不为例。
朱载坖的圣谕算是解决朝廷之上有关于此的争论，一方面这次对于生员数量的确定，大体上是按照人口的总数来规定的，体现了朝廷南北一视同仁的态度，另一方面，对于南方各省的特殊情况还有新收复地区，朱载坖也以特旨的形式予以了照顾，算是权衡了各方面的利益。
而新上任的吏部尚书宋纁则是上疏朱载坖，要求恢复南人官北，北人官南的政策，这是大明初年的一项制度，目的就在于防范地方势力的做大，这一制度旨在打破官员在本籍任职的潜在利益关联，避免地方保护主义和裙带关系影响政务公正性。例如，南方官员到北方任职、北方官员到南方任职，可减少官员利用地域关系徇私舞弊的可能性，促进不同地域文化的交流与融合。
在大明初年，吏部铨选基本上都是按照这一规则来办理的，但是随着纲纪废弛，南北更调制度难以实施下去，现在大明一般是一般只用回避本省，和大明初年的情况已经是大不相同了，所以宋纁上疏，请求恢复南北更调制度。
按照太祖当年的诏令：“命吏部以北平、山西、陕西、河南、四川之人，于浙江、江西、湖广、直隶有司用之。浙江、江西、湖广、直隶之人于北平、山西、陕西、河南、四川有司用之。广西、广东、福建之人，亦于山东、山西、陕西、河南、四川有司用之。”
也就是说将大明全国分为三个大的地域，按照地域对于这些官员实施回避制度，但是随着朝廷的纲纪日渐废弛，同时这种回避制度在实际执行的过程中也确实是出现了各种问题，所以现在回避制度确实是执行的不好，朱载坖当即御批宋纁的奏疏道：“国家用人，不得官于本省。盖以亲族所在，难以行法，身家相关，易于为奸。此太祖之深意，当行之！”
朱载坖将宋纁的奏疏明发朝廷予以讨论，商量恢复回避制度的问题，宋纁的这一份奏疏可谓当即在朝廷之中激起了千层浪，大明的回避制度还是相对比较完善的，朝廷制定回避制度的直接目的是防范官员利用亲属及相关便利条件结党营私和徇私枉法。其主要包括亲族回避、地区回避、职务回避。
但是像大明初年那样实施南北更调，很多官员们已经不习惯了，不少人援引嘉靖时期的吏部规定：“在外知府、知州、知县与凡方面有司等官升选，俱合注于原籍相近地方。广西、云贵有司尤宜查照弘治以前事例，只于本省人员内升选，庶免其水土不服， 且得到任便宜，不致地方旷官日久。”认为只用回避本省即可，南北更调，太过于麻烦了。
同时一些官员还指出了在官员回避过程中出现了问题，最主要的就是官吏之间的矛盾，官与吏虽然分属两个系统，但是他们二者之间也存在相互利用的关系，官既能夺吏之产，定吏之罪，与此同时吏也能掌握着官的隐私，并有能力在分赃不均导致矛盾激化的情况下伺机报复。这就意味着，地方避籍主官与当地胥吏之间存在着诸多局限性关系，主官可以依托权势欺凌手下胥吏，胥吏也可利用自己优势操纵主官，官吏之间的矛盾和勾结，始终是朝廷地方官府的一大问题。
对于现在的大明地方官府来说，由于朱载坖即位以来，增加地方正印的权力，防止出现官弱吏强的局面，在朝廷的支持之下，正印官的权力得以增加，同时对于吏员制度予以改革，在朝廷的种种措施之下，现在官员们权力得以增加，但是新的弊端又出现了，就是官员欺凌吏员的事情频发。
因为现在官场之上对于这些吏员其实是看不起的，就如同现在官员说的：“人有恒言，遇吏如役，竖房固堤，犹恐或窬。”对于这些吏员，官员们是看不起的，官员往往将胥吏等当作奴仆来对待，并且要时刻加以提防，不给他们留下任何可钻的漏洞。因此现在大明的胥吏的政治地位十分低下，“时以狗吏呼之，贱之也。”虽然可以参加吏员考选，但是官员们根本不把这些吏员当人看。
而且由于地方正印的权力极重，地方正印对他们责罚打骂是寻常事，轻则叱责辱骂，重则施加刑杖，而胥吏在挨打之后还要匍匐谢恩，装出满面羞愧无地自容的样子。为了加强对于这些吏员的管理，朝廷规定吏员犯下死罪后，地方主官可以根据法令处决后再向刑部报告，这也就在法律上规定了地方正印官对胥吏的处置权，因此不少地方官以此为借口，欺压手下胥吏，更有甚者对于忤逆自己的书吏更是狠下毒手。
正印欺压吏员，在大明已经不是什么稀奇的事情了，尤其是在县一级，因为现在知县的地位上升，科道官采用行取的方式，使得知县的地位骤然变得强势，因为知县行取科道官之后，其地位扶摇直上，很快便会超过原先的上司，成为都察院的高级言官，或者外放成为其原来上司的上司。而胥吏作为杂途出身，本来就不甚受到尊重，因此胥吏哪怕是蒙受冤屈也只能忍受，并且不敢鸣冤，因为一旦鸣冤，还有更为严重的后果，有些官员们担心，南北更调之后，这些正印官更加强势。