朱载坖认为，对于科举，尤其是童生试，应该加强管理，才能够保证朝廷取士的公平，这点也是朱载坖一直所追求的，所以朱载坖要求的就是对于童生试的制度予以改革，排除各种地方势力对于朝廷取士的干扰，因为生员虽然只是大明取士中最初一级的门槛，但是干系很大，朝廷的吏员选取，甚至很多朝廷的考试，都是要求生员功名，所以这些地方势力现在为什么对于生员也这么重视，就是因为这些所谓的生员也有很大的利益。
朱载坖断然不能容许他们把持朝廷的选官取士路径和大明的基层官府，对于这点朱载坖是毫不讳言的，在和一些臣子们交流商量之后，朱载坖认为，首先的问题就是应当将地方官府和科举分开，朱载坖认为地方官府在行政过程中和地方的各种势力必然发生交往，徇私舞弊的行为必然增加，这点是肯定的。
朱载坖指令杨继盛、陈经邦等人负责对于大明童生试制度的改革，其实大家都很清楚，应该怎么改革，就是加强学政的权力，由学政衙门负责生员的考选和点用，通过这种方式加强朝廷对于生员选拔的控制，这点也得到了朱载坖的认同，学政衙门作为朝廷派驻在地方负责学政管理的衙门，应该担负起责任来，对于这些学政的权力，重臣们认为应该予以扩充。
这点也得到了朱载坖的同意，朱载坖还是重申了之前对于学政职权的上谕，同时下达上谕将之前的所有有关学政的则例和地方规定予以废除，等待朝廷下达新的则例再实施，对于地方官府管理学校和生员等的权力，朱载坖认为要予以削夺，之前朝廷虽然设立了学政衙门，但是对于地方学校的日常管理，仍旧就是有地方州县来负责的。
按照大明之前的规定：“守令每月考验生员，观其进退揖拜之节，听其言语应对之宜，背读经史，讲通大义，问难律条，试其处决，讲礼务通古今，写字不拘格式，审音详其所习之乐，观射验其膂力，又能中的，稽数明其乘除，口手相应。”对于生员的日常考核，是由地方州县来负责的，这就使得学政的权力大大受限。
而且由于政出多门，不管是地方督抚还是巡按御史，甚至是提刑按察使司也能够对于学政插上一嘴，这种多方主导的考校形式，导致权责分散，学政衰废无从追责，再加上洪武之后，将学政的考成从地方正印的考成中剔除，这样一来使得地方官对于学政就更加的不重视了。
地方官学风气败坏，教官们也无心教学，这些事情也都是确实存在的，所出现的情况就是：“儒学生员不肯熟读《四书》、经、史，讲义理，惟记诵旧文，待开科入试，以图幸中。”
而朝廷虽然设立了学政，但是学政的权力收到多方掣肘，而且学政官员任期不久，根据吏部的调查，学政官员的平均任期不足三年，而北直隶、陕西、四川、浙江、广西和云南提学官平均任期甚至不足2年，这也导致了学政无法充分的履行职务，这些都是需要朝廷予以纠正的。
朝廷要加重学政的权力，首先就是要增加学政衙门的官员数量，在提学制度刚刚设立之初，其实朝廷内的有识之士就已经发现了提学制度的重要问题，就是人员的缺乏，当时就有官员指出：“一藩之大，地方数千里、庠序百余计，官师布列、学徒万众，乃以一人督之，岂能遍历其区而日与之临也？”
朝廷仅仅派遣一个提督学政即便是加上一些僚属，对于一个布政使司的学校生员进行考察，难度也是极大的，一人提督一省学校的形式，在人员配置上己是问题立现。虽说提学官在任内遍历境内各学并不是不可能，但也绝非易事。为了弥补这一缺陷，朝廷陆续将一些偏方边地学校提督权委诸其他官员。这就又回到了事情的原点，也就是由地方官府管理学校。
这就使得提学设立的结果和朝廷的初衷实际是相违背的，提学之设，任务之一是救济地方守令之提调失责和教官的育才无成。提学官通过巡历考校的方式提督学政，而学校的日常课业则完全依赖府州县提调官与教官，因此地方有司于学校兴衰仍至关重要。朝廷设立提学，就是希望杜绝地方势力对于科举和学校的干涉，但是从实际结果上来看，似乎也没有达到相应的目的。
朱载坖认为要加强学政的权力，振兴官学，首先就是要从扩充学政开始，这次对于学政的扩充，是从朝廷到地方的，之前朱载坖已经在礼部下设学政司，专门负责管理大明学政，现在朝廷要增强学政的权力，自然就是从扩充学政衙门开始，朱载坖命令将原礼部学政司升格为总理学政衙门，同礼部一样，为正二品衙门，以礼部尚书兼翰林学士出任总理学政，分管大明全国的学政事宜。
而在地方设立提督学政衙门，与布按二司一样，为正三品衙门，直接受总理学政衙门的管理，同时增加地方提督学政衙门的官吏编制，朱载坖很清楚，仅仅依靠一名提督学政，很难对于一省的学校科举事务进行管理，所以在提督学政下设提学副使和提学佥事，负责协助提督学政管理学政、科举和生员，其中提学副使负责分守地方，考核各自辖区内的生员的学校，而佥事则负责巡回考核，分别承担原本由地方官府负责的县试和府试，而提学仍旧负责院试。
同时将各地的学校、教官、生员的考核也全部划归提督学政衙门，将学校、科举等事情彻底和地方州县脱钩，保证科举的公平性，尤其是在生员选拔上的公平性，这点是朱载坖一直想要做的，除此之外，还有对于教官的考核。