对于朱载坖的这个看法，杨继盛等人表示了支持，科场舞弊确实是对于朝廷信誉的极大的破坏，朱载坖也说道：“前唐黄巢之事，不可不为鉴也！”必须得让这些人有办法考进京师的，否则的话，他们到时候就要想办法打进京师来了，这点朱载坖还是很清楚的。
所以这次对于科举体制的改革首先针对的就是科举的开端，也就是县试、府试、院试，因为这三场考试时科举最初的考试，同时也是科举中最容易受到地方势力干预的考试，对于朝廷来说，科举是要杜绝各种地方势力和人情关系的往来，尽可能的网罗天下人才，防止地方势力把持科举。
在三场考试之中，公认率取率最低的是府试，杨继盛就说道：“陛下，当时入泮，每县取六、七十名，府取不过百余名，文理稍顺者，竭力营谋，府取入泮，直如拾芥。故当日童试不难于放泮，而独难于府取。”朝廷之所以将府试的录取率定的如此之低，其实也就是为了防止在生员的选取中地方势力过度干涉。
朝廷很清楚，县试作弊的可能性实在是太大了，知县的水平本来就是参差不齐的，再加上指望县令来杜绝这些地方势力对于科举的干预是不现实的，县令时很难和这些地方势力对着干的，往往县令都是和这些地方势力沆瀣一气的，这点朝廷也是很清楚的，所以朝廷将希望寄托在府试上。
因为朝廷认为知府不仅地位远远高过知县，而且其在地理位置上也离考生更远，这样在一定程度上可以避免考生的请托，能更公正地主持考试。这样做也确实是起到了一些效果，知府毕竟是朝廷的四品大员，对于一般的地方势力，还是能够予以抵制的，只要知府本人能够秉持公心，再加上知府一般都是两榜进士出身，学识也还是过得去的，通过府试尽可能的保证在生员录取中的公平。
朝廷的想法很好，但是实际操作起来就不是这样回事了，首先就是知府顶不顶得住各种说项、请托的问题，看起来知府是四品大员，对于地方势力有很大的震慑力，可以杜绝对于这些地方势力对于科举的干预，但是实际上并不是这么回事。
首先就是知府被买通的可能性仍旧是很高的，只要地方的富户、豪绅等愿意出银钱，买通知府这一级的官员并非是不可能的，只不过要比县令多出些钱财罢了，其次就是知府本事相对清廉，可以对于这些地方豪绅的诱惑加以抵抗大，但是对于来自朝廷的各种请托，他仍旧是很难推脱的。
虽然知府堂堂四品，论起品级来并不算低了，但是大明官职，一向是内重外轻，就是六部的郎中主事，也比知府在官场上要值钱些，还有布按二司，督抚大员、巡按御史等等，加上知府自己的同科、同乡等的请托，仅仅依靠知府来杜绝这些科举弊端，是显然不太现实的。而且在科举实际操作之中，一些出身贫寒的童生，为家中糊口计，不得已只好将自己府取之名售人，令人顶替，这些也是知府无法控制的。
而在童生试中，最重要的自然是院试了，院试有朝廷派出的提学主持，相对来说等级最高，也是这三场考试中最重要的，一旦通过院试，就可以取得生员功名，摆脱白身了。所以不管是朝廷还是地方，对于院试都是十分重视的，而且院试也是最为正规的考试。
经过县试、府试而被府县录取的儒童，由府酌定地方人才多寡，取定名数，备造年貌、三代籍贯、经书文册，送院道试夺。有些学使处事严厉，还截去府取名额后段，不予收考。府、州、县原取之卷，装束固封，由提学院道官员调查笔迹异同，以辨有无替代等弊。可以说对于提学主持的院试，是科举前三场中最关键的一场了。
朝廷派遣学政，对于这些童生的学识水平进行考核，力图通过院试消弭地方对于科举的干涉，甚至在院试之后，生员在正式入官学前，还需要进行一次覆试，主要是核对该生员的笔迹，防止生员之前冒名顶替。朝廷对于学政是很重视的，朝廷明确规定：“生员有缺，即于本处，不问官员军民之家，选择俊秀端重子弟有志于学者，考试补充，不许听信有司及学官受私滥举。”
在童生试中，为了防止地方势力干预科举，朝廷以府试淘汰大部分的无才学之人，同时又以学政主持院试，将录取生员的权力收归学政，按照朝廷规定，童试的一般程序为州县先考、继而送府、府送提学院道。但是提学官可摈弃府、州、县试，允许童生径赴学道处考验，朝廷之所以赋予提学这么重的权力，就是为了保证童生试的公平。
但是即便是如此，学政也不免受到各方势力的影响，其中最典型的就是所谓的续案，续案就是在总案发布后，续添童生姓名于原案，补入官学。这种正取之外的续案，往往因荐牍而取，而且其关系网非常复杂。富家子弟由此而入，寒门之士或终身淹抑，是最被人所诟病了。
对于这些种种弊端，朝廷并非不知，甚至也采取了很多的手段予以遏制，但是总的来说，收效甚微，在生员选取中，弊端丛生，这点不仅仅是朱载坖这么认为的，其实朝廷大员也是这么认为的，在童生试中，舞弊最为严重的就是南直、浙江、福建、江西等所谓的科举强省了，因为这些地方的童生试竞争极为激烈，所以各种手段频出，也是很正常的事情。
大明的官学是有定额的，官学的生员定额为在京府学120名，其他府学80名，州学60名，县学40名。而想要参与童生试的考生是多少呢？一些文化教育比较发达地区的应县试人数多达二千人以上，这个比例无怪乎要八仙过海各显神通了。