本来朱载坖是想将此事推后处理的，但是现在群臣已经将此事挑明了之后，朱载坖也不得不处理此事了，朱载坖想要处理的，并不仅仅是阁臣子弟科举的问题，而是在科举中的阶层固化的问题。
朱载坖一面慰留相关的大臣，一面命令吏部对于从大明有科举以来的进士们出身进行统计调查，主意是考察上三代直系亲属的出身状况，按照上三代直系亲属无任何功名、官号和捐衔的进士数及其占比，上三代直系亲属中有任实职官进士数及其占比，上三代直系亲属中有任从七品以上实职官进士数及其占比，父任从七品以上官进士数及其占比，上三代直系亲属中有任从五品以上官进士数及其占比，父或祖有任从五品以上官进士数及其占比，父任从五品以上官进士数及其占比，父任教官进士数及其占比等8类情况对其进行统计，查看进士们的出身情况。
得到的结果使得朱载坖父子都是很担忧的，朱载坖关心的是上三代直系亲属无任何功名、官号和捐衔也就是纯平民家族出身的进士们在整个进士群体中所占的比例，在永乐年间，这个比例是很高的，达到了七成，到成化五年，已经减少到了五成八，到了弘治十八年，减少到了四成一，到了嘉靖四十一年，降到了最低的二成一，到了隆庆朝，略有恢复，现在是三成五左右，比之永乐朝减少了一半。
也就是说，大明的科举中，纯粹的平民出身的进士是越来越少了，当然如果把条件放宽，上三代无任实职官的进士出身比例还是很高的，能够达到六成，比之永乐朝还是很减少的不多，但是这已经能够说明问题了，平民出身的进士减少，其原因是出身于拥有非科举功名和各种捐衔家庭的进士不断增多及其在进士总数中所占比例不断上升，也就是说，现在大明的进士其实有三部分所构成。
第一就是所谓的科举世家，也就是所谓的累世簪缨之家，他们在科举中的比例虽然不大，只占两成左右，但是他们的能量是很大的，这些所谓的进士家族，也就是五代直系亲属内或同父兄弟中有两名以上进士的家族出身的进士，或出自科举家族，也就是五代直系亲属内或同父兄弟中至少出现举人、进士各一名或三名举人的家族的举人和进士，在官场上往往能够得到格外的照顾，在官场上面平步青云，是很正常的事情。高拱、严嵩等人都是这样的出身。
第二就是所谓的富户阶层，他们在进士中的比例是最高的，达到了五成多的比例，这里所称的所谓富户，不是一般的富户，不是有两个臭钱的暴发户，这些富户主要是指几类人，一种是祖上出过进士举人或者官员们，但是间隔了几代，再出了进士的，这种情况也是很普遍的，即便是所谓的科举世家，也很难保证自己的家族能够代代出进士、举人的，从吏部的调查结果来看，大明最厉害的也就是三代进士了，如大名鼎鼎的新都杨氏，杨慎祖父?杨春?于成化十七年中进士，其子?杨廷和?成化十四年进士，杨慎则是正德六年的状元，这种事情在大明还是绝少的。
根据吏部的统计，而且接近九成的进士家族不能传至三代，九成九的进士家族不能超过三代。而庶吉士绝无三代传承者，所以科举断档在大明是很正常的，在断档之后，这些家族则是所谓的耕读传家，继续培养下一代，直到出现进士或者举人，这种家庭出身，在大明也是很常见的。
富户中还有一种就是真的富户，也就是所谓的从商而儒，以经商起家之后，对于自己的子弟加以教导，从而投身科举，当然这种富户绝对不是一般的地主，指的就是汪道昆、王崇古、张四维这样的大商巨贾出身的进士们，他们的家族拥有雄厚的实力，能够为他们的科举之路提供良好的基础，甚至通过联姻为他们铺路，这些富户在进士们中也不少见。
第三就是真正的所谓平民出身的进士，在进士中所占的比例是很低的，仅仅只有二成不到，可见平民要想在科举中出身的难度，这里的平民还是所谓的小地主或者小商人等家庭出身还有就是卫所军籍出身的，真的平民出身是少之又少的。
而再看看申时行的奏疏，就有些可笑了，申时行在奏疏中说道：“国朝科举定制，原不分孤寒与仕官，至如辅臣之子掇取科第，如商良臣、谢丕、杨慎、费懋中、陈于陛等皆历历可证，人未有疑其私者。如必令辅臣之子皆不识丁不应举，以示公道而远嫌疑，则亦不近于人情矣。”
确实，对于重臣子弟从情理上来说确实是应该一视同仁，但是实际上他们在科举上要比一般人容易太多了，他们也很容易引起舆论的反弹，事实上，大明对于高官子弟中式极为敏感是从石亨之侄石凌中式之事开始的。当时石亨公然作弊，引起士林反感，士子们公开予以嘲讽道：“薛造性理难包括，钱博春秋没主张，问仁既已无颜子，告祭如何有大王。”
因为此前虽亦常有尚书、侍郎之弟子中式，但尚无当朝的权臣，可以说此前无当朝大臣子弟登第者。也正因此，石亨侄中式才废引起民间舆论的反应。然至成化以后，此类事情日见其多，人皆见惯，反不以为然了。不过自成化以后，科场事端日多，每逢乡会试官员之间寻伺攻讦异己，渐成风气，而吏治日颓，科场舞弊为司空见惯之事。
朱载坖并没有就此事发表任何看法，也没有对申时行的御批作出任何回复，朱载坖将吏部的这个调查结果给阁臣们发去看了，让他们自己去理会此事。
这点朱载坖反倒是很佩服王锡爵，隆庆二十二年顺天乡试，王衡因是大学士王锡爵之子，且当时次辅申时行的女婿也同时中举。有言官弹劾主试官，认为有作弊嫌疑。虽然王衡在随后的复试中取得第一获准参与会试，但言官们仍不依不饶，为避免父亲王锡爵陷入更大的党争之中。王衡于是没有参与会试。