顺天府尹徐元春也向朱载坖上疏讨论了京师的市政，对于京师来说，最重要的就是沟渠和风沙的问题，风沙确实是不好解决，因为这是天候使然的问题。
徐元春在奏疏中就说道：“燕、齐之地，无日不风；尘埃涨天，不辨咫尺。江南人初至也，甚以为苦，土人殊不屑意也。每当风起，尘氛埃影，冲天蔽日，睹面不相识，俗谓之刮黄沙，月必数次或十数次，或竟月皆然。吹扬黄沙，天地晦冥，咫尺不相见。”
现在京师的风沙确实已经是非常之大的，这点之前戚继光也上疏说明过此事，朝廷原本设置了易州山厂，负责朝廷和皇室的柴炭供应，但是到了弘治朝，由于人口滋生，加上长期的看法，使得易州的林木资源渐趋枯竭，这使得山厂难以长期维持下去。
嘉靖时期赵文华就曾经上疏说过：“昔以此州林木蓊郁，便于烧采，今则数百里内山皆濯然。举八府五州数十县之财力屯聚于兹而岁供犹或不足。民之膏脂日以告竭，在易尤甚。上不亏国用而下能苏民困，仁人君子尚有以念之哉？”
到了嘉靖年间，不仅仅是京师附近的木柴资源枯竭了，甚是连原本沿边的一个地方树木也被砍伐一空，兵部为此曾经多次上疏称：“缘边隘口山木，先朝皆有厉禁，近被奸民盗采为生炭以觅利，宜申明旧约，犯者如法勿贷。”
兵部尚书聂豹为此是极为担忧的，曾经上疏说过：“紫荆、居庸、雁门一带原系边塞，绵延数千里，旧有树木根株蔓延长成森麓，远近为之阻隔，人马不能度越。近来以公私砍伐，斧斤日增，树木殆尽。更有甚者，不顾禁令，开山成路，易险为夷。此前日虏寇破口，即由此而入，致酿庚戌之变。乞敕各关守备内外文武官严加禁约，仍差人巡捕，违禁者予以严惩。”
杨博担任兵部尚书的时候也曾经上疏称：“西山自偏头关至山海延袤数千里，往年林木茂密，虏骑不能长驱。比来京师人口滋生，权贵竞相攀比，以致林木采伐殆尽。万一虏寇深入，何以御之？是自撤藩篱也，请严加禁约。”
现在由于人口的增加，京师附近的树木早就被砍伐一空了，不仅仅给京师的防御带来极大的隐患，也使得京师沙尘蔓延，所以徐元春等人建议在直隶尤其是沿边广种树木，严禁砍伐，恢复当地的植被，朱载坖认为这也是一个重要的问题，现在京师燃煤增加，对于燃料的供应已经不那么紧张了，应该恢复植被，治理沙化了。
所以朱载坖下诏：“倒马、紫荆、居庸、密云、山海等关，并直隶顺天、永平、真定、保定等府，沿边空旷可栽种树木之处宜行提督、总兵、分守参将等官严督所属，于次年三月以里栽植杂树，每年春于空闲处所逐一补栽，不得虚应故事。数年后就令督抚及巡按御史点视，亦可以备缓急之用。”
这些树木的栽种主要有官军来负责，地方官府主要是提供树苗，要先恢复当年的旧观，保证京师的防御，同时减少沙尘，对于朝廷的这个决策，戚继光等人是极为支持的，戚继光早就在提议在北直隶广泛种树，以遮蔽朝廷的筑垒地带，加强防备。
戚继光认为这样不但可以阻挡北虏可能得进攻，同时为官军的步卒提供掩护，是极为好的事情，朱载坖也命令五军都督和练兵军务处要严格督促此事，同时地方要向蓟镇、真定镇、保定镇、昌平镇还要沿边各卫所提供足够的树苗，以资栽种。
除了风沙问题之外，徐元春也认为京师的沟渠确实是到了非整治不可的地步了，但是徐元春也详细向朱载坖陈述了京师整治沟渠的难处，除了清掏的工人虚应故事，敷衍塞责之外，即使是认真淘沟对环境也有很大影响。淘沟时清理出沟中的垃圾粪便，并不及时运走，就堆在路上。每年淘沟，路面会随之增高。堆积在路上的污泥恶臭熏天，其秽气不可近，人暴触之轧病。
街上的气味不仅恶臭，而且沟中的病菌还随着挖掘扩散开来，让人致病，“疫气流行借沟气，月令触犯人身灾”。由于阴沟中充满了沼气，常有挖沟的役夫因之而中毒，窈然深黑恶气腾，往往沟夫死络绎。所以很多人是不愿意去清掏这些沟渠的，官府出钱都找不到人。
徐元春在奏疏中说道：“二、三月间挖沟，出水臭不可迩，人行泥泞中，偶不辨径，则陷入不能起；秽气外泄，行人不慎，往往灭顶，亦殊可惧。”
造成这种情况的原因主要是城内卫生设施不足，缺少茅厕，即使有些茅厕也要收费，入厕者必酬以一钱。一般人家都不设茅房，妇女使用净桶。城中人家都无坑厕，其妇女溺器，清晨则倾门外沟眼中。粪便倒入沟渠，使得沟渠不通，故而需要定期淘沟。
还有就是京师的牲畜颇多，也导致了清洁的难度加大，很多南方出身的京官就经常调侃道：“京城内外，大街小巷，各部院衙门前后，骡马粪随时遍布，一遇雨雪，调成泥糊，臭不可闻，俨然一片大粪厂。”
和南京等城市相比，京师确实是不甚整洁，主要是由于北方风沙大，黄土尘壤，致使道路容易泥泞，沟渠易于壅塞，粪秽难以冲刷，加之北方使用畜力多，水资源匮乏，又增添了保持洁净的难度，因而使得这些旅居京城的南方官员对环境之差大为诧异，感到失望。
所以这次朱载坖下令整顿市政，南方官员们纷纷上疏，痛陈京师的种种不妥之处，请求朱载坖加以整治，朱载坖也认为堂堂大明京师，确实是要以干净整洁为要，所以也下旨要严厉整顿京师的市政，首先自然是要清掏沟渠，这次朱载坖是下了狠心，准备了大量的石灰，先用石灰消毒之后再通风，然后在予以清掏，同时出动官军参与。