对于朱载坖的这个安排，太子还是有些意见的，按照朱载坖的这个计划，经略西域兵部尚书的实权太重，不仅仅是负责大明经略的西域的事务，同时还要兼任安西都护府大都护，现在大明的都护职权是很重的，都护府文武皆备，是辖区的最高军政长官，此前大明只设立了安东都护府，负责管理倭国、朝鲜、琉球等大明的属国以及在这些国家驻扎的大明官军。
但是按照之前朱载坖对于都护府的定义，都护府并非是管理大明疆域的行政机构，都护府的主要职责是管理大明的藩属国，而经略的职权主要是针对的大明的疆土之内的，而且经略的主要任务就是用兵，所以朱载坖的这个任命其实是很不符合常规的。
安西都护府是唐朝在西域的最高政治军事机构其为维护唐朝在西域的主权，都护府有着强大的军事实力，其安西都护府有镇兵二万四千人，其于北庭都护府瀚海军管镇兵万二千人，天山军管镇兵五千人，伊吾军镇兵三千人，共同构成了唐朝对西域的强大军事存在。但是前唐的都护和大明的都护显然在职权上有很大的区别，前唐的都护更类似于大明的边镇。
而朱载坖将西域经略和安西都护合并，并且将陕甘总督也置于其下辖，几乎控制了大明在西北的兵防、民政等一切事务，其权力不可谓不重，对于朱载坖的这个安排，朱翊釴有些不解。
朱载坖也向朱翊釴解释了此事，首先，经略西域，必须要由强大的后勤支持，而对于西域来说，陕甘和宁夏的粮食显然是极为重要的，所以朱载坖要将陕甘总督和陕甘提督置于西域经略的管理之下，就是为了保障收复西域的行动能够顺利进行。
而设立安西都护和将安西都护与西域经略有一人兼任，看似和朱载坖之前对于都护的定义相违背，但是实则有朱载坖自己的谋算在其中的，西域是大明的故土，自然是要收复的，朱载坖的看法官军要收复整个天山南北南到乌斯藏，北到唐努乌梁海的广大地域，但是更西边呢？
以大明现在的国力，确实是很难将这些地方政府并且加以管理，但是大明也不可能将这些更加西边的效果予以放弃，如果大明放弃的话，其他人就会进来的，他们作为大明西域的屏障，是非常重要的，同时要将沙俄的实力阻挡在西域之外，就要利用好这些西域效果，阿古柏的事情不能够在重演了，所以朱载坖决心重新恢复安西都护府，并非是为了在西域故地建立统治，而是为了经略西域的这些小国，作为大明在西方的屏障。
如果有安西都护的话，对于这些西域小国加以经略，让他们成为大明在西部方向上屏障，而大明就可以从西域、青海、四川三个方向对于乌斯藏加强控制的，虽然乌斯藏有雪域高原的天险，但是只要假以时日，逐步加以蚕食，还是能够将这些地方加以控制的。
所以现在以西域经略兼任安西都护其实只不过是朱载坖的一个权宜之计，因为现在的安西都护，还没有自己稳定的管辖范围，毕竟大明连西域都还没有收复，等到大明将西域收复之后，安西都护就会和经略西域分离，安西都护将会回归管理番邦属夷的本职工作上来。
而除此之外，就是南洋上面的藩属管理了，之前大明对于南洋上面的各个藩属，都是采取的划给相应的总督区进行管理，这样的好处是一般情况下这些总督区和藩属国相隔不远，从地理上方便管理，但是藩属毕竟不是大明的领土，这么管理是有些说不通的，而且将藩属国交由相应的总督进行管理的话，其中有一个很重要的问题，和藩属国的管理毕竟是属于外交权力的一部分。
如果将这些南洋上的藩属国交由各总督进行管理的话，实际上就是想地方让渡了部分的外交权力，朱载坖认为这显然是不妥的，所以朱载坖认为将这些藩属的管理也要交由都护府来负责，在南洋设立安南都护府，驻节淡马锡城，管辖暹罗、占城、满剌加外府和吕宋等大明在南洋上的各个藩属。
所谓都护，，“都”为全部，“护”为带兵监护，“都护”即为“总监护”之意。都护的职责是“抚慰诸藩，辑宁外寇”，凡对周边民族之“抚慰、征讨、叙功、罚过事宜，皆其所统，掌统诸蕃，抚慰征讨，叙功罚过，是大明用于管理这些番邦属夷的重要职能机构。
朱载坖设立安东、安西和安南三大都护府，就是为了加强对于大明的各个藩属的管理，同时在的东、西、南三个方向上建立起屏障，以保证大明的本土安全，这是朱载坖国防思维的重要体现。
朱载坖认为，御敌于国门之外才是最好的防御，要充分利用这些藩属的，作为大明的屏障，同时也要发挥这些藩属在经济上的作用，暹罗、占城的大米，满剌加、淡马锡作为通商口岸的丰厚收入，吕宋的香料等，都是大明可以利用的东西，朱载坖对于安南都护府的定位是控制南洋藩属，为大明提供足够的粮食，同时控制南洋，隔绝来自海上的威胁，最坏的情况下，也要为朝廷应战争取时间，所以要重点建设满剌加和淡马锡这两个外府，以水师控制海峡等咽喉要道。
这些都是朱载坖对于整个大明的国防形势所做的安排，朱载坖认为要是能够实现这个国防体系的话，大明的国土安全还是能够得到保证的，巩固东北、西北，控制南洋，能够使得大明雄踞于东方，以现在大明的人口和国力，这已经是能够控制的极限了。
除了国防之外，更加重要的就是交通和科技，这也是朱载坖最关心的事情，朝廷必须改善交通，才能够加强对于地方的控制。