在勋臣们受到重创之后，皇帝对于军队的控制确实受到了很大的影响，从土木之变后，大明文贵武贱的格局就开始形成，文官和兵部的权力就逐渐压倒了勋臣们和五军都督府，这点其实朱载坖是很清楚的，大明的历代皇帝，也都在思考怎么加强对于军队的控制。
主要采取了设立自己的亲兵，甚至以太监监军，试图加强对于军队的控制，从宪宗到世宗，都在采取不同的办法加强对于军队的控制，但是收效甚微，一直到了朱载坖才对于军队加强了控制。其实朱载坖的办法并不复杂，首先就是提高军队的待遇，保障军饷，这点说起来容易，但是真正做起来就是知道绝不是那么容易的了。
大明官军百万，不仅仅有军饷，还有口粮、军器、甲胄等等，每年索要花费的钱粮数以千万计，之前的历代皇帝们，哪个不清楚军队要花钱？他们都清楚，没有军饷的军队就绝对谈不上忠诚，世界上没有无缘无故的爱，忠诚也是如此，忠君爱国也不能当饭吃。所以要想军队忠诚，首先就是要保障军饷，大明官军之前哗变频发，主要就是为了闹饷。
然后就是培养军官队伍，为什么文官能够轻易把持军事权力？主要原因就是大明的军官们的之前太过于拉胯了，勇于捞钱，怯于作战，别说文官，就是皇帝也无法信任他们，所以朱载坖一方面加强勋臣袭爵和勋臣的能力培养，任用一些勋臣武将掌兵，恢复大明以勋臣领兵的传统。
其实这点也是继承嘉靖的传统，嘉靖继位之后，对于勋臣就采取了大力扶持的态度，不仅仅为之前的开国功臣复爵，成国公朱希忠、朱希孝兄弟，还有武定侯郭勋等人，都是加以重用，同时还恢复了勋臣出外任总兵的传统，朱载坖即位之后，对于嘉靖的这些政策都予以延续，同时为勋臣更新血液，培养了以马芳、戚继光、李成梁为主的新一批勋臣，强化对于军队的控制，还通过武学，将原本属于兵部的卫所军官世袭和军官的选任大权予以收回了。
朱载坖通过各种方式，将官军控制了起来，实现是皇帝对于官军的直接掌控，从这点来说，朱载坖做到了之前几代帝王都没能做到的事情，这点也是朱载坖为什么可以对朝臣采取相对强势态度的原因。
而对于朱翊釴这样的后继之君来说，掌握军队确实是有些难度的，这点朱载坖还是比较清楚的。所以朱翊釴需要朱载坖的帮助才能够将军队掌握住，以保证日后朱翊釴的权力，朱翊釴首先是要在军中建立起自己的班底，虽然朱载坖在之前帮助朱翊釴组建幼军，通过一系列的办法增加朱翊釴在军中的影响力，但是朱翊釴由于从小所接受的教育，朱翊釴对于军队是不怎么上心，或者是不愿和军中的大将接触的。
这些也是朱载坖很担心的事情，所以这次朱载坖要帮助朱翊釴在军中建立起相应的威望，同时给朱翊釴示范一下皇帝应该怎么使用自己手上的武力，朱载坖之前就和朱翊釴说过了，杀人还有诛心，可是诛心应该怎么诛，是一个技术活，朱载坖这次准备给朱翊釴详细示范一下。
朱载坖对于这些人的争执一概不理，和戚继光等人详细规划秋操的事情，戚继光年岁也不小了，所以朱载坖让和自己一道在幕后，这次也应该让这些年轻人露露脸了，朱载坖对戚继光说道：“莒国公以为，国朝后辈之中，由哪些堪为大将的人选啊？”
戚继光仔细思量了一下，向朱载坖介绍了一下现今朝廷后辈将领的情况，总的来说，大明现在老中青三代将帅还是比较齐全的，如戚继光、李成梁这样的老将，他们都属于老一代的将领，而比他们要稍微年轻一点的，就是邓子龙、吴惟忠、张元勋、黑春等将领了，他们基本上都是原来马芳、戚继光、李成梁的部将所成长起来的，实战经验丰富，都是砍人头积功升上来的，他们都是属于老派的将领，经验丰富，但是没有接受过系统的军事教育。
而稍微年轻一些的将领主要就是勋臣们了，如英国公张元功、刘綎、俞咨皋、戚金、李如松、马栋等人，他们既有家学渊源，也接受过系统的军事教育，是未来官军征战的主力，也是朱翊釴能够倚仗的官军将领，其次就是大量接受过武学教育的中低级军官和卫所的世袭军官们，他们数量庞大，是官军基层军官的主要来源，也是官军未来统帅的来源之一。
经过十多年的培养，在朱载坖和俞大猷、戚继光等人的努力下，建立起了从各军兵种武学到国子武学的军事教育体系，基层军官的选拔任用和卫所世袭军官的袭职等，都有了相对严格的规定，五军都督府和练兵军务处分领卫所和镇协官军的格局已经形成，兵部已经重新回归到军政机关的职能上去了，对于这点，朱载坖深感自豪，这是自己老爹都没有做到的事情，但是被朱载坖所做到了。
朱载坖接着问道：“英国公那边稳妥吧？”
戚继光说道：“陛下，臣已嘱咐过英国公，提蓟镇、大宁精骑一道至喜峰口，恭顺侯吴继爵和三千营副将哱拜提三千营精骑在喜峰口接应，万无一失。”
朱载坖说道：“此事务必要机密，不可为外人所知。”
戚继光当然知道此事的重要性，有关此事的所有命令都是由戚继光本人亲自办理，通过练兵军务处的绝密塘报传递下达的，除了应当得知此事的将领和朱载坖之外，严格防范消息泄露，不管是英国公张元功还是恭顺侯吴继爵、哱拜身边，都加派了锦衣亲军，防止泄密，王崇古虽然有所猜测，但是他很知道分寸，佯装不知。