朱载坖巡视南京已经一年了，现在京师的臣子们也多次上疏请求朱载坖回到京师，但是朱载坖都以安南战事为由并没有答应，现在升龙府已经被拿下了，很多人都再次上疏请求朱载坖回銮，而且内阁也具本上疏请求朱载坖回銮，朱载坖再次予以拒绝了，而是继续商量安南的上后事宜。
对于朱载坖来说，军事上的成功只不过是第一步，怎么样使得安南能够长治久安才是重点，朱载坖一方面命令沐昌祚等前线大将剿除安南的地方势力，不仅仅要对安南的军队予以剿除，对于安南的所谓地方豪强也要尽快予以剿除，防止这些地方势力对于朝廷在安南的行政造成不利的影响。
然后是慎择官吏了，现在对于交趾，朝廷要实行郡县管理，所以相应的官员们是很重要的，只有慎择官员，才能够保证朝廷的各项制度能够落地，同时将安南予以安定下来，这点是朱载坖最关心的事情，安南的主官必须有丰富的处理边务的经验，同时要善于和这些少数民族打交道，也具备一定的军事能力，在这几个要求之下，其实合适的人选就不多了。
群臣们举荐的最多的就是两人，第一是现任两广总督李化龙，李化龙颇具军事才干，在担任广西巡抚期间，平定了广西的瑶乱，对于处理这些少数民族的叛乱很有经验，但是也有人认为李化龙一年两迁，已经是超擢了，而且现在两广还需要李化龙来安定并且向安南提供后勤，暂时不能离任。
然后就是巡抚四川都御史邢玠，他也是有处置这些少数民族暴乱的丰富经验，由相应的军事能力的臣子，除此之外，还有举荐山东左布政使李汝华、江西左布政使黄克缵、兵科都给事中林熙春等人，朱载坖详细查看了他们履历，治绩和吏部的考成等，在和重臣们商量了之后，下达了指令。
原右佥都御史、巡抚四川邢玠，升左副都御史兼兵部左侍郎，加经略交趾、安南等处水陆军务事，负责安抚安南，作为交趾和安南两布政使司的最高长官，原山东左布政使李汝华，升右佥都御史，巡抚交趾等处，江西左布政使黄克缵调交趾布政使兼理屯田、学政等事，兵科都给事中林熙春升交州知府兼交趾按察使佥事、交州兵备道。
在明确了相关的官员之后，朱载坖要求这些官员要迅速到任，恢复生产，一方面对于安南百姓予以安抚，另一方面要使得朝廷在安南的统治能够生根发芽，要将敢于反抗的人予以消灭，同时对于愿意投靠大明的，也要予以任用，在安南推广教育，实施汉化。
之前殷正茂等人就和朱载坖详细分析了之前永乐南征的失误之处，之前官军的军纪太差，杀戮太过，激起了安南的反抗，官军在永乐南征的时候，甚至有\"积尸为山煎肉取膏\"等骇人行径，并非孤证。官军效仿朱元璋发明的\"活体抽肠\"酷刑，更将孕妇剖腹取婴首级充作战功。
而且朝廷派往安南的官员素质太差，大量任用两广落第举人、凤阳罪官等贪墨官僚。大明官员\"重科厚敛\"，越籍伪官\"凶残更甚\"。所以针对这些事情，朱载坖都做了相应的调整，朱载坖在之前就严令沐昌祚、刘綎等大将，不得滥杀，对于敢于抵抗大明的，自然是痛加杀戮，但是不能无目的的屠杀，官军征讨和杀戮对象主要是敢于反抗大明的安南人和安南的上层贵族、官僚集团，识字阶层，而不是安南百姓，对于愿意归顺大明和主动汉化的，要予以善待。
同时对于原来的安南伪官，要予以严厉审核，不能够放纵这些贪婪之辈进来，同时在安南开科取士，对于那些粗通汉字的读书人，要将他们吸纳进大明的官僚队伍当中，同时对于安南的所谓字喃，予以废除，限期上缴销毁，私藏有字喃的书籍，即以谋逆论处。
所谓字喃，就是安南人利用汉字的构字法则创造了新的文字。尽管字喃是以汉字为基础，通过借用整个汉字或汉字偏旁，并结合汉字的形声、会意、假借等造字方法进行创制，但每个字喃的构成都离不开汉字。朱载坖一向的观点就是书同文，车同轨，大明境内，断然不能有其他的官方语言，尤其是像安南这样的新收复的地区，更是要厉行汉化，避免安南的再次脱离。
要广设学校，加强教育，使得安南的下一代都会汉语，写汉字，同时让这些安南妇女嫁给卫所军士，使得朝廷在安南的统治更加稳固，安南这几十年来一直是战乱不断，先是莫朝和黎朝的常年战争，然后就是郑氏和阮氏之间的战争，再加上这次大明征讨安南，使得安南百姓离散，人心思定，这点对于大明来说是有好处的，同时长期的战乱也是安南北部的人口锐减，大量的丁壮死亡，这些对于大明来说都是有好处的。
所以殷正茂等人的建议就是先将安南北部拿下，然后再徐徐图之，因为阮氏在顺化等地经营已久，积蓄了较为雄厚的力量，殷正茂认为未可轻取，阮氏割据安南南部，在各地府县则任命知府、知县管理民政。所有官僚任免及政务均拒绝北方朝廷插手，切断与北方朝廷的隶属关系。又网罗陶维慈、阮有进等文臣武将，日夜谋议，专地抗命，南方割据势力逐渐壮大起来。
而且阮氏从一个偏安安南南部、地狭人少的地方割据势力，经过发展成为中南半岛一个实力强大的政权，大明必须要予以重视，先将安南北部予以控制，以交趾和占城作为朝廷进攻阮氏的攻击出发阵地，最后再将阮氏予以消灭，这样的话是最稳妥的办法，所以朱载坖在之前支持了沐昌祚的决定，没有命令刘綎大军直接南下，而且专注于消灭郑氏，对阮氏采取麻痹的态度。