朱载坖也下达了自己的上谕，就是两条腿走路，朝廷要征讨安南不是一时半会儿的事情，这些商贾们既然投入了巨资，还是要有所回报的，所以要首先发展台湾的制糖业，同时由朝廷出资，在苏松等地开办朝廷的军粮工场，为朝廷官军准备应急干粮，朱载坖要求这些应急干粮要有耐储存、能饱腹、轻便易携带等特点，是为官军征战的时候应急食用的口粮，能够减轻官军的后勤负担。
除了普通步卒的粮食，针对水手、骑兵、尖哨等特殊兵种，也要配发相应的口粮，以适应他们的作战任务，朱载坖很清楚，制造这些口粮，需要大量的糖，这些生意也要交给糖业公司负责采办。
同时北洋水师也已经转运第一批倭军到崇明岛了，朱载坖命令东海水师和南洋水师一道协助将这些倭军士卒转运到安南去，官军所拟定的登陆场就在升龙府附近，朱载坖已经和这些倭军的将领交代了任务，他们到安南去，就是烧杀抢掠的，所得的都是他们自己的，大明朝廷既不会给他们军饷，也不会干涉他们在安南干什么总之一句话，就是随意施为，任意而行，只要是安南人，倭军都可以杀，都可以抢。
为了提高这些倭军的战斗力，戚继光将搜罗了一些官军淘汰的武器和甲胄，给这些倭军装备上，虽然对于官军来说，这些装备已经是被淘汰的了，但是对于这些倭人来说，已经是非常不错的装备了，官军淘汰的火绳枪、佛郎机、虎尊炮还要点火式的手榴弹对于他们来说都已经是非常先进的武器了。
不过官军的甲胄对于倭人来说确实是不太适合，因为太长了，倭人穿起来要拖在地上，非常不便，这次带兵的是北条家的北条氏康，北条家也算是率先投靠大明的倭国领主，朱载坖还以校阅水师的名义的亲自前往崇明岛，召见了北条氏康，朱载坖对他只说了几句话，朱载坖说道：“朕闻安南富庶，尔等能否在安南发财，就看你们自己了。”
朱载坖还命令从苏松调集了一些粮食给倭军充作行粮，同时给参战的倭军赏赐五元，激励士气，朱载坖关心的是这些倭军能够给安南造成多大的伤亡，这点是朱载坖所关心的，戚继光认为综合目前的情报来蓝，安南可战之兵十五万还是有的，其中精锐应在八万左右，这些倭人也算是悍勇之辈，又有官军的武器装备支援，同等兵力下安南军队未必是倭军的对手。
但是倭军的作用远不止于此，倭人残暴，大明之所以利用这些倭人，就是要破坏安南的农业生产，安南的统治中心和粮食产区都在红河三角洲，只要能够破坏安南的农业生产，尤其是红河三角洲的农业生产，安南的粮食供应必然出现问题，作为一国之君，朱载坖可太清楚粮食不足会出现什么了，中南半岛确实是盛产粮食，但是暹罗、占城等粮食产地都在大明的控制之下，而安南自己的粮食产区一旦被破坏。黎朝的统治必然不稳，到时候就是大明恭行天讨的时机了。
对于戚继光的这个判断，朱载坖深以为然，倭人的目的就是如此，搅乱整个安南的局势，虽然在郑氏的支持之下，黎朝消灭了莫氏，但是并不意味着黎朝在安南就是一家独大了，现在郑松权势炙手可热，自任“都元帅总国政尚父平安王”，掌握官吏任免、征税、抽丁、治民等权，地位世袭，人称“郑主”，黎皇只负责临朝听政及接见使节，但是安南南部的阮氏也有相当的实力。
安南南部则由阮氏家族控制，早在黎莫南北对峙期间，黎朝大臣阮淦之子阮潢因见郑检猜忌自己，便自请出镇顺化，阮淦在顺化积极经营，争取人心，到日后发展成“阮主”政权。阮潢协助郑松扫荡莫氏势力，但仍被郑松所忌，适值朝中官员纷纷征讨郑松，阮潢乃向郑松诈称协助讨贼，乘机返回顺化，派军把守广南，控制南方。阮潢又将女儿嫁给郑松之子郑梉，结成姻亲，寻求和好，但郑阮对峙之局已形成，安南国内尚未安宁，黎朝就敢挑衅大明。
一旦黎朝显出疲态，阮氏绝对不会放任这么好的机会的，这点朱载坖是很清楚的，如果安南内斗起来的，对于大明就更是好事了，朱载坖对于安南要采取多种手段，尽可能的减少朝廷征讨安南的损失，既然东南的商人向愿意出重金帮助朝廷征讨安南，朱载坖也不能坐视。
他一面命令殷正茂等督兵进剿，对于叛军展开清剿，朱载坖严令张元勋等各将不准接受叛军的投诚，务必将其绞杀，同时从云南而来的援军在刘綎的指挥下，从元江等地出发，解思明、镇安两府之围，截断了安南和广西叛军联系的路上通道，将广西叛军压缩在庆远、柳州等地，准备与诸路官军汇合之后将叛军歼灭。
殷正茂向朱载坖奏报，现在叛军聚集，而浔州地境中万山盘绕，其中有浔江，发自柳州、庆州，向东绕至浔州，途径象州、永安、修仁、荔浦、平乐县等。在浔江附近的山脉均为陡峭的山崖，叛军准备据险死守，所以殷正茂请求朝廷调拨火炮、火油、毒烟弹等装备，进剿这些叛军，朱载坖同意了殷正茂的请求，命令调拨相应的军器给两广官军，同时给殷正茂严令，务必将叛军一体擒斩。
朱载坖在上谕中说道：“自宪庙以来，屡叛屡剿，殊难教化，朕必申天讨，以加诛戮，使之知国朝法度之威，朝廷令谕之严也！凡属叛逆，不可轻纵，彼辈既不堪教化，朕必令其为齑粉矣！传檄官军各部，使之明朕之意，不为大明之编户，则为大明之京观也！首逆必斩，夷其九族，胁从枭首，以明朝廷之法也！”