南京是大明的留都，朝廷在这里配置了重兵，用以保证的留都的安全，南京京营主要负责在大、小教场操练南京诸卫所轮班官军，同时操练的有南京神机营。此外，又设池河营于江北，专城守、护陵寝。嘉靖二十四年，设立振武营，选南京各营锐卒及淮安府、扬州府丁壮者充任。池河营、振武营各有营兵三千。
除了南京京营之外，还有南京卫所，隶属南京五府的南京卫所共计三十二卫、二所，还有南京亲军诸卫，一共十七卫，金吾前后左右卫、羽林左右前卫、府军卫、府军左右前后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫、江淮卫、济川卫还有孝陵卫，卫所官军众多，但是现在屯田被侵占，士卒也逃亡不少，朱载坖命令整顿南京和南直隶卫所。
除此之外，朱载坖最关心的就是广西的战事了，按照朱载坖之前的命令，有关广西的军情之前送达南京，朱载坖仔细查看了从广西发来的战报，冬春季节，气候反而对官军有利，因为两广气候温暖，雨水丰沛，光照充足。夏季日照时间长、天气湿热，冬季日照时间短、天气干暖。
冬春季节雨水少，对于官军来说便于机动行军，同时叛军久攻城池不下，军心士气也大不如前，官军的各路援军也在逐渐抵达，刘綎也抵达广州接过指挥权了，在刘綎的指挥下，广西官军仍旧坚守城池，广东官军在肃清广东境内的叛军之后，开始向广西进军，叛军主动放弃了围城，准备伏击官军，不过刘綎对此早有准备，叛军多次伏击均未能奏效。
官军已经进入广西，解梧州之围，各路援兵将叛军向安南方向压缩。不过殷正茂也上疏向朱载坖坦陈，叛军主力尚未收到相当的损失，未可轻敌，这点得到了朱载坖的认同。
朱载坖将广西的奏报给戚继光看，询问戚继光的看法，戚继光认为现在刘綎的战法是正确的，官军进占梧州，吸引叛军的注意力，而沐昌祚指挥云南方向的官军截断叛军和安南的联系，使得叛军陷入官军广东、云南、贵州、湖南四个方向援兵的打击，官军要想取胜，就相对容易的多了。
对于戚继光的判断朱载坖还是相信，这些叛军虽然能够聚集起十数万之众，但是毕竟是乌合之众，看起来声势浩大，但是只要官军援兵抵达之后，他们肯定不是官军的对手，但是朱载坖关心的不是这些，讨平这些叛军，在朱载坖看来，不过是时间问题罢了，朱载坖关心的是怎么收拾安南，安南明着给大明上眼药，朱载坖要是再无动于衷的话，暹罗、占城等返藩属怎么看大明？
朱载坖的想法很简单，毕竟给安南一点颜色看看，戚继光认为现在就对安南用兵的话，有些困难，戚继光奏道：“陛下，成祖以兵三十万，方定安南，现今广西残破，难以为大军提供粮秣，且安南非小国也，其兵不下十万，缓急之间，难以征讨。”
戚继光说的确实是实话，现在要想立马对安南动武，时机是不成熟的，朝廷刚刚平定广西，需要时间修整，同时将因为广西叛乱而延误的京广直道修通之后，在调集重兵收拾广西，但是朱载坖将王锡爵的奏疏递给戚继光，阐述了朱载坖的想法，雇佣这些倭人去收拾安南人。
倭人凶狠残暴，当年给大明沿海造成了极为深重的灾难，朱载坖费了好大的力气才将倭国予以平定，但是这些倭国的武士，始终是大明的统治倭国的不安定因素，这些浪人有些武艺，在倭国留着也是祸害，不如将他们征召起来，为大明征战，安南不好对付，就让这些倭人是试试水。
戚继光思虑了一下说道：“陛下，倭人喜盗、轻生、好杀，天性然也，其攻安南必大杀戮，何以制之？”
戚继光说的确实是一个问题，这帮畜生凶残无比，真要他们打硬仗不怎么管用，但是杀人放火，强奸抢劫这些就是他们的天赋了，但是朱载坖也没想过要制止他们，他们又不是在大明的地盘上的作战，杀安南人就杀安南人呗，和朱载坖这个大明皇帝有什么关系？
所以朱载坖说道：“彼在安南杀戮，与朕何干？”
戚继光明白了朱载坖的意思，朱载坖认为这些安南人当年之所以敢于反抗大明，就是没杀够他们，要杀的他们胆寒再说，朱载坖对于统治安南猴子兴趣不太大，他也不愿大明官军的士卒们用血肉去填这个坑，最好的办法就是借倭人这把刀了，也算是废物利用了，对于朱载坖来说，这样一来是报复安南，给安南黎朝提个醒，让他们知道大明是不好惹的，二来就是借机削弱安南的力量，这帮倭人去杀人放火，也是变相的帮官军减轻日后的负担。
但是戚继光有一个问题，就是以何名义去？官军和这些倭人要保持一定距离，毕竟他们就是干脏活的，还是离他们远一些，但是又要让安南明白这就是大明的报复，这点还是要注意，朱载坖也找到自己的办法，朱载坖认为这支军队从头到尾都是倭人，官军不插手其中的事情，他们是协助官军的，所以就叫皇明官军协助军，简称皇协军。
在倭国编组之后，直接从倭国拉到安南去，上岸之后就让他们发挥自己的天赋就行，这些东西他们都不用人的教的，自带杀人放火的祖传天赋，但是问题是有两点，武装并且将五万人运到安南去，这个耗费是不菲的，需要大笔的钱财，还有各种装备，虽然倭人也能自带一些，但是大明也要为自己的皇协军准备一点，毕竟送他们上路还是要慷慨一点的。
第二就是从倭国到安南，中间肯定是要停泊补给的，必须派兵看住这些畜生，防止这些畜生为祸。