其实广西瑶乱在大明并不是什么稀奇事，在大明，大规模的瑶乱就不下四五次，至于平时的小规模叛乱则是数不胜数，在隆庆初年就爆发过大规模的叛乱，只不过当时就被殷正茂给讨平了，现在再次大规模的叛乱，使得言官御史们纷纷上疏弹劾殷正茂。
殷正茂确实是有些骄横，专阃一方，对于这些御史们，殷正茂一向看不上眼，和几任巡按御史都不能够和睦相处，但是朱载坖一向袒护他，使得言官们对于他早就不满了，这次两广徭乱，规模之大，是历年以来所罕见了，而且情况也和之前有所不同。
之前的徭乱，不过就是正常的内地叛匪罢了，但是这次的广西瑶乱规模之大，也是多年以来所罕见了，不仅仅是广西全境，甚是波及到了广东山险木深的惠州、潮州，贼势连地八百里，贼众十余万，声势浩大，确实是非常少见的，官军一时之间还有些手忙脚乱的，难以将叛乱迅速平定下来。
而且这次的瑶乱还和安南有关，就更加增加了平叛的难度，有安南在背后支持，官军一时半会儿肯定是难以将叛匪彻底肃清的，言官御史们纷纷上疏，弹劾殷正茂不职，认为殷正茂贪墨、不职、懈怠等罪，要求将其罢免。
连一向支持殷正茂的张居正也有些动摇了，殷正茂年介七旬，能否处理好这事，张居正也也没有把握，但是朱载坖则是坚定的支持了殷正茂，朱载坖很清楚，这次广西的瑶乱还是和朱载坖自己的轻敌有很大的关系，两广瑶乱本就是非常之频繁的，当地的土司本就敌视朝廷，和安南不清不楚，本就极不安稳。
但是朱载坖之前在连番的胜利之下，对于此事在明知的情况之下仍旧要求殷正茂一面推动京广直道的修筑，一面在广西推动改土归流，这下彻底使得这些土司们和大明翻脸，刚刚安定下来的广西再度叛乱。
对于安南的能量，朱载坖也估计不足，朱载坖始终认为黎朝现在没有能力统一整个安南，在官军已经用水师打击了安南之后，朱载坖采取了对安南绝贡的措施，使得安南黎朝和大明的关系急剧恶化，但是朱载坖并没有进一步采取措施制止安南黎朝对莫氏的吞并，实施了放任的态度，使得黎朝能够轻易吞并了莫氏，直接和大明接壤，得以煽动广西的这些土司作乱，这点并不是殷正茂的错误。
事实上殷正茂已经多次通过密疏向朱载坖陈奏此事，但是朱载坖认为安南刚刚统一，没有这个胆量和本事和大明作对，广西的瑶族土司在隆庆初年也已经被镇压过了，所以朱载坖托大的认为，这些土司绝不敢和朝廷作对，事实证明朱载坖低估了安南搞事情的能力，也低估了这帮土司的能量，殷正茂当时的担忧不幸言中了。
朱载坖坚决支持殷正茂，将这次误判的责任揽到了自己的头上，朱载坖命令公布殷正茂之前的密疏，同时向朝廷内外坦陈自己的错误，是朱载坖要求殷正茂执行改土归流的，两广土司的叛乱是由于朱载坖的判断失误，而不是殷正茂，朱载坖命令殷正茂继续供职，讨平叛逆，对于仍旧弹劾殷正茂的言官，朱载坖予以重处。
同时下达诏令：“今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背！”要求殷正茂督兵进剿，严厉镇压广西的叛乱，绝不宽纵，对于安南，朱载坖认为也要给他们长长记性了，要不然安南不知天朝之威矣，朱载坖传檄安东都护府大都护王锡爵，从倭国招募武士，由大明官军运载到安南去，放手让这些浪人去干活，这些当年的倭寇是些什么货色，大明是很清楚，用他们去祸害安南，朱载坖没有半点心理负担。
既可以将倭国这些不安定因素予以消除，又可以沉重打击安南，免得他们吃饱了干涉广西。朱载坖命令殷正茂优先将广东的叛乱平定下来，保证广东港口的安定，然后在调集兵力进剿广西，不必急于一时，要将广西的这些土司一网打尽，方便朝廷推行改土归流。
朱载坖在上谕中说道：“殷正茂素有才略，朕所知之，其督率将领司道等官，悉力驱剿，务期荡灭，其地方机宜，悉听破格整理，敢有梗挠者，奏闻重治。”
朱载坖对于殷正茂表达了坚决支持的态度，安定了朝廷，同时也敢于坦然承认自己的决策失误，对于那些实干派官员来说是一个好事，朱载坖没有像一些皇帝一样，推诿失策，明明是皇帝的决策失误，但是往往推给臣子，这些广西的叛乱，朱载坖就明确承认，是自己对于广西估计不足，导致了广西的瑶乱，这使得很多地方封疆大吏反而对于朱载坖更加信服。
他们最害怕的就是皇帝的推诿，明明是按照皇帝的决策行事，但是一旦出了岔子，皇帝就这些问题都推给臣子们，甚至对这些臣子们加以惩治，这样一样，哪个还敢贯彻皇帝的意志？整个官场必然是一片虚浮，朱载坖要做的就是以身作则，改变这种风气，是朱载坖的错误，朱载坖坦然承认，是朝廷的错误，朝廷也坦然承认，而不是将一应罪责都推给干活的臣子，要保护这些干活的臣子。
朱载坖在坦陈自己的失误之后，内阁、兵部也主动上疏请罪，认为这次两广之乱，内阁和兵部也负有一定责任，没有能够提前判断，对于叛乱的估计和准备不足，在朱载坖和内阁、兵部等将此次失机的罪责揽过来之后，言官也不好说什么，总不能弹劾朱载坖吧？
朱载坖的态度很明确，就是按朕说的做，即便出了差错，责任有皇帝承担，不会将责任推给臣下的，所以得知消息的殷正茂向朱载坖上疏请罪，同时通过密疏向朱载坖进呈议处广西之策，准备督兵进剿，迅速解决广西的叛乱。