当然，朝廷的这些措施都只是对于官军整个后期体制的宏观管理，但是最重要的是要解决困扰官军很久的军饷问题，士卒的军饷得不到及时的发放，不仅会影响官军士气，更会直接影响到官军的战斗力，甚至造成官军哗变等事端的出现，对于大明来说，绝非好事。
而且事关士卒们的军饷发放，绝非小事，是关系到士气军心的大事，朱载坖很清楚，这是谨慎谨慎再谨慎的事情，稍不注意，就是出大乱子的，仅靠朱载坖和一帮文臣的想法是不行的，必须要在军中广泛的听取各级将校、士卒们的意见，在予以实行，同时也要等到征虏大军回归之后再说。
李成梁和戚继光在吉林等地扫荡北虏和女真各部，俘获北虏一共三万余，缴获牛羊马匹可十万计，控制了整个松嫩平原，同时戚继光还向朱载坖上疏，请求在松原卫修筑边墙，隔断北虏从蒙古进入辽东的路劲，防止蒙古再度进入辽东，同时日后松原卫也可以成为从辽东征讨蒙古的功绩出发阵地。
官军已经基本上完成了这次征讨北虏的任务，大军已经在班师回朝的路上了，朱载坖不仅仅是要准备相应的赏赐等物资，同时还要准备对于统兵大将的封赏，这次官军大获全胜，确实是大胜，朝廷肯定是要对参战的官军士卒军官予以封赏，不光是赏赐金银等物资。
对于表现突出的士卒，要予以提拔，选送两京军事学院中深造然后分派下去担任基层军官，对于表现优异的军官们，也要予以升迁的，而重中之重就是两位主帅蓬莱侯戚继光和玄菟侯李成梁两人的赏赐，他们无论是从职务还是从官爵都已经是到顶了，对于他们的封赏才是牵动着朝廷官员们的心。
偏生朱载坖之前没有对此事有任何表示，使得朝廷上的臣子们也不敢多说，毕竟朱载坖现在君威颇重，很多时候即便是朝廷上有不同的意见，朱载坖也能够利用自己的威信将其推行下去，尤其是事关封爵、赏功等大事，朱载坖从不听臣子之言，往往是自己作出决定。
朱载坖问道：“诸位以为，此战赏功应该如何办啊，尤其是戚继光、李成梁？”
张居正说道：“陛下，非常之功以非常之赏，此恩出于上也，臣等不敢置喙。”张居正认为这些大将们的封赏，必须是朱载坖本人亲自决定，而不是由臣子们决定，而朱载坖让臣子们离开之后，问太子道：“这次的赏功，你有什么想说的吗？”
太子朱翊釴认为，这次官军确实是取得大胜了，朝廷也确实是应该重赏有功的将士们，但是李成梁、戚继光似乎爵禄已极，是否应该采取其他方式，比如推恩于家人等办法，朱载坖听了之后只是笑了笑，其实大家为什么不说戚继光、李成梁两人的赏功问题，因为这次确实是非常之功，彻底消灭了土蛮部，接触了北虏对于大明辽东、蓟镇等威胁，同时还俘获了蒙古大汗，对于大明来说，确实是非常之功，所以肯定是要厚加赏赐的，但是戚继光、李成梁已经位居侯爵，再封赏就只能晋封国公，群臣们当然是不愿意再多一位国公的，但是他们有没有过硬的理由来反对，所以只能够将此事交给朱载坖圣裁了。
而朱载坖的态度是很明确的，当赏则赏，当罚则罚，绝对不多说，既然李成梁和戚继光立下了这么大的功劳，朝廷自然是给予赏赐，朱载坖当日下午就传出旨意，蓬莱侯戚继光晋封莒国公予世袭三代，玄菟侯李成梁晋封襄国公予世袭三代，同时命令太子朱翊釴亲往迎接征虏大军。
朱载坖的旨意并没有出乎臣子们的意料之外，立下这么大的功劳，自然是要重赏的，这点臣子们是很清楚的，随后朱载坖再次发布诏令，提督蓟辽军务黑春封抚顺伯，调任前都督府右都督掌行前军都督府事，其子黑云龙调三千营游击。
原蓟镇总兵英国公张元功加少保，调提督蓟辽大宁等处军务总兵官。
曹国公李言恭调京卫都指挥使兼掌亲军诸卫，仍充领侍卫内大臣，定国公徐文壁调领侍卫内大臣兼掌红盔将军，管带侍卫处。
襄国公李成梁任总督京营戎政，莒国公戚继光任中军都督府左都督兼掌班操京军，武定侯郭大乾任中军都督府右都督掌行中军都督府事，黔国公沐昌祚加后军都督右都督掌行后军都督府事，原缅甸镇总兵邓子龙升任提督缅甸等处水陆军务事。
升原宁夏镇总兵麻贵为左军都督府右都督兼掌行左军都督府事，同时调提督倭国水陆军务事吴惟忠回京，升陈璘提督倭国水陆军务事，李如松也调回京师，李如松挂征西将军印充提督陕西三边军务。
吴惟忠加右军都督府右都督兼掌行右军都督府事，朱载坖通过一系列的人事任命，对于大明官军的指挥机构予以重建，同时朱载坖原本准备加恩于戚继光的子弟，但是由于戚继光的儿子们年龄不大，只能先在武学中读书然后在京营、亲军诸卫中历练，朱载坖推恩于戚继光的侄子戚金，任命戚金为中都留守司留守，负责整顿中都留守司。
同时除平时的赏银之外，朱载坖出内帑金二十万两，铸造征虏赏功金币，发给全体参战士卒和战殁士卒的遗属，同时对于这次战殁、负伤的士卒们要妥善安排，不仅要直接给予赏赐，还要蠲免赋税，对于战殁士卒的遗孤，朱载坖命令各级地方官府要送这些遗孤上学，善给衣食，愿意参加科举的要资助参加科举，愿意投军的可以直接参加各军事学院的考选，也可以送羽林左右卫、府军前卫当兵，现在亲军诸卫中锻炼。
还有为官军运输粮秣的卫所士卒、民夫等，也要予以赏赐，他们主要是给予粮食等实物的赏赐。