张居正自己就是出身于卫所军籍，对于这些事情是极为了解的，朝廷不止一次的清丈军屯，但是效果并不好，大家都很清楚，想恢复军屯旧额，就必须反击卫所军官和地方豪强的侵占行为，清出这些被侵占的屯地。从宣德以来，朝廷多次的清丈军屯，试图解决这个问题，但是实际上的成效是不大的，军屯和籽粒日渐减少。
朝廷之前清丈的办法通常是根据原来的军屯土地鱼鳞册，丈量土地，清出被隐占和侵吞的屯地或者荒地，交给原来的屯军耕种，或另招余丁补种。但是这种办法效果并不好，清丈措施在实行过程中，往往会遭到卫所军官和地方豪强顽强的抵制和阻挠，最明显的例子就是正德时期，当时掌权的太监刘瑾也准备清丈军屯，这些卫所军官当即予以反抗，义州、辽东、宁夏等地接连发生兵变，最终导致了刘瑾的垮台。
而张居正则指出了一个重要的问题，原本应该支持朝廷清丈军屯的士卒们其实对于朝廷的清丈军屯并不在意，这些卫所士卒们也不积极配合。因为清丈屯地不过是把士卒们进一步束缚在军屯土地上进行奴役和剥削。况且清出的军屯土地又不是士卒们的私产，因而他们“得田入手，潜复兴卖”，“终不能禁军之贫者以田帖为货也”，朝廷实际清丈的目的非常之有限。
现在朝廷的军屯籽粒从永乐、宣德时期最高峰一千万石，到现在不过二百多万石，朝廷损失了大量的税粮，这点确实要值得重视的，经常巡视九边的官员们也向朱载坖指出，现在军屯的状态是膏腴之地夺占于官家,瘠薄之田荒芜弃为秽莱,有有军无余丁者,有有军余而无力不能耕者，军屯荒芜，不一而足。
现在军屯的状况确实是非常之差，但是张居正和张四维向朱载坖上疏想要说明一个问题，就是朝廷清丈军屯的目的是什么，这点是很重要的，朱载坖认为，清丈军屯的目的是为了充实卫所，保证朝廷的官军始终有充足的兵员，还有军屯所产生的籽粒，也就是军屯的赋税，也是卫所官军军费的重要补充。
朱载坖也很清楚，必须要对军屯的制度予以改革，不仅仅是在军屯的赋税上，对于军屯的整个制度也要予以变更，朱载坖很清楚，原本的那种制度无法执行下去，朱载坖于是召集各部院重臣们一道商量有关军屯的改革办法，按照洪武三十五年所制定的规矩,规定每军受田一份即五十亩，交纳正粮十二石,储存于本卫屯仓,由本军自支。另纳余粮六石为本卫所军官俸粮。永乐时在此基础上制定了屯田官军赏罚条例,规定每军除每年应交纳的正余粮外,生产粮食多的卫所有赏赐,生产不足的要罚军官的俸禄。
对于这种制度，首先就是科则太重，对于军屯来说，是民田科则的数倍，军户们很难承担，所以朱载坖采取的办法是军田民田统一科则，不准额外加征，之前为了防止卫所军官在征收赋税的时候欺压军户，曾经命令由地方州县征收赋税之后支给卫所，但是五军都督府认为这样不便，请求仍旧由卫所自己征收籽粒。
对于军屯，各个都司虽然都在减少，但是其减少的原因是各不相同的，对于腹地的都司尤其是两京和东南等地的都司来说，主要存在的问题是军屯田地的被侵占，因为这些地方承平日久，没有战事，人口滋生，土地紧张，可供开垦的土地都被开垦殆尽了，不管是地方豪强还是卫所军官，都大肆兼并军屯，而且因为军屯的土地，卫所和地方的经常打口水仗。
张居正等人仅仅举出一例，在英宗朝时，直隶苏州卫奏：本卫军士原辟屯田一十四顷，比因他役未及耕种，而常熟县民人据之以为己有，请仍给军屯种为便。事下行在户部覆奏以为，军既他役，不当复给以田，请仍令民佃，而租税如屯田例征收，诏从之。
苏州卫之前在常熟屯垦了一些土地，后来军士调走之后，这些百姓就将军屯的土地予以侵占耕种，而地方官府为了这些土地就和卫所开始扯皮，但是实际上君臣都很清楚，一般的百姓是没有侵占军屯土地的胆量的，而且即便就是这些百姓们偷偷的种了卫所的土地，地方官府会为了他们和卫所撕破脸吗？显然是不可能的，这些所谓常熟县的民人，实际上就是当地的豪强，他们买通地方官府，强行霸占军屯。
这种事情在大明是非常之常见的，到底是民占军田还是军夺民田，其实有时候朝廷自己也说不清楚，但是现在文贵武贱，朝廷在处理此事的时候，自然是偏向于地方官府的，卫所往往处于弱势，这点是很明确的。
但是这些地方确实是地狭人稠，要是强行恢复当年的军屯的话，就会使得百姓无地可种，所以无论是内阁还是户部，都向朱载坖陈述在这些地方进行清丈田亩可能造成的动荡，这些地方本就不太适合军屯，朝廷在清丈的时候，以维持现状为主，不能要求恢复到之前的屯田的数额。
对于这个要求，朱载坖是同意的，但是这些卫所军士，也要有生计啊，在清丈之后，要明确这些屯田属于朝廷，不能买卖，给现在耕种的军户发给凭证，防止这些屯田被侵占了。
还有就是卫所仓储的问题，原本卫所是有仓储的，专门用于收储军屯籽粒的，但是宣宗是规定：“宜通行天下司、府、州、县原有仓分者，以卫所仓并属之；原无仓分者，就以卫所仓改易其名隶之。惟辽东、甘肃、宁夏、万全，沿海卫所无府州县者，仍旧卫所。”
这样使得腹地的卫所仓储被取消，只能依靠地方州县，导致卫所和州县的矛盾更加尖锐。