朱载坖说道：“大明的官缺，什么时候轮到他们挑三拣四了？再有这等事情，吏部具名奏来，朕来处置他们。”朱载坖不会惯着这些人，朱载坖很清楚，这些捐纳官员和举人出身的官员，仕途无望，当然就以钱财为重，而且他们不惧怕朝廷的考成，他们只有一个目的，就是在被朝廷罢免之前捞够就行了。
所以张居正说道：“陛下，运司乃盐法要害，运使、同知务选年壮廉洁之士，副使、判官要除进士英俊之人。官年壮，则无日暮途穷之忧；任进士，则有砥砺名节之劝。如有不为利诱者，三五年间不次升擢。以二甲进士选副使，三甲选判官及杂以考选前列举人铨补，三年查有成绩，会经荐举或节年考语俱优者，副使比照知州推升各部员外郎，判官比照知县推升各部主事。”
吏部尚书杨巍也说道：“陛下，运司国课所系，宜取科目正途、才望茂着者简用。不宜视为宂员，以才力不及者降补。”
这些意见都得到了朱载坖的认同，朱载坖也认为运司作为朝廷管理盐政的重要机构，若是仍旧以捐纳、举人等出身的官员为主的话，运司的状况必然不会好转，这点朱载坖和重臣们是很清楚的，朱载坖于是命令内阁和吏部选拔素有清名又能干的臣子，充任运司官员，凡是捐纳者，一律予以革退，朱载坖即位以来，严厉禁止捐纳，现在大明官场中的捐纳出身的官员已经不多的，他们也捞的差不多了，朱载坖命令将他们予以革退。
不过这些问题都是其次的，朱载坖认为，重新建立起朝廷对于盐政的管理体系才是重要的问题，原有的巡盐御史、运司、盐法道体系要加以调整，以适应新的盐政管理体系。
首先就是对于巡盐御史权力的调整，原本的巡盐御史权力过重，干涉盐政，领导运司，已经失去了原本监察官员的作用，反而是成为盐政的实际主官，朱载坖认为这样是不行的，应该让巡盐御史回归监察的职能，而不是实际处理政务，朱载坖认为，在都察院内专设盐政一道，从盐政道御史中选派御史出巡各盐场，之前朝廷只在两淮、两浙、长芦、河东派遣巡盐御史，现在要在所有的运司衙门所在地派遣巡按盐政御史，负责稽核盐税账目，督促运司缉私等监察事项。
巡按盐政御史不得干涉运司行政，对于运司行政，小者可以立即纠劾，大者上奏都察院，由都御史向内阁、皇帝奏报之后，由内阁批转户部或者总理盐政衙门执行，限制巡按盐政御史干涉运司行政，朱载坖再三强调，御史是监察官员，而非行政官员，不准越俎代庖，尤其是巡按盐政御史，他们的职能主要在两个方面，第一是巡视运司账目，检查朝廷的盐课是否按时足额征解到位了，第二就是查看朝廷的恤灶措施是否实施到位，向灶户征解正额盐课和余盐是否到位，朝廷的发放给灶户的工本是否到位，这些都是巡按盐政御史所要做的。
而其二就是对于盐政衙门予以细化，之前朝廷虽然在户部下设总理盐政衙门，在地方设立各盐法道和运司，但是各个部门的执掌不清，权责不明，尤其是运司，权力过于集中，食盐的生产、运输，灶户的管理，盐引的发放等都由运司负责，权力虽然重大，但是实际上受巡盐御史节制，很多时候不能够实现所规定的职权。
朱载坖认为，应当将有关盐政各衙门的职责等予以划分清楚，既明确职权，又便于朝廷考成，对于地方来说，盐法道是最常设的盐政机构，盐法道是朝廷设置在各省的专门负责盐政的机构，在提刑按察使司之下，属于分巡道之一，朱载坖认为，盐法道的主要任务是负责疏通盐政，保证盐政通畅，打击辖区内的私盐，负责辖区内的退引制度，保障朝廷盐政的实施。
朱载坖认为盐法道要承担起严禁私盐的主要任务，盐法道严禁私盐的手段主要是两个，第一第督促辖区内各府州县、巡检司严厉查禁私盐，第二就是严厉实行退引制度，现在朝廷的新盐引，都要注明发放盐引的时间，食盐领取的时间，还有食盐的目的地，盐政衙门在发出盐引之后，按季度将所发出的盐引去向一式四份，一份留存地方盐政衙门备查，一份送京师总理盐政衙门存档，一份送都察院存档备查，一份抄送盐引目的地所在的盐法道，从食盐领取之日起，以一年为单位，是盐引的有效期。
食盐运输到盐引上所载明的目的地之后，即由地方府州县衙门收缴盖印，然后转送所属盐法道退引，每年盐法道要将所收缴的退引和盐政衙门发出的退引进行比对，不缴纳盐引的，由盐法道衙门行文盐政，不准再发给盐引，数额巨大，即以贩卖私盐缉捕，盐引和所运输食盐的数量、目的地等必须符合，凡是影射之盐，一律以私盐论处，对于退引收缴不能完成考成的盐法道，着巡按御史指名题参。
这样一来，朝廷就将查禁私盐的任务分解到了各盐法道，朝廷的考成也相对比较简单了，朝廷以巡检总署所统计的人口数据和盐政衙门所发出的盐引数据相对照，如果相差较大的，说明该辖区私盐泛滥，就要对盐法道予以严厉考成，还有一个指标就是退引率。如果盐政衙门所发出的盐引和盐法道收回的盐引，差距过大，那么也就说明该辖区影射私盐的情况相对比较严重，这样的话，朝廷就可以有针对性的采取措施，严禁私盐。
除此之外，就是对于地方运司的改革，现在大明在两淮、两浙、长芦、河东等主要盐区设都转运盐使司，四川则设盐茶都转运司，这些都是负责盐政的部门。