除了禁止盐商直接下场收盐，朱载坖还和重臣们一道商量对策，对于吴家所供出来的商人和官员，要予以分门别类的处理，朱载坖很清楚，现在的盐政官员，没有不贪墨受贿的，对于一些贪墨数量不大，而且只是收受陋规的官员，可以予以从轻处理，但是对于这些放纵盐商拖欠国课，甚至为他们走私食盐提供庇护的官员，一定是要严惩的。
所以要对这些官员们进行审查，情节轻微的由都察院、吏部和三法司处理，情节严重的，不好意思，诏狱大酒店雅座一位，对于这些盐商，也要予以惩治，首先自然是追缴拖欠的税银，胆敢欠税的，不仅仅要追缴盐税，还有予以惩罚的罚款，朱载坖指令户部，欠一年翻一倍，交不出来就充军发配，不管是去缅甸砍树还是去哈密放羊，总之朝廷的盐税，是一分也不能少的。
还有就是这些为盐商充当打手的地痞流氓，这些人直接欺压百姓，甚至贩运私盐，罪大恶极，朱载坖命令各属地巡抚、大理寺分司、按察使司和各镇官军、巡检一道，将这些地痞流氓收系，民愤大的直接就地正法，剩余的一律流放缅甸，现在朝廷在造战舰，需要大量的木料，缅甸很缺乏劳动力砍树，这些人正好去干活。
然后朱载坖命令各运司和地方官府，统计和盐场的灶户数量，以保证朝廷对于盐政的基本情况的了解。朱载坖突然采取行动，惩治这些盐商和贪墨的官员，虽然在官员们意料之中，但是所波及的面之广，还有朱载坖这次的决心之大，是他们没有想到的，朱载坖不仅是对两淮盐政痛下杀手，对于大明的其他盐场，也同时采取行动，一时之间，缇骑四出，人心惶惶。
不少官员上疏认为朱载坖以厂卫办理此案，过于残酷，但是朱载坖对于这些奏疏，一概御批道：“当高皇帝在时，尔辈敢如此狺狺乎？”
不过相比于惩治这些人，朱载坖更加关心的是重新理顺朝廷的盐政，所以朱载坖召集阁部重臣们商量此事，之前朱载坖已经和张居正等人沟通过了，这次对于盐政的整顿，主要是急于两个方面，第一就是保证朝廷的盐税不流失，第二就是保持百姓的食盐供应和盐价的稳定，这两点都是要兼顾的。
朱载坖很清楚，食盐是的重要性，对于百姓来说，食盐是重要的生活物资，一旦短缺，是会影响到百姓的生计的，一头是朝廷的盐税，另一头是百姓的生计，这两头都是不能放弃的，那么只有压缩盐商的利润空间和整个官僚集团所贪墨的银两才行，这点朱载坖是很清楚的。
大明的盐价一直在涨，朱载坖查阅了历年的旧档之后发现，盐价最便宜时的景泰年才1.79文，平时不过六、七文左右，嘉靖初年胡广大荒盐价才涨到二十八文到三十二文，然后盐价就一发不可收拾了，现在南京等处，盐价基本上是在三十文左右，就是盐价便宜的地方，也在十文一斤左右，朱载坖认为还是要执行限价制度，将盐价控制在一个合理的水平，这样才能够保证百姓的生计。
降低盐价的最好办法就是提高食盐产量，关键在于刺激灶户的生产，现在灶户们生计艰难，谋生尚且困难，谈何为朝廷办盐呢？所以朱载坖召集重臣们首先讨论的就是恤灶的问题，而左都御史海瑞认为，恤灶莫过于祖宗之法，洪武时期，灶户生计尚且不错，所以能够为朝廷提供足够的食盐，而永宣之后，灶户的生计日益艰难，不仅无法完成朝廷的盐课，甚至要通过制贩私盐才能够为生，盐政由此败坏。
而恤灶的首要任务就是保证这些灶户们的荡地等生产资料，否则的话，灶户们根本无法为朝廷办盐，荡地主要包括能为灶丁煎盐提供必要燃料的草荡地，还包括制卤所需的亭场、灶房、滩地及储盐的仓库用地，对灶户的重要性不言而喻。本来按照朝廷定例，这些都是由朝廷掌握的，朝廷将这些土地和生产资料按丁分配。每丁所分的荡地都有明确的界限和亩数，定为四至，各立封界，不许越界采伐，严禁私自买卖和兼并。
而且为了保证灶户能够实际控制这些生产资料，从而为朝廷办盐，朝廷还制定了严密的措施，按照大明初年所制定的办法：“运司在五年一次清审灶丁的同时，也会对各场草荡进行核查，其主要目的是保证草荡能均分到灶丁手中，严厉打击典当、买卖、私吞荡地。运司官吏踏勘各场草荡，无论远近，俱登记在册。根据荡地多寡进行分配，荡多，则每丁多分；荡少，则每丁少分。着拨于少者，有着发于无者，变通处置，使丁皆有荡。若有变卖、兼并者，即行处置，务必要追查明白。若有出价典当者，卖地之人所得钱财上缴官府，买地之人将地退还原主，并销毁典当时所立一切契据。”
但是现在荡地尽为盐商之私有，灶户之生计操弄于盐商手中，盐政乌得不败坏？所以海瑞的建议就是依照大明初年的制度，将这些土地全部收归国有，然后查实灶户的数量，重新分配给灶户用作办盐的生产资料，还有各种工具，都要有朝廷提供才行。
除此之外，还要按照朝廷之前的定例，给灶户工本，洪武年间规定：国家不欲损民，故盐课给工本。张居正等人也认为“灶户所承担的盐课关系朝廷的经济命脉，出于优恤之目的，国家在盐课征收时支给灶户一定的工本费。”
这些本来都是大明初年所规定好了的，但是现在由于法度废弛，无法执行，才导致盐政败坏，所以海瑞认为只要能够恢复洪武旧制，盐政就能够得到改善，不是朱载坖显然没有这么乐观。