对于张居正的这个看法，朱载坖也不得不承认，朝廷当中支持淮盐的官员，确实是以盐课作为主要的理由，但是朱载坖很清楚，强行支持淮盐，不但不能使得朝廷的盐税收入有保障，反而会使得朝廷和地方，主要是广东、江西两省之间的矛盾越发的激化。
实际上由于朝廷在淮粤之争中持支持两淮运司的态度，为了挽回损失，粤、赣两地官商掀起一浪接一浪的抗争浪潮 ，甚至有人挺而走险， 以走私活动相威胁 。朱载坖问道：“张师傅，行淮盐和行广盐，于朝廷的盐课，差距多大？”
这个问题其实庞尚鹏早就算过了，一旦在整个赣南行广盐的话，大概广盐会增加三十一万引的销量，而每引淮盐和广盐在解入太仓盐课上的差距大概在五到六钱之间，庞尚鹏认为在整个南赣行广盐，使得朝廷名义上的盐税损失是一十七万余元，这个数字确实是不小。
但是朱载坖并不是这么看的，首先由于私盐的横行，使得现在淮盐在赣南基本上是没有什么销路的，也就是说朝廷根本无法再赣南收取到本应有的盐税，但是行广盐之后，朝廷还是能够从广盐之中抽分到一部分盐税的，所以实际上对于朝廷来说，行广盐之后，实际盐税反而是增加的。
而且朱载坖认为要改变朝廷和地方的盐税分配模式，增加朝廷对于其他盐运司的课税比例，保障朝廷的盐税收入。
之前户部和总理盐政衙门对于粤淮之争也做了评价，户部认为，继续维持淮盐在赣南销售，是以完国课而消积引，所执议者 ，盐法也！而赣南抚按官员欲将整个赣南行销广盐 ，则是出于“以便小民而济兵铜 ”的考虑 ，故所执议者，地方之利也。
在赣南行销淮盐有利于“完国课 ”，是朝廷利益之所在 。赣南行销广盐则有利于一 粤、赣两省 “便小民”及 “济兵铜 ”，是地方利益之所在 。户部认为，两边的利益都需要平衡。
朱载坖认为，要调整朝廷和地方的财政收支，不仅仅是地方的收入，还有地方的开支，也都要予以厘清，之前的大明朝廷，那是相当的不做人，毕竟没有建立起地方财政，而且在收钱的时候是都想收归太仓，用钱的事情都想推给地方，这也就导致了地方和朝廷的财政矛盾，地方官府为了保证官府的正常运作，要么只能够向百姓摊派，要么就要和朝廷争夺财政权，导致朝廷和地方官府之间矛盾重重。
朱载坖即位以来，在财政上实行的最大的改革，就是预算决算制，建立了地方财政，但是有关地方和朝廷的收入开支分配问题，还没有能够完全厘清，朱载坖认为，要借此次的整理盐政，厘清朝廷和地方的财政关系。
朱载坖认为，海关、钞关、盐政这是属于朝廷完全拥有的财政，与地方无涉，一分一厘都要解运太仓或者由朝廷命令支用，在商税、田赋、徭役折银等赋税上，朝廷和地方实施分税制，即留存起运制度，同时对于朝廷的官军，朱载坖的军饷，朱载坖也做了决定，官军必须吃皇粮，也就是官军的军费、军器、军粮、食盐、被装等全部由朝廷保障，减轻地方官府的负担。
当然，巡检司等地方武装仍旧由地方负责保障，受地方官府和朝廷的双重指挥，地方州县正印可以命令辖区内的巡检司士卒，而朝廷设立的巡检参将、游击等则是负责一定区域内的治安维护，，朱载坖要求张居正详细的拟定朝廷和地方的权责，并且形成制度，昭告天下，朝廷和地方都要明确权责，这样在大计的时候，才好明确责任，施以奖惩。
而在张居正和朱载坖商量这些事情的时候，内阁其他阁臣们也在积极的行动起来，张居正给他们所分派的任务，其用意是什么，他们都很清楚，朱载坖对于最近的事情肯定是极为不满的，所以才在张居正回阁理事之后命令张居正处理此事，可见朱载坖是极为不满的，一旦朱载坖真的爆发的话，大家都没有好果子吃。
所以阁臣们赶紧灭火的灭火，商议的商议，除了给自己的小弟们传话之外，阁臣们之间也在相互商量起来，首先就是余有丁和申时行的商量，因为他们一个负责两浙运司，另一一个负责两淮运司，这两个运司都是大明盐政中极为重要的运司，为朝廷贡献了大笔的盐税。
而对于这两个运司来说，行盐上的纷争也是不小的，两浙运司和两淮运司的争端，主要是在苏松常镇和徽州府，这里是大明的经济重心，人口稠密，所需要的食盐自然是极为大量的，这里拥有广阔的市场，而正好又处在两淮和两浙两大运司之间，为了争夺这片盐区，两淮和两浙运司的口水仗打了大几十年了。
从地理和人文上来说，苏州、常州、镇江、徽州、和江西的广信这五府，由于和两浙运司距离近，一向被两浙运司视为禁脔，但是对于两淮运司来说，也将这些地方视为自己的行盐地，两浙要在这五府行浙盐，两淮要行淮盐，双方的矛盾是极为尖锐的。
申时行和余有丁于是开始商量此事，其实申时行本就是苏州人，他很清楚，由于苏州府和嘉兴府地理相连，苏州府一向是食浙盐而非淮盐的，所以申时行和余有丁经过商量之后，苏州、常州、镇江三府，归两浙运司，徽州、广信两府，归两淮运司，但是由于徽州食浙盐的时间久，允许浙盐在徽州府额派四万引浙盐，但是浙盐不准进江西。
而对于申时行来说，解决了和两浙运司的争端之后，两淮运司的麻烦还没有完呢。作为大明行盐最广的运司，两淮运司所面临的问题是很多的，申时行必须一个一个的解决。