和重臣们商量完此事，朱载坖单独将戚继光和兵部尚书王崇古留下，商量有关北部边防的事情，对于现在的大明来说，北部边防主要就是两个方向，东北和西北，现在西北有西域和青藏，东北有土蛮和女真，朱载坖认为应该想办法解决这两大边患。
对于朱载坖的看法，王崇古和戚继光都明白朱载坖的意思，朱载坖无非就是对于北方这些蒙古人和西番有起了心思，这点上朱载坖和成祖皇帝是颇为相似的，他们两人都认为，对于这些异族，要时刻敲打，以防止他们起了不该起的心思，但是朱载坖的手段现在是更多一些，除了军事征服之外，朱载坖还支持索南加措在蒙古传教，用宗教加强对于土默特部的控制。
对于朱载坖想法，王崇古和戚继光当然是很清楚的，朱载坖认为九边长期和平，对于九边官军的战斗力是不利的，所以必须要每隔一段时间搞些事情，防止官军的战斗力下降，所以朱载坖有想法要在北边有所动作，不过对于到底是在西北还是东北，朱载坖没有拿定主意。
所以朱载坖向王崇古和戚继光询问对于北方用兵的想法，王崇古和戚继光都认为西北不如东北，首先就是西北补给困难，朝廷虽然也在西北大修道路，但是西北地形复杂，要想修筑道路的难度远远大于在华北和中原地带，而朝廷在河套地区的屯垦才刚刚开始，现在河套的粮食产量还不足以支撑官军在西北大规模用兵。
而且官军刚刚在青海大战一场，将蒙古人撵到西域去了，对于朝廷来说，现在在西北主要的精力是控制住青海，然后在河套大规模兴修水利以屯田守卫，等到朝廷在青海的战马和河套的粮食都充足了之后，就可以对西域或者青藏进行经略了。
王崇古和戚继光都认为，现在对西北动手，实际还并不成熟，无论是后勤还是官军的状态，还有西域、青藏对于大明的态度来说，现在都不适合大规模在西北用兵，这点王崇古着重为朱载坖予以了解释，青藏地理条件极为恶劣，官军必须在熟悉适应了青藏的环境之后才好用兵经略青藏，而且现在青藏诸部对于大明来说是相对比较恭顺的，至少能够维持表面的朝贡关系，索南加措对于朝廷也很恭顺，大明没有理由在这个时候对青藏用兵。
而西域的情况也不成熟，对于朝廷来说，西域离大明太过于遥远了，后勤补给极为艰难，朝廷必须等到河套的屯田有所成果了之后，在将道路修通，使得经略西域的大军能够有充足的后勤保障，再经略西域，才是稳妥的办法，还有一个重要的问题，就是按照朝廷之前的规划，将套虏、海虏驱逐出河套、青海之后，就是将他们向西赶。
大明要利用他们来搅乱西域的形势，给大明经略西域提供借口，现在朝廷才刚刚将这些蒙古人驱赶到西域去，他们还没有起到将西域搅乱的效果，在这个时候就用兵，是不划算的。
而在东北用兵，相比于西北，是比较成熟的，首先大明在辽东、大宁等地的屯田、道路等设施都比较完善了，方便大军调动，而且辽东的屯田也比河套要好得多，大军出征的粮秣至少是不愁的，而且今年从大宁横贯辽东经沈阳抵达大连的直道修通之后，朝廷通过海运补给辽东驻军的军粮就更加方便了。
而朝廷在辽东、大宁等处的官军修整训练了一段时间了，也应该拉出去锻炼摔打一番了，更加重要的事情就是，虽然现在土蛮部被大明多次打击，现在住牧于大兴安岭东南半部，暂时对大明构不成显着的边患，但是实际上土蛮一直在背地里拉拢女真、索伦等部落，准备对大明构成新的边患。
这是朱载坖所不能容忍的，虽然之前土蛮也求贡过，但是土蛮只想和大明贸易，并不想接受大明的册封，这是大明所不能容忍的，土蛮部还是认为自己是蒙古正朔是蒙古中央万户，之前他们是畏惧俺答汗的才迁移到东北来的，现在土默特部分裂臣服于大明，他们认为自己有行了了。
尤其是现在的图们汗，又做起了蒙古大汗的美梦，图门汗认为土蛮部乃是蒙古大汗直属部落，其各鄂托克的领主历来都由“黄金家族”达延汗的长子图鲁博罗特（大部分鄂托克）和六子斡齐尔博罗特（克什克腾鄂托克）的子孙承袭。现在是时候恢复成吉思汗的荣光了。
在给大明皇帝的上表中，图们汗公然恢复了土蛮的旧称，察哈尔部，这是对大明的公然挑衅，因为察哈尔是世代侍卫蒙古大汗的一支特殊的怯薛军。它不是以血缘关系，而是以职业关系为纽带，由万户、千户、百户等大小贵族子弟和蒙古精英人物混合组成的军事组织。这是试图重新恢复所谓的北元体制，朱载坖决不能容忍这种情况的发生。
当然，王崇古、戚继光也不得不向朱载坖指出，土蛮部的做大，其实和朱载坖有密不可分的关系，为什么这么说呢？之前朱载坖在东北的政策主要是以防范女真做大为原则，朱载坖重点防范的主要是女真人，从嘉靖四十年以来，在朱载坖的决策之下，朝廷多次征讨女真，不仅讨平了王杲、觉昌安等对大明有异心的女真部落酋长。
为了持续的削弱女真的力量，朱载坖在对倭国用兵之后，多次从女真诸部中抽调力量，前往倭国，充当炮灰，这些行为都使得在辽东的女真人势力大为减弱，从而给了土蛮部机会，这些蒙古人借着朝廷打击女真人，在大兴安岭附近休养生息，虽然朱载坖后来也开始打击土蛮部，但是并没有对土蛮造成多大的损失，官军往往是将蒙古人驱逐了事，并没有大量歼灭蒙古人的有生力量。