对于这些僧人，朱载坖自然是没有什么好脸色的，从嘉靖死后，朝廷上下对于道士是十分防备的，但是对于僧人，反而有些优容。但是现在朱载坖不会继续优容下去了，而且张居正也对于这些和尚极为不感冒。
在张居正的亲自干预下，礼部很快就拟定了相应的办法，现在的问题是僧人太多，已经影响到大明朝廷了，所以礼部很快就向朱载坖上疏称：“今僧众不耕而食，不蚕而衣，且又不当本等差役，可谓食之众而为之不舒矣。其军民壮丁私自披剃，而隐于寺观者，不知其几何。民食不足，府藏之空，职此之由，若不通查僧道之数，以示再度之禁，则游食之徒，何有纪极。”
礼部认为要严厉限制这些僧人的数量，严禁私自剃度，礼部奏请节制僧道数量，规范僧道行为，礼部认为，对于已经获取度牒的僧道，礼部要进行相应的监督与管理，不符合者会被淘汰。“凡各寺观住持有缺，从僧道官举，有戒行通经典者，送僧录道录司，考中具申礼部，奏闻方许。州县僧道未有度牒者，亦从本司官申送如前考试，礼部类奏出给。凡内外僧道二司，专一检束天下僧道，恪守戒律清规违者，从本司理之，有司不得与焉。若犯与军民相干者，方许有司惩治。”
同时要对于这些僧人加以管束，约束他们的行为，不要以为狗头一剃，头顶戴个九筒，就跳出三界外，不在五行中了，礼部要制定发布僧道禁约，规范其行为举止，如有违反者，严惩不贷。
而在申时行的领导之下，很快拿出了一整套的祠祭措施，朝廷在南北两京设立悯忠祠和贤良祠，用以祭祀死于国事者和忠臣良将，而在各省府也要设立贤良祠，祭祀本地的忠臣良将，而悯忠祠的设立就更加广泛了，从南北两京到各府州县，都要设立，各府州县悯忠祠主意是祭祀死于此地或者原籍在此的死于国事者。
同时要收集从大明建国以来死于王事者的名单，对于一些大的战场，如土木堡等地，朝廷也要专门立庙祭祀，抚慰忠魂，申时行的这个上疏得到了朱载坖的批准，同时行文官军各部，日后凡是军士战死沙场者，朝廷要予以及时收敛，即便是因为条件所限，无法及时收敛的，也要带回骨灰或者遗物，以褒扬烈士。
所有的这些阵亡士卒，不但在悯忠祠统一收录，由朝廷岁时祭祀，还要将这些士卒的名单、神主牌送回其家乡悯忠祠，接受家乡百姓和地方官府的供奉和祭祀，同时在太常寺下设祠祭署，专门负责祠祭一事，同时命令地方官员、生员等岁时祭祀，必须亲力亲为，祭祀悯忠祠、贤良祠，以示朝廷褒忠奖义之举。
同时朱载坖还举一反三，下旨效仿汉唐云台和凌烟阁之故事，绘功臣图画，于西苑之内予以留存，朱载坖选定的地方是原来西苑太液池边的一座平台，原本为一土砖垒成的四方平台，台高数丈，上建黄顶小殿，武宗皇帝时用于检阅亲兵骑射。
朱载坖特地下旨，在此地营建紫光阁，用于悬挂大明功臣画像，凡是对大明有开疆拓土、力挫强敌的大将名臣，都要绘图于紫光阁，用以纪念。
这是对于大将们的殊荣，从大明开国到现在，所涌现出来的名将甚多，要选取其中功劳最大人，绘图紫光阁，当然首先是开国功臣和靖难功臣的，这里面确实存在一个问题，就是很多开国功臣都被太祖所诛杀了，这些人要不要绘图紫光阁。
朱载坖对此的回复是很明确的，朱载坖对于这些疑问，回复群臣道：“昔唐太宗不以侯君集之罪，而泯其功，太祖亦不泯其功，朕岂能为？”
朱载坖的回答是很清楚，就是有些功臣虽然事后因为种种原因被杀，但是太祖皇帝从未因此而抹杀他们的功劳，而且当年即便是侯君集谋反，唐太宗也没有将其从凌烟阁予以撤换，这点肚量，朱载坖还是有的。
于是在朱载坖的诏令之下，开始选定绘图功臣，在开国功臣中，朱载坖选定了魏国公徐达、鄂国公常遇春、韩国公李善长、曹国公李文忠、宋国公冯胜、卫国公邓愈、信国公汤和、颍国公傅友德、凉国公蓝玉、郢国公冯国用、黔宁王沐英、景川侯曹震、长兴侯耿炳文、定远侯王弼、武定侯郭英、德庆侯廖永忠、诚意伯刘基。
而在靖难功臣和成祖时封爵的功臣中，朱载坖选定了荣国公张玉、成国公朱能、淇国公丘福?、泾国公陈亨、镇远侯顾成、西宁侯宋英、阳武侯薛禄、广宁伯刘江。
而在太祖成祖之后的武将之中，朱载坖选定了英国公张辅、保国公朱永、潞国公马芳、顺宁侯俞大猷、蓬莱侯戚继光、玄菟侯李成梁、定襄伯郭登、昌平伯杨洪、左都督周尚文、左都督沈希仪。
同时朱载坖还选定了一个极为棘手的人，就是朱文正，朱文正镇守洪都，屏翰西南，非骨肉重臣不可以守。陈友谅带六十万大军围洪都。朱文正数度摧其锋芒，坚守85日等到太祖亲自率兵来援，陈友谅撤围退入鄱阳湖，与朱元璋对峙。朱文正又断陈友谅粮道，友谅遂败。再派遣何文辉等讨伐未附州县。平定江西时，朱文正居功多。
但是后来，由于朱文正有功暂未封赏，发怒，遂失常度，任部将掠夺其下妻女。按察使李饮冰上奏朱文正骄侈觖望，朱元璋遣使责骂。朱文正惧怕，李饮冰又上奏朱文正有异心。朱元璋立即坐船到城下，召朱文正来。朱文正仓卒出迎，朱元璋说了好几次：“你打算干什么？”遂押回京城，马皇后劝解说：“此儿只是个性刚强，无其他。”被免官软禁于桐城，一直到死，太祖封其子为靖江王，追封其父为南昌王，唯独对他没有封赏。