朱载坖很清楚，太祖成祖和仁宗宣宗这四位是没有什么大的争议的，真正争议比较大的主要在英宗、武宗、世宗这几位上。
关于为英宗配享太庙的功臣，除了朱载坖所指定的郭登之外，群臣们只要有两个人选，一是李贤，二是王直，王直是在土木之变发生后坚定支持于谦守卫京师，而李贤则是在英宗夺门之变后稳定朝局，最终除掉石亨、曹吉祥等一干所谓的夺门功臣。
当然李贤最大的功劳还是定策元勋上，朱祁镇病危时，卧于文华殿。正好有人向朱祁镇离间太子朱见深，朱祁镇被谗言动摇，暗中告诉李贤此事。李贤叩头伏地说道：“这样的大事，愿陛下三思。”朱祁镇说：“那么一定要传位给太子吗？”李贤又叩头说：“如此则宗庙社稷幸甚。”朱祁镇起身，立即派人召朱见深来。
所以朱载坖最终选择李贤配享太庙，朱载坖说道：“李贤河岳之英，钟为哲人。体貌明粹，践履真淳。潜心六籍，濯旧来新。不二以止，乃翕而信。受知英皇，忠信日亲。密勿帷幄，人望如神。太平宰辅，定策元勋。当以之配享英庙，以全君臣之义也。”
至于肃宗，则以于谦一人配享肃宗皇帝，宪宗皇帝则以商辂、彭时予以配享，孝宗则以王恕、王越配享太庙。
麻烦事武宗和世宗两位，武宗皇帝应该由谁来配享太庙这是朝廷之上现在激烈争论的地方，对于武宗皇帝的配享功臣，朝廷上有不同的看法，最开始内阁议定的是李东阳、杨廷和，但是杨廷和被朱载坖勾去了，李东阳朱载坖并没有表达反对。
但是头疼的是王守仁，现在不少的官员们都在上疏就王守仁是否应该配享太庙的问题进行讨论，理学派的臣子们认为王守仁虽然有平叛大功，但是他的学说为世人所诟病，不应当予以配享太庙。
但是心学出身的官员们认为，王守仁不但对大明有大功，自然是应当配享太庙的，两派官员为此互相攻讦，争斗不休，朱载坖于是问道：“诸位认为呢？”
张居正已经表明过自己的态度了，所以此时选择闭口不言，朱载坖于是问道：“申学士状元出身，学问自然是极佳的，不知道申卿怎么看现在心学与理学之争呢？”
朱载坖的这个问题让申时行有些头疼了，这个问题现在是朝廷最激烈的问题，心学与理学之争，现在已经到了不可调和的地步，以申时行的性格，是不愿意介入这些争端的，但是现在朱载坖都亲自问道此事了，申时行也不得不表态了。
申时行思索再三之后说道：“陛下，其谓崇王则废朱者，不知道固相成，并行不悖。盖在朱时，朱与陆辩，盛气相攻，两家弟子有如仇敌；今并祀学宫。朱氏之学，昔既不以陆废，今独以王废乎？大抵近世儒臣，褒衣博带以为容，而究其日用，往往病于拘曲而无所建树；博览洽闻以为学，而究其实得，往往狃于见闻而无所体验。习俗之沉锢，久矣！故心学与理学，皆有可采。”
这就很申时行了，申阁老的不出意外的准备和了，但是礼部尚书徐学谟就没有这么好的脾气了，虽然他是申时行的儿女亲家，但是在这个问题上，徐学谟的看法显然和申时行不一样，徐大宗伯的看法是对心学不利的。
徐学谟认为，王守仁本人确实对大明功劳甚大，他所提出来的格物致知的心学也是极为深刻的，但是现在的心学门徒根本不是这个样子的，不仅在功业上完全无法和王守仁相比，而且往往借由所谓的心学，聚集朋党、扰乱朝政，尤其是像什么颜山农、何心隐这样的狂徒，到处宣传自己的学说，带坏风气，流毒天下，法司却无动于衷。
所以徐学谟认为这根本不是什么心学和理学之争的问题，而是这些人借着心学的名义，准备结党擅权罢了，徐学谟的这个判断，深得朱载坖和张居正的认同，现在这些所谓的心学门徒，每日里不是聚众讲学清谈，就是在官员之间高窜连，充当政治掮客，这些人确实是非常之讨厌。
所以由此，徐学谟认为鉴于现在这种情况，不能将王守仁配享太庙，否则的话，这些心学门徒就会更加猖獗，到时候前宋朋党之争再现，大明亡国不远矣！
对于徐学谟的进言，朱载坖也认为确实是很有道理的，而且从朱载坖的角度来说，他也不认为王守仁能够配享太庙，王守仁的功业主要是平定宁王之乱和两广徭乱，确实是为大明立下了大功，但是距离能够配享太庙的军功，恐怕还有些距离。
旁的不说，张辅有南征拓地灭国之公，王越奇袭威宁海，达延汗巴图蒙克（小王子）仅以身逃。此役，官军生擒幼男妇女一百七十余一人，斩首四百三十七级，获旗纛十二面，马、驼、牛、羊共六千余只，盔甲、弓箭、皮袄等一万余件。
郭登、周尚文等人也都是在抵御北虏的过程中立下的大功，其军功的成色肯定是远远高于王守仁的平定宁王之乱和两广瑶乱的，而且最重要的是朱载坖已经将王守仁陪祀孔庙了，在配享太庙就有些过分了，朱载坖不想给自己和日后的皇帝们制造出一个大麻烦来，所以这些王守仁配享太庙之事，朱载坖也认为不可行。
但是朱载坖作为皇帝，肯定是不能亲自提出此事的，要有一个有分量的臣子来提出此事才行，朱载坖觉得徐学谟就不错，首先他作为礼部尚书，在这件事情上就有发言权，而且徐学谟本人确实是刚直不阿的性格，对于心学业确实不感冒，所以看起来徐学谟就是最合适的人选。
朱载坖命令徐学谟将有关事项，条陈上疏以闻，这样朱载坖才有借口来否决此事。