朱载坖这次召见陈璘，除了解决大连造船厂船只问题，更重要还有倭国的水师问题，大明已经在倭国站稳了脚跟，并且现在水师也已经驻扎在倭国，但是对于大明来说，倭国现在各大名仍旧保持着一支很大规模的水师，这是朱载坖所不愿意看到的，朱载坖不想让倭国拥有什么水师，所以朱载坖这词儿召见陈璘，就是为了此事。
对于朱载坖的问题，陈璘也详细的向朱载坖介绍了现在倭国水师的情况，由于倭国现在战乱频仍，这些倭国大名们也多豢养水师，现在倭国的海商力量主要由警固众、海贼众、船手众三类组成。警固众为沿海豪族雇佣的护卫船队，部分由受雇的海贼转化而来；海贼众早期多为从事渔业贸易的海岛居民，暗行劫掠；船手众为大名直属的正规水上部队。
所谓的警固众早发源于海边土豪的雇佣势力，当时的土豪为了让自己的船舶不被海贼袭击，就雇佣拥有武装的船只作为护卫。虽然警固众和海贼众是对立存在的，但是同属于海上武装势力的他们的出身也许完全一样，有不少警固众其实就是被豪族、大名雇佣的海贼。
而“船手众”则相对正式一些，他们完全从属于某一大名，或就是大名的家臣，作为其水上势力而存在。倭国的水师虽然人数不少，但是相对于大明水师来说，基本上属于是土鸡瓦狗一般的存在，倭国水师战船所搭载的火炮等武器都十分落后。
以倭国水师所装备的主力战船安宅船为例，船首和船尾设有总矢仓，以厚板为装甲的大型舰船。在木板装甲间，开有矢或铁炮的射击口，这也是倭国水师最大的战舰了。
安宅船的船首和船尾皆以盾板为装甲，设置有弓和铁炮射击的狭间（铳眼），前后左右都没有死角。在靠近敌船以后，还可以以盾板外侧接舷，放下船桥登上敌人的船只，开展接舷战。船底也设立很多单独的防水隔舱，船体的一部破损浸水后，不会殃及其他部分，船只仍可以继续作战。
当时主要以人力划浆为船只的首要动力，大型的安宅船最多有百名划浆手。在船上还可以配置大筒（界于铁炮和大炮之间的大型火药武器）。这种攻击力、防御力均很优秀的舰船在倭国被美称为“海上之城”。
战国时代是安宅船发展到顶峰的时期。当时最小的安宅船排水量一般有五百石左右，而通常的排水量在一千石到二千石之间。桨数根据船的大小不同，从50到160不等。在船体内的部分占大桨的六分之一左右。船首装备箱形龟甲型装甲，大筒安置于正面，便于炮击。
但是和大明水师的两千料战舰相比，安宅船基本就是个玩具，所装备的大筒威力小，射程近，数量也少，还不够大明水师战舰上装备火炮的零头的，现在大明水师的主要打击手段已经是火炮了，传统的跳帮作战已经逐渐不是官军的主要作战方式了。
但是在倭国水师当中，跳帮作战仍旧是主要的作战方式，他们缺乏火炮，也不会铸造大口径的火炮，所以陈璘认为，倭人的水师数量虽多，但是绝对不是大明水师的对手。
陈璘认为，倭国水师的船只技术水平极为落后，由于没有龙骨，使得这种船只远洋能力为基本0，抗冲击能力极差，上下合体的结构使得船只重心不稳，抗浪性极差，也无法配备重型火器，而且关键是没有，也太贵。再加上倭国缺少硬木，使得船体非常脆弱，经受不了冲角战术，这种船只唯一的优势是机动性较好，近距离接舷能力较强，一旦把水战转为耍刀片儿的肉搏战时，倭国武士优势才能体现出来了，不过总的来说非常不适合进行海战。
但是陈璘也指出，在一些佛郎机传教士的帮助下，如伊达政宗这样的大名正在仿造佛郎机式帆船，这是大明绝对不能允许，朱载坖当即指令陈璘，回去之后与徐渭商量，找个理由对伊达政宗动手，即便是不能够将其灭掉，也要彻底断绝其制造大船的能力。
说完了有关倭国的事情，朱载坖自然就要问道有关大连造船厂的船只问题，大连造船厂所制造的船只价格便宜，民间都很愿意购买，但是水师为什么不愿意接收？
对于朱载坖的这个问题，陈璘也有自己的苦衷，首先是大连船厂所制造的船型老旧，大连船厂善于制造的主要是福船和沙船，也两种船只在民间确实是很畅销，而且官军用大沙船在登莱和辽东之间转运物资也确实是很好用的，福船、广船也都是之前官军水师所长期使用的战船型号。
但是现在官军不再喜欢使用福船、广船作战了，福船确实是有优点，福船的自重小，而船员少，补给需要的也少，也就是留给货物的浮力和空间还大，所以载重方面，同吨位情况下，福船的载重肯定是占优的。但是福船的船型并不适合搭载火炮。
福船由于V船底、板材差、肋材少、横向强度差等原因，无法安装过大口径的火炮，也不具备多少抗击打能力；同时速度低船舷低，打靠帮也是不切实际，所以现在官军远洋作战，多使用的是西洋新式风帆战舰，并不喜欢福船，一般民间的商人喜欢购买福船。
还有一点就是材料的问题，经过官军的实战，用缅甸柚木所打造的战船，结实耐用，也耐腐蚀，水师上下都很喜欢这种用缅甸柚木所制造的战船，对于水师来说，战船的坚固耐用是最重要的，因为战船在作战当中不仅仅用火炮对射，有时候还要执行冲撞等战术，这个时候船只的坚固性就很重要了，陈璘认为大连船厂用松木、杉木所制造的战船不够坚固，所以拒绝接收。