在敲打了冯保之后，朱载坖又派内侍去请张居正出来视事，同时警告这些言官们，自己只是在整肃内廷，不要东拉西扯的，在朱载坖的安抚之下，张居正终于出来视事了，但是这些即便是张居正到文华殿召对，冯保也是目不斜视，和张居正保持距离，张居正当然明白这是什么意思，朱载坖对于内外廷的勾结是很防范了，即便朱载坖可以信重张居正，但是龙有逆鳞，触之必死，朱载坖这是在向内外的重臣们宣告，哪些是不能触碰的。
朱载坖召见内阁辅臣，是为了杨应龙的事情，之前朝廷派遣邢阶、叶梦熊两人分别巡抚贵州、四川，整顿当地官军，同时查看杨应龙的情况，现在川、贵官员对于怎么处理杨应龙有巨大的分歧，邢阶等贵州官员主张迅速剿灭杨应龙，但是四川方面的官员则是主张加以安抚，先稳住杨应龙再说。
邢阶认为，播州宣慰使杨应龙生而雄猜，阴狠嗜杀，自恃播州财富兵强，又累从征调，熟知川兵势弱，遂生虎踞全蜀之异志。杨应龙以杀人立威，小有睚眦，即行杀戮。其所辖五司七姓民众不堪其苦，遂向贵州抚按告变，称其欲叛，请求征剿，所以朝廷应该速调兵马剿除杨贼。
但是四川巡抚叶梦熊则持反对意见，叶梦熊在奏疏中称：“抗法犯顺敢负固者应龙一人，播民环居何啻亿万，其间依附村落、流寓寄住者十常八九，天兵所至，即纪律严明，誓不妄杀，能使玉石之尽分乎？”
叶梦熊主要是担心朝廷征剿杨应龙，杀伤过重，会导致西南的土司对朝廷不信任，同时杨应龙毕竟是没有明面上造反作乱，朝廷这样的急于用兵，恐怕会适得其反。
而兵部的上疏则是有些模棱两可，汪道昆向朱载坖陈奏：“应龙初本效顺，后乃暴虐，四川以功故而缓之，贵州以罪故而窘之。本犯有可宽之条，朝廷无必诛之意，只缘再提结案，遂尔计出无聊，将谓负险，可幸脱樊，不思行赂，反塞解纲，王师既抗，剪灭何疑。并论土司安疆臣等共效忠猷，如应龙父子悔祸，许自缚请罪，即与奏闻定夺，否则罔赦。”
兵部大体上是主张剿灭杨应龙的，但是态度并不是很坚决，所以朱载坖准备先和张居正商量好之后，再召集重臣们商量此事。
张居正对于此事也有些为难，从内心来说，张居正不愿现在用兵，因为朝廷正在大规模推行改革的过程当中，一旦大举用兵，势必影响到朝廷的各项改革措施，但是杨应龙现在反心毕露，要是再听之任之的话，日后必成大乱，在权衡再三之后，张居正还是主张先剿除杨应龙，以免其做大，但是张居正也请求朱载坖要控制用兵的规模，不要因此影响到朝廷推行新政。
在和首辅达成了一致之后，朱载坖于是召集六部九卿和参赞军务大臣，共商播州之事，朱载坖命令缇帅陆绎也参加会议，将锦衣亲军所打探到的情报向重臣们出示。
就是锦衣亲军现在所掌握的情况来看，杨应龙是不得不剿了，这厮内则僭越王章，无复人臣之礼；外则矜诩物力，有轻中国之心，不早加剿除，必成后患。
杨应龙在播州，奢淫无度，穿饰用龙凤的服装，使用皇帝御用之物，违制建宫室，用黄金装饰门扇，睡象牙床。而且在言语行为之中也颇为傲慢，杨应龙于海龙囤题有对联曰： “养马城中，百万雄兵擎日月；海龙囤上，半朝天子镇乾坤。”又匾其门曰“半朝天子”，可见杨应龙妄自尊大，无视朝廷权威。
锦衣亲军密探在奏疏中称：“应龙所居饰以龙凤僭拟至尊，令州人称己为千岁，子朝栋为后主。益选州人子女为绣女、阉人，间有女十三岁以上皆献之，谓之‘呈身’，须不用乃嫁之。不呈身而嫁者，罪至死。尝一日而阉割三十二人，其凶残不道类如此。”
这些行为无疑是在挑衅大明朝廷，现在大明屡获大胜，使得臣子们的心气也高了不少，重臣们当然无法容忍杨应龙的这种行为，坚决要求对其用兵。
朝廷对于用兵基本上是没有异议的，只是具体要怎么办，尚且没有准确的方案，毕竟杨应龙世代在播州，再加上当地地形复杂，朝廷的控制力不足，要想用兵，还要慎重思量。
朱载坖再和重臣们商量之后，决定先准备，而不是立即用兵，朝廷密令贵州巡抚邢阶整顿兵马，同时和当地不满杨应龙的土司接触，争取他们的支持，同时用云南、四川抽调援兵，从四川运输粮秣，囤积粮草，以备官军征伐。
征战大事，当然是要慎择良将，领兵作战，朱载坖之前是任命的黔国公沐昌祚为提督云贵军务事，但是沐昌祚主要是要坐镇云南，为殷正茂稳定缅甸的后方，肯定是要选择一位能征惯战，善于在南方尤其是在这种山岳丛林作战的将领。
但是这个贵州总兵的人选还真不好确定，毕竟是要去用兵剿除杨应龙的，所以一众勋臣自然是首先被排除在外了，北方的这一帮名将显然也不合适，但是现在大明善于在南方作战的一帮将领，都有要职在身，俞咨皋要镇守两镇，防备安南，刘显要镇守缅甸，处理当地土司和大明的冲突。
邓子龙率领水师也要驻守缅甸，以防备南洋上的西夷，嘉靖年间的一帮宿将如卢镗、汤克宽等人不是已经老迈就是不堪上阵了，所以这个贵州总兵的人选还真不好确定。
兵部尚书汪道昆向朱载坖推荐了现任福建总兵张元勋，他也是嘉靖年间的抗倭名将，自幼习武，体魄健壮。15岁中秀才。16岁时，倭寇侵犯台州，父张恺散资聚众，力战阵亡，元勋因此立誓杀万贼以报父仇。17岁袭世职海门卫新河所百户，从谭纶、戚继光征倭，转战浙江，升把总。一路积功升任总兵，也算是经验丰富的老将了。