除了此事之外，朱载坖还要做的就是对于总督和巡抚辖区以及权力分配的问题，不过在做这个事情之前，朱载坖首先要处理的是北方了行政区划问题，之前朝廷在宁夏和河套地区，只有都司卫所，并没有设立相应的地方管理机构，这样就不利于朝廷开展移民实边的行动。
朱载坖和内阁、练兵军务处、吏部、兵部、五军都督府等衙门会商之后，决定将原来的陕西行都司予以拆分，对于原来的陕西行都司，部分卫所划归宁夏，新成立宁夏都司，同时设立宁夏布政使司，加司农少卿徐贞明为右佥都御史巡抚宁夏，同时负责对于河套的开发。
而剩余的卫所则和兰州的府县新成立甘肃都司和甘肃布政使司，加强朝廷对于西北的控制，同时为肃清海虏做好准备，朱载坖准备下一步就是收拾这些海虏。
除此之外就是湖广的问题，朱载坖为此专门召集重臣，商量此事，朱载坖召集内阁辅臣和吏部、户部的堂官，商量对于湖广进行分治的事情，单独作为一个省的湖广，确实是过于大，现在的湖广，辖有勋阳府、德安府、黄州府、汉阳府、承天府、武昌府、施州卫、荆州府、岳州府、常德府、长沙府、辰州府、宝庆府、永州府、衡州府、郴州、靖州，比之南直隶地域更大，而且辖区内情况复杂。
湖广的勋阳府，是有大量北方来的流民，湖广的南部，则是有大量的土司，仅仅依靠一个巡抚，是显然无法处理这些事情，所以朱载坖在和重臣们商量了之后决定，以洞庭湖为界，将湖广析分。
湖广的北部勋阳府、襄阳府、德安府、黄州府、荆州府、承天府、汉阳府、武昌府和施州卫析分设置湖北布政使司，同时设立湖北总兵即原来的武昌镇。
而洞庭湖的南部岳州府、常德府、长沙府、辰州府、宝庆府 、永州府、衡州府、靖州、郴州和保靖州宣慰司析分设置湖南布政使司，同时将原本的长沙镇改称湖南总兵，同时设立相关的按察使司等衙门，对于朱载坖来说，湖南湖北两个省要采取不同的管理办法。
对于湖北来说，交通方便，而且与南直隶相邻，重点开发江汉平原，将江汉平原变成朝廷的粮仓，同时利用长江水道的运输能力，转运粮食。
而湖南则是主要以安定地方，与江西等地加强联系为主，朝廷的重点当然是在湖北，尤其是江汉平原，所以朱载坖要内阁严令湖广总督劳堪，在湖广，尤其是湖北厉行清丈田亩和人丁，同时大力兴修水利设施，使得江汉平原成为大明的新粮仓，为了保证江汉平原的粮食产量，朱载坖命令即便是实行一条鞭法之后，湖北仍旧要征收很高比例的本色，同时司农寺也要在湖北收储粮食，通过水路和陆路转运。
除了湖广之外，朱载坖开始正式思考南直隶的问题，和湖广一样，南直隶也是地域广大，而且差距极大的地方，苏松、南京是大明最富庶的地方，而北边的中都凤阳却极为贫困，这使得朱载坖早就有了析分南直隶的想法。
当朱载坖把这个想法和首辅张居正说了之后，张居正向朱载坖说道：“陛下，析分南直隶其实前代也有言，对于这些议论，当事者多以为不可。”
朱载坖于是询问原因，张居正也向朱载坖解释了原因，因为南直隶其下辖苏州、松江等地富庶非凡，南京与苏州共领丝织业风骚，扬州盐业转运，徐州军事重地，凤阳龙脉之地，南直隶之重要，可见一斑。南直隶之强，主要体现在经济实力的强大上，比较南方地区的赋税，南直隶是第二名浙江的2.63倍，其赋税总额占全国赋税的三分之一，足见经济实力之强。
更加重要的是，对于大明来说，南直隶不仅仅是经济重地，财赋重心，对于大明来说，更加重要的是南直隶有着很特殊的政治地位，在南直隶境内，有大明的留都南京应天府和中都凤阳府，如果一定要析分南直隶的话，要么将南京和凤阳排除在外，要么就以南京和凤阳建立各自的行政区。
但是无论怎么建立，似乎都解决不了南京的问题，其实归根到底，南直隶难以拆分的问题就在于南京的地位比较特殊，对于大明来说，南京地位是很特殊的，不仅仅是留都的问题，更重要的是南京还有一整套的朝廷班子，这就使得南京的地位很尴尬了。
不同于中都，虽然凤阳府是大明的中都，但是凤阳没有任何的朝廷衙门，日后就算是朝廷以凤阳为省会单设一省的，布按都司等衙门就可以设置在凤阳府。
但是南京就不同了，如果在南京建省的话，该省的布按都司等衙署怎么安置就是一个很大的问题，如果安置在南京，那么南京六部对这些衙门有没有管理权，应该如何管理？
现在的南直隶巡抚就不驻南京，一般是在镇江和苏州有巡抚衙署，就是为了避免和南京六部产生冲突，与之相对应的就是北直隶，北直隶的布按灯衙门也不驻京师，在保定府，所以在没有解决这个问题之前，析分南直隶是很难的。
但是朱载坖要析分南直隶的决心已定，因为现在的南直隶实在是太过于大而繁杂了，苏松等地是大明的经济重心，两淮盐场是大明盐政的重心，还有运河等一系列事务，南直隶实在是事务太多，还有祖陵、孝陵、南京六部等事项，实在是事务繁忙，虽然朝廷设置了浙直总督，但是浙直总督的主要工作还是管理南直隶的事务，对于浙江是无暇管理的。
为了使得朝廷的总督区划更加合理，朱载坖命令张居正考虑析分南直隶，这样一来，原本的南直单独成为一个总督辖区，闽浙成为一个总督辖区，就更加合理了。