朱载坖收到这些消息之后，极为愤怒，好家伙，不敢明里抵制，现在搞消极抵抗是吧，朱载坖的态度很明确，不管是消极还是积极，只要是对抗朝廷，就要受到惩罚。
朱载坖召见了高拱、张居正等人，将厂卫的汇报给两位阁老看，朱载坖说道：“彼辈无法无天，藐视朝廷，如不重惩，何以明法令？”
朱载坖准备出重拳收拾这帮不知趣的商人，但是却被高拱、张居正给劝阻了，高拱张居正劝阻朱载坖的原因也很简单，他们认为治国不能一味刚猛，尤其是朱载坖之前经常动用厂卫、官军，对反对朝廷政策的人予以残酷打击，在朱载坖刚刚即位的时候，为了建立威信，是可以而且应该这么做的，只要这样，才能让那些士绅们知道朱载坖这个皇帝的威严。
但是现在朱载坖早就已经建立起来自己皇帝的威严了，而且这次商贾和士绅们采取的消极抵抗的策略，没有跳出来直接和朱载坖作对，在这种情况下，朱载坖也动用厂卫官军的话，未免让人认为朱载坖过于嗜杀，对于朱载坖本人的形象不利。
同时高拱、张居正等人也有自己的看法，就是不能让朱载坖杀得太顺手了，朱载坖要是杀这些商贾杀顺了手，转头就用这招对付大明的官员们，那岂不是又回到重八哥的时代了，太可怕，所以高拱等人一定要劝阻朱载坖，认为处理这些事情，要尽可能的动用行政手段，而不是出动官军加以镇压，高拱、张居正认为这样会导致大明的人心不稳，士绅、豪商朝不保夕，对于大明并没有好处。
朱载坖知道此事也确实不好办，所以责令高拱等人想办法解决此事。
虽然朱载坖答应高拱休养生息，但是尽管朱载坖不想在这两年大动干戈，但是有些事情不是朱载坖能够决定的。隆庆八年六月初六，四川都掌蛮在酋长阿大、阿二、方三的率领下发动叛乱，高、珙、筠、戎四县的都掌蛮起兵反叛，扬言大明公差再来寨中征粮，便要报复。其后将进山公差捆绑在树上，乱箭残忍射杀，尔后攻占郡县。都掌蛮诸寨起兵掳掠江安等县，巡抚四川都御史谭纶向朝廷告急，请求速发援兵，剿灭掌都蛮。
之所以这次都掌蛮能够顺利起兵，主要是因为之前大明为了征讨缅甸，从四川征调了大量军队，导致川中空虚，而都掌蛮，虽然在成化朝被官军剿灭过一次，嘉靖年间以来，生齿日繁，逋逃助恶，每每骚动。县官随剿随叛，愈抚愈张，现在已经到了公然反叛的地步了。
据谭纶的奏报，都掌蛮有凌霄城、都都寨、鸡冠岭、九丝城计四个主要据点。凌霄、都都皆为九丝外户，鸡冠岭为九丝羽翼，九丝城为都掌蛮核心城池。
作为巡抚四川都御史，谭纶主张坚决镇压，谭纶在奏疏中说道：“戎、连、高、珙都蛮之患，其来已远，先年征之，率属苟且了事，以致惩艾未深，遗孽复肆。良为可恨！”
谭纶请求朝廷征调大军，剿除都掌蛮，才能够使得四川彻底安定下来，对于谭纶的上疏，朱载坖予以支持，认为这是真知灼见，朱载坖当即御批道：“当遣能臣大将以讨平之，铲削祸本，席卷云彻。”
对于此次征讨都掌蛮的主帅，自然就是谭纶莫属了，谭纶在奏疏中推荐刘显，认为他能够对付都掌蛮，同时谭纶还在奏疏中请求道：“故始终胜蛮，鸟铳之功为最，盖蛮闻铳声，不见其中，药弹内溃，乃始觉之，以故铳响即胆丧。”
要朝廷调拨大量的火器，用于对付这些都掌蛮，至于平定都掌蛮的费用，谭纶也做了一个估计，在奏疏中称：要筹集饷银74万余两，军粮30万石，从四川、贵州等地一共征调十余万大军，对其展开绞杀。
朱载坖将谭纶的奏疏下部议，兵部同意谭纶的主张，认为应当对都掌蛮展开大规模的剿灭，将其剿灭之后，改土归流，设置州县。
但是户部认为谭纶所要求的军饷钱粮实在是太多了，七十多万两的饷银，还要从四川、贵州、陕西、广西、云南等处抽调十余万大军进剿，这耗费太大，仅仅为了一个都掌蛮，是否值得？
朱载坖对户部的看法予以了驳斥，朱载坖下旨给户部尚书刘体乾道：“都掌蛮叛逆，明是挑衅大明，若不以大军进剿，恐诸夷效仿，自从愈加不可制也！”
朱载坖下旨，升谭纶为兵部尚书兼右都御史，总督四川等处军务事兼督理粮饷，调集广西、贵州、云南以及四川当地精兵，调刘显为提督四川全省水陆军务事总兵官配平蛮将军印，进剿都掌蛮，刘显所遗提督缅甸水陆军务事，由黔国公沐昌祚暂代，令黔国公沐昌祚护征南将军印。
发内帑银二十万两，调府军前卫和神机营左哨两军参战，同时从京师府库中运送火铳、火炮等军器，支援四川。
朱载坖的上谕下达之后，朝廷里不少人都认为朱载坖的反应过于激烈了，对于一个小小的都掌蛮就这么大动干戈，但是慑于朱载坖的权威，敢于上疏的臣子并不多。
但是不等于没有，翰林院检讨赵用贤上疏，他在奏疏中列举了朱载坖即位以来用兵的记录，他认为朱载坖自从即位以来，东南西北，无处不用兵，虽开疆拓土，实虚耗大明。边臣借以讨好朱载坖，好捞取爵禄，这次就是如此，明明都掌蛮一个小部落，不必大动干戈。
但是朱载坖就偏听偏信谭纶的，调遣大军，甚至动用内帑、京军，前往讨伐，这般穷兵黩武，大明吃枣药丸。
朱载坖揽奏大怒，随即给锦衣亲军都指挥使陆绎下旨：这厮出名搏位，着锦衣卫拿在午门前，着实打一百棍，以儆效尤！
朱载坖的上谕刚刚下达，内阁次辅张居正就来求情了。