收到朱载坖申斥的上谕，孔尚贤赶紧上疏谢罪，同时对于朝廷将曲阜县令由孔家世袭改为朝廷流官表示不满，他在奏疏中称：“天下州县皆用流官，独曲阜用孔氏世职以宰此邑者，盖以大圣之子孙不使他人统摄之也。自国朝以来，世以孔氏子孙知县事，使奉承庙祀。”
他认为孔家世袭曲阜县令，已经是定制了，不应该予以废除，同时太祖的圣训来说事，洪武元年八月，太祖下诏称：“孔子阙里，常遣官致祭，其袭封衍圣公与所授曲阜知县，并如前代制。”
孔尚贤认为太祖都有明训，朱载坖应该遵守太祖的圣训。
孔尚贤的奏疏到了朱载坖的案头，朱载坖表示，历史文件不具备现实意义，而且朕之前才在上谕中说过，不许衍圣公随意上疏言及政务，结果你立马就言及政事，这是不把朕这个皇帝当回事啊。
朱载坖当即御批道：“朝廷崇以爵禄，号封至极，血食无穷。其子孙世享荣禄，复何望也？再三渎扰，其心殊不可问，着山东抚按等官会同锦衣亲军详查严审！”
朱载坖没有惯着孔尚贤，在朱载坖的御批下达之后，巡按山东御史韩楫就向朝廷上疏，声称衍圣公孔尚贤素行不法，孔家在山东等地侵吞隐没大量的田产，数量不下百万亩，对抗朝廷清丈田亩的国策，同时私设公堂，擅作威褔，请求予以严查。
韩楫是高拱的学生，自然是得到了高拱的指示，朱载坖并没有第一时间将此事处理，而是将韩楫的奏疏下三法司，要求三法司作出明确回复。
朝廷上下也开始就此事进行讨论了，但是朱载坖没功夫管这些事情，而是继续收紧对孔家的绞索，朱载坖下令，以朝廷从无与私人兵仗且圣人之所，岂可陈兵用武为由，革除衍圣公府兵司，将一应军器甲胄予以收缴。
原本衍圣公府中有兵农礼乐四司，其中兵司内设林庙百户一员，主管洒扫户役，掌林庙守卫，并置有武备，算是孔家的私兵，朱载坖当然不能容忍这种行为的发生，下诏予以废除，同时由朝廷派出锦衣亲军，负责保护圣人陵墓等。
而朝廷上下针对衍圣公的问题，也展开了讨论，主要是围绕的着两个方面，第一就是衍圣公和孔家所拥有的巨额土地问题，有些官员认为，祭祀圣人和厚待孔家，使得孔家应该拥有祭田等田产，但是也有部分官员认为，从汉到隋唐，对于孔家采取的都是有封爵而无胙土的方式，即在地位上尊崇，但是在经济上并没有什么特殊待遇。
当然和这个相比，更加重要的就是衍圣公的司法权问题，一部分官员们认为，衍圣公确实有一定的死法权，第一就是衍圣公作为族长，对于孔家内部的事务，是可以进行调解的，这也是大明所承认的，同时太祖有圣训在先：“衍圣公统摄宗姓，督率训励，申伤教规，使各凛守礼度，无玷圣门。如有轻犯国典，不守家规，恃强越分，朋比为非，轻者各自查处，重则据实指名参奏，依律正罪。”
也就是说，按照太祖的圣训，是赋予了孔家一定程度上的司法权的，尤其是对于孔家内部的宗族事务，是应该由衍圣公来处理的，所以衍圣公府受理案件并且处理并无不妥。
但是很多官员们也认为，衍圣公府拿着太祖的圣训，肆意扩大，侵夺地方官府的权力，必须要予以严惩才行。
刑部尚书赵文华就上疏称：“臣部查得，孔氏及其奴仆，藐法横行，历来已久。衍圣公佃户向来不入牌甲，凡拘提人犯必有衍圣公发解，不服地方官拘唤，纵有命盗案件，只听衍圣公府通咨各宪，另委贤员承审承缉，于曲阜县无涉矣。此非圣朝治天下之策也。”
刑部、大理寺等衙门的官员们认为，，衍圣公凭借自己的特权地位，在曲阜建立起了独立于曲阜县外的司法体系，对内裁处孔氏族人内部及与公府内部相关的诉讼，对外则与地方官府周旋，偏袒族人及其属员等的利益。
不仅如此，衍圣公及其族人，还公然利用朝廷对于圣人后裔的种种优待，衍圣公假借朝廷钦赐之名，霸占民间田地，和州县官府甚至是山东布按二司打擂台，赵文华找出了非常多之前由山东上呈刑部的案件。
衍圣公府凭借书籍碑文和想当然便可获取祭田，朝廷钦赐盛恩成为肆意霸占田产的权力工具，要是遇到有良知的州县官员，不愿将百姓的田产判给衍圣公，他们就会大闹特闹，从州县一直闹到布按二司，甚至到刑部、大理寺，乃至于上达天听，往往皇帝为了息事宁人，都是袒护衍圣公。
衍圣公府遂愈发嚣张，甚至于公然声称：“各朝赐公爷地，犹之诸侯封国分土—样，不过是某地方与他就是了。”
这些衍圣公府属员的话，可都是记录在刑部的卷宗里的，之前是没人愿意去惹衍圣公，但是现在赵文华去查阅旧档，将这些陈年旧案全都翻出来了，尤其是什么诸侯封国分土，何止是大逆不道，简直是十恶不赦。
赵文华据此上疏朱载坖，在赵文华的奏疏中，他痛切陈词：“先圣之道德高妙，而子孙之贤否难知。鬻爵卖官，乱宗剥民，则孔氏子孙不能仰承先训可知矣。衍圣公恃有题补咨送之权， 而此等人员皆其族属姻亲，易于营私。同族易于讲求，亲党易于联络，是非曲直，岂尽至公。暮夜投金，窃恐不免，为亲则废法，为法则灭亲，为利则无亲无法也！”
赵文华认为，应当废除衍圣公的一应特权，由朝廷行使，只有这样，才能做到：保全圣裔之一道，而先师在天之灵，亦可快然而无憾也！
朱载坖并没有第一时间对赵文华的奏疏作出回复，而是将赵文华的奏疏下部议，让官员们上疏讨论，投石问路，看看反应再说。