朱载坖想要南巡，首先当然是要和内阁商量此事，毕竟朱载坖不是武宗皇帝，不能搞出夜奔的闹剧，朱载坖是要正式的南巡。
朱载坖将自己的意思透露给内阁的辅臣们，对于朱载坖想要南巡的意图，其实他们是早就知道的，但是从朝局的稳定来说，内阁是不愿意朱载坖南巡的，但是朱载坖决心已定，再加上现在太子已经册立，再拿国本未定已经无法阻止朱载坖了，再加上朱载坖现在已经坐稳了位子，根本不容他们反驳。
原本这种事情，都是以科道言官作为反对皇帝的主力，但是经过朱载坖的两次庭杖之后，科道言官明显不敢再和朱载坖硬扛了，倒不是说他们怕死，只是明知必死再去和朱载坖叫板就没意思了，而且朱载坖现在对于凡是被杖死的官员，一律削籍，不准记录，这就使得言官们挨庭杖最大的动力没有了，毕竟挨庭杖是为了求名，豁出命来结果还要被削籍，不准记录，这种赔本的买卖他们可不干。
现在言官就算是上疏也相对温和了很多，而且再也不搞什么抱团上疏了，他们很清楚，朱载坖最厌恶的就是言官抱团，一旦出现这种情况，朱载坖肯定会对言官加以严惩的，一般的上疏朱载坖就直接给你留中不发，根本不搭理你。
但是作为首辅，李春芳肯定是要出来阻止朱载坖南巡的，李春芳说道：“陛下，现在南巡时机并不成熟，且陛下为大明至重，轻离京师，终为不妥，前代之鉴，陛下宜警也！”
虽然 李春芳没有说前代是哪个前代，但是朱载坖很清楚，李春芳说的就是英宗皇帝，自己跑到瓦剌去留学，搞得现在大明臣子对于皇帝离开京师是极为抵触。
大臣对于帝王出京巡狩是十分抵触的，哪怕是紫禁城天气热，帝王去西苑等地消消暑，大臣们也觉得彼处不可久留。究其原因，帝王巡狩或去郊区休养，终归了是离开了紫禁城这一权力中心，常朝等不免受到影响，且帝王的言行更难被朝臣们窥知，大臣们不放心！
而且大明皇帝南巡，确实是屡生事端，之前嘉靖南巡承天府，也是事端频出，经过卫辉府时，更是遭遇火灾，险些丧命，这使得朝臣对于皇帝离京更加忌讳，生怕因此出了什么事情，但是这次朱载坖心意已决，根本听不进辅臣们的劝谏。
朱载坖首先给在南京的张居正下旨，要求他察看南京宫殿，并且会同南京内守备刘忠加以修整。
朱载坖下旨修整南京宫殿的事情迅速在朝廷引发了波澜，大明的官员都是人精，朱载坖莫名其妙的要求修整南京宫殿，这事肯定是不寻常的，他们一下子就将此事和南巡联系起来了，这事太明显了，要是朱载坖不想去南京，怎么会突然要求张居正等人修整南京宫殿呢？
于是以左都御史葛守礼等人为首的言官们纷纷上疏，认为现在太子年幼，朱载坖不能轻离京师，并且直接将此事给朱载坖挑明了，言官们认为巡幸南京，劳民伤财、不利于皇帝安全、容易使天子耽于游乐，请求朱载坖不要轻动，同时又把英宗留学瓦剌和嘉靖南巡遭遇火灾两件事情拿出来作为理由劝谏朱载坖。
希望朱载坖以大明社稷为重，不要轻离京师，大明差点因英宗亲征而亡国，因此后世朝臣对皇帝远离京师十分戒惧，生怕自己规劝不力，耽误了社稷。
朱载坖也引经据典，加以批驳，真以为朱载坖在裕王府那么多年的书是白读了？朱载坖找到了两条依据，第一是诗经有言，君子至止，言观其旗。
第二是孟子告子篇：天子适诸侯曰巡狩，巡狩者巡所守也。诸侯朝于天子曰述职，述职者述所职也。无非事者，春省耕而补不足，秋省敛而助不给。夏谚曰：吾王不游，吾何以休；吾王不豫，吾何以助。一游一豫，为诸侯度。
朱载坖认为亚圣都认为天子应该有巡幸，凭什么朕就不能巡幸南京了。
朱载坖的这个态度显然激怒了科道言官，左佥都御史吴时来上疏朱载坖称：三代之时，巡狩所以不得不行者，时与势也！今陛下巡幸，舍九重万乘之安，而出万有一危之途以为娱。今水旱频仍，流亡遍野，而乘舆一出，扈从千官，骑乘糗刍，供亿匪易。昔周穆致祈招之箴，汉武来逆旅之辱，即前代英武二宗，具有明鉴。
吴时来大有和朱载坖论战的架势，这帮人都是职业选手，朱载坖还真骂不过他，对于吴时来的奏疏干脆留中不发，不予回应。
同时遣内官监太监李芳察看龙舟等，准备南巡的车驾舟船等物，朱载坖的不听劝谏使得臣子们更为激愤。
刑部左侍郎董传策上疏朱载坖，称：陛下万乘之尊，不居法宫，常常游幸，道路喧传，甚为不便。万一变起仓猝，何以备之？同时董传策还以子之矛攻子之盾，朱载坖不是拿孟子中的话还为自己巡幸找理由吗？董传策也拿孟子中的话来劝谏朱载坖，他在奏疏中说道：陛下言孟子之言，岂不知曾言师行而粮食，饥者弗食，劳者弗息，涓涓胥谗，民乃作匿，方命虐民，饮食若流，流连荒亡，为诸侯忧。窃以为圣学精进，当知此言也！
董传策的阴阳怪气差点把朱载坖给整破防，但是朱载坖很清楚，对于这种奏疏不能理睬，朱载坖一面加紧准备南巡的各项事宜，一面对于官员的上疏一律留中不发，根本不予理睬。
从京师去南京，最好当然是走运河方便，但是大队的护卫官军不可能全部通过运河走的，同时随扈的臣子，护驾的将官这些都要先选定。
朱载坖于是召提督宣大军务总兵官、丰州伯马芳率六千精骑赴京师，以宣府镇总兵官李成梁暂代提督宣大军务总兵官，同时下令给戚继光整顿亲军四卫，补充军器甲胄等。