没了徐阶的庇护，高拱和杨博就开始收拾这帮言官了，这两位都被言官收拾的不轻，这次朱载坖要收拾言官，他们当然是要借机狠狠的收拾这帮言官。
高拱不仅是要收拾言官，还要安插自己的亲信进入科道，杨博也是正有此意，毕竟言官考满之后，可以直接外放知府甚至布政司参议、按察副使等要职。在言官系统也可以以佥都御史等职务出任地方督抚，对于非翰林出身的进士来说是个非常好的出路。
在朱载坖也有意利用他们将科道中的东南官员清理出去一批，用以平衡科道的力量对比。徐阶在任的时候，东南出身的官员很是吃香，徐阶也很乐意照顾自己的乡党。现在时代变了，高拱等人对于现在的官场风气极为不满。
高拱对理学和心学都没有什么大兴趣，高拱的政治口号是舞文无赦，所以一法守。具有很典型的经世实学的特点，而首辅李春芳反而相对温和一些，这也使得很多官员反而跑去支持李春芳了，使得李春芳的地位很快得以稳固。
尤其是心学门人和东南出身的官员，他们在徐阶去位之后，快速团结在李春芳门下，希望李春芳能够为他们发声，但是李春芳和高拱只是手段的区别罢了，高拱主张大刀阔斧的改革，而李春芳认为应当循序渐进。
但是在整顿科道这个问题上，李春芳、高拱、朱载坖的看法是一致的。
但是徐阶虽然将一应罪责都揽到自己身上来，甚至不惜以致仕来平息这场风波，但是有韦银豹叛乱所引起的风波并没这么快就平息下去。
针对张居正在东南实施的一系列新政，很多官员都对此表示不同意，其中非议最大的就是张居正的赋役新政，张居正的赋役改革，继承征一法，基本形成了一条鞭法的大概条款，将徭役折色化，配合朝廷的优免则例，使得百姓投献给士绅无利可图，因为士绅们现在能够优免的田亩有限。
之前的所谓免丁也都被田亩替代了，这样一来，不少之前投献的百姓就要将自己的土地要回来，由此在东南地区产生了大量的诉讼，州县乃至于布政使 、按察使衙门应接不暇，士绅们也是怨气满满。
刑科给事中舒化上疏称：夫道在日用，当官者不必出寻常之外而别为调停。政贵宜民，善治者，岂在创新奇之法，以抗夫时俗。
他认为张居正的赋役新法就是别出心裁，而现在由于张居正的赋役新法，导致了东南骚然，百姓不停的上告，这不是朝廷治国的善道。同时南直隶巡抚杨继盛也遭到了弹劾，原因也很简单，杨继盛在这些百姓向士绅索要田产的诉讼中，相对是倾向于百姓的，这使得东南士绅们大为不满。
吏科给事中戴凤翔就上疏弹劾杨继盛，认为他沽名乱法，动盈千纸。凡衣冠之族，饱暖之家，远年祖产。每日开门受讼，悉听刁徒告赎。
其实戴凤翔说的倒是士绅们实话，朱载坖的一系列新政，使得这些士绅们损失了大量的土地，他们当然是怀恨在心，虽然徐阶去位将之前韦银豹叛乱所引发的朝廷动荡给按了下来，但是士绅们怎么可能就这么认输了，他们不断的怂恿科道言官和地方官员向朝廷上疏，陈述新法造成东南骚然，大有动乱之势。
朱载坖并没搭理他们，反而将舒化、戴凤翔降职外放，但是东南现在确实出现的大量的诉讼，州县官府难于处理，杨继盛在奏疏中也向朱载坖反应了这个情况，请求朝廷专门派遣钦差处理此事。
朱载坖召集阁臣们商议此事，苏松作为朝廷的财政重地，朱载坖不能不重视，虽然朱载坖要清丈田亩、增加朝廷的财政收入，但是朱载坖并不希望将士绅逼迫太过，保证苏松的稳定仍然是最重要的事情。
杨继盛请求派遣钦差，朱载坖也正有此意，他也要通过不同的渠道了解苏松的现实情况，朱载坖一面命令张居正了解相关的情况，一面选择科道言官，作为钦差了解当地的情况，经过内阁的推荐和朱载坖的亲自选拔，工科给事中齐康、河南道掌道御史韩楫、原遵化县令现巡按苏松御史沈炼作为钦差前往东南州县巡视，了解当地的情况。
很快厂卫和张居正的密疏就到了朱载坖的案头，张居正也向朱载坖介绍东南诉讼急剧增加的原因，说白了，就是投献方式不同罢了。
向官僚士绅们投献的主要有两个群体，其一是仅仅拥有少量土地的自耕农，这部分人产生的诉讼是不多的，因为朝廷在清退投献田地之后，他们还是继续耕种自家的土地，只是之前向士绅们交租子，现在向朝廷交赋税罢了。
真正引发大量官司的事第二种情况，就是中小地主的投献，这些中小地主，虽然拥有土地，但是由于没有官身，无法获取朝廷的优免，所以将自己的土地投献给官僚士绅们，以求获得优免，逃避赋税，而他们则成为士绅们的所谓家人，代替士绅们们收取租子，与士绅们分成。
这里的土地关系就比较复杂了，佃户、土地原主人和士绅，按照朝廷的规定，清退投献之后，土地应该是回到原主人的手中，也就是这些中小地主的手中，这就引起了佃户们的不满，佃户们认为他们的利益受损，故而状告到官府去。
因为他们现在认为，这些所谓的中小地主，只不过是转佃罢了，即他们之前从士绅们手中将土地大片租佃而来，然后就土地转佃给佃户，借此赚取差价罢了，朝廷清丈投献，就应该将土地给他们，或者是由这些中小地主对他们进行补偿。
这也是为什么很多官员都称这种告状的百姓为刁民的原因。
张居正在奏疏中也说道：方其初佃，大费工本。及转佃他姓，即以工本为名，立契得银。小民既已出银，又焉得为白占？今欲追价，则价已付之原主，世无一田二值之理。若与原主追价，则原主已前又有原主，展转追寻，何日清楚？