大明自太祖兴兵诛暴元以来，至今已有二百六十余年，离中原王朝的三百年大限已所去不远，王朝处处显露出耄耋之相，危机病灶接二连三涌现：东北有建虏跳梁自不必说，西南又有奢安之乱未曾平定，甘陕流民久抚不平，降而复叛，还有永不落幕的广西瑶变。好不容易山东的白莲教徐鸿儒变乱刚消停下去，山东原堂堂政府军--登州军孔有德李九成耿仲明部，这支被登莱巡抚孙元化寄予厚望，请来葡萄牙人教习铳炮，由朝廷重金打造的西式火器部队--居然也反叛了！
孔有德等原为毛文龙部曲，毛死后在东江诸将争权斗争中失利，幸有孙元化收留不至于沦为丧家之犬，后因孙元化升任登莱巡抚，这支部队得以驻屯登州，在丁卯胡乱1中被吓破胆的孔等弹冠相庆终能远离战斗力强悍的后金。
孙元化师从徐光启，钦慕泰西之学，也认为火器是改变明军战场颓势的必由之道。他上任登莱巡抚后亲自前往澳门请来葡籍教习，铸造新式铳炮，意图将孔有德部打造成为一支西式新军。
可孙元化乃文士出身，文人掌兵多如慈母教败儿，迁就有余，威严不足，只有菩萨心肠，全无霹雳手段，麾下不是萎军，便为骄兵，无事糜饷尚可，上了战场就会成为大麻烦。可惜孙仍如坠五云雾中，尚不自知，以为将粮饷供给充足，孔部兵将便会为国为民奋勇杀敌......当大凌河被围的消息传来，孙元化产生和吴开先类似的想法，命孔部三千二百人乘登州船只由海路袭击耀州，孔哪里敢去，托言海上风急浪高，不可成行；孙只好命其转由陆路支援关宁前线，孔等阳奉阴违，故意一路推诿迁延缓慢而行，大凌河关宁前线交战了多少天，他们就在路上逗留了多少天，一心盼着战时结束，历经三十日仍未走出山东地界。
孙元化一直敦促，孔等称马匹羸弱难以驱驰，孙赶紧从登州商户处借得两千两买马银送来，可旋即就被李九成孔有德赌博挥霍一空；孙又派人敦促，可孔有德等一直以行粮耗尽，市场故意抬价牟利，费用不足等理由来搪塞，再次请粮请饷，孙哪里还能凑得出？行至吴桥，孔竟然要求回登州请粮再图进止，为此他不惜使出诈计将士兵逼反！孙元化此刻方知，他请得朝廷厚禄养之，寄予厚望的东江军竟是一群听封不听调的骄悍不法桀骜不驯食人民供给不肯为国而战的蠹兵！
时人有诗讽道：
一个痴心人，几条破胆汉
受命赴辽东，畏死行得慢
孙手中明明有尚方宝剑，完全可以于孔有德迁延之际纵马驰入孔营，斩掉孔之头以正军纪国法，可他尚且不如袁崇焕，哪有此胆！又兼心存幻想，只是一味写信催促，晓以大义。孔有德已知退兵不能，于是干脆撕破面皮，召李九成耿精忠等众将言道：上战场与后金厮杀必死，就地造反犹可活，不如干脆反了。众将官本已无心往战，欣然响应。于是孔有德等借口地方有意抬高物价，士兵无奈偷鸡被执，往前线赴死之士遭地方豪强欺压为借口起兵，仅用十日即杀回了登州，在此期间还一路摧城拔寨，连续攻克临邑、商河、齐东、德平、青城、新城等大小城镇，真正做到了其行如风侵掠如火，与出发时上司有令其徐如林，友军有难不动如山形成鲜明对比。
孔有德部至此已然是明摆着宁可造反也不去抗金了，孙元化仍心存侥幸，他鼓起平生最大勇气亲自进入登州城招抚，孔有德假意奉孙为王，要割据一方。孙当然不从，并以自杀相威胁。孔想其一介书生文臣，杀之反会落下手刃恩主之恶名，放之却能蒙蔽愚氓之眼，博得有情有义的假象，于是伪作恭敬将其送出城外。孙元化出城放声大哭，事毕整顿衣冠，从容投案而去。可此时赴死已然于事无补，有此勇气还不如当时赴军营冒死斩孔。“东山矿徒趋利则有，应兵则无！”，这句话就写在熊廷弼的奏章里，抄写于塘报中，孙元化若是稍加留意，又何曾会弄得这样一个身败名裂的下场呢？
孔有德部兵临登州之际，其东江旧相识耿仲明率部于城内响应，里应外合轻易拿下登州，总兵张大可力战不敌，回府自缢身亡。此时叛军已拥兵七千，马三千匹，又夺库银十万两，还拥有红夷大炮二十余门，其它各式西洋炮三百余门，又将朝廷安置于登莱等地的辽民挟裹入军，一时声势煊赫，与孔李耿交好的旅顺副将陈有时，广鹿岛副将毛承禄也叛明来投。叛军实力大增，开始猛攻莱州，本该成为稳定后方的山东此时居然成为了叛军肆虐形势危急的战场。
至于被叛军占据作为根据地的登州更是凄惨。南京右军都督府张可大、登州知府吴维成、原开封府推官在乡士绅张瑶等数千人死难，叛军虏获居民男女数万，男丁都被杀死，女子都被作为压寨夫人犒赏军士，以笼络人心，不少女子不堪侮辱或投缳或投井而死，亦有一烈女冯氏半夜手持剪刀力杀两贼兵，后不敌围攻而战死。叛军在屠城后将尸首扔出东门外，城外壕堑皆被填平。
此后，孔等三贼气焰更加嚣张，孔有德设官置属，自号都元帅，李九成为副元帅，耿仲明、陈有时、毛承禄等任命为总兵官，开始攻伐附近黄县、平度诸城。吴桥兵变发展成登莱大乱，作为三方布置之一方的登莱方面土崩瓦解，反成朝廷肘腋之患。孔李耿此举严重影响了明朝的战略部署，又形成了对后金事实上的巨大战略支援。
作为一个高度中央集权的庞大帝国，军队是国家安全的最重要支柱，军弱则国弱，军乱则国乱，军亡则国亡。而军队乱必先乱于军制，大明自中叶起，卫所兵渐已腐朽不堪，众将不得已募兵而战，可从此军队逐渐沦为私家之兵，并不自知实为国家所养，遂成只知有家主，不知有朝廷之私兵。如有忠诚如戚继光俞大遒者，尚可依为国之干城；如有明里为国暗里为家族牟利者如李成梁祖大寿，用的好则为国之柱石，用不好则为边防黑洞；一旦将领视大节如无物，只知以兵权趋利避害，如孔耿李之流，则其掌握的军队必将成为国家之祸，且其军越强，为害越大。
是以凡以为国家计者，兵必为国家所养，将必为国家所御，此历史反复验证之真理也，可惜明廷因登莱变乱才明白此理。其不惜重金所打造骄兵在权衡明金压力后竟然掉头反噬自己，且愈加难制。明廷不得不将抚宁迁安整训的关宁军抽调万人南下，旅顺总兵黄龙、广鹿岛副将尚可喜也受命停止进攻复州，南下参与平叛。卢象升之前已派出杨国柱部由陆路南下，探知金兵撤退到三岔河以东后，卢再调吴开先部从海路南下助攻，意图早日平定叛乱。
吴开先一直派徐海龙对海州盖州复州金州一带进行侦察，了解到各地往牛庄送粮的情况，得卢象升的南下将令后先搂草打兔子，解决部分粮草问题和解救了千余难民，之后便剑指登州而来。