国防部命令顾品珍于十一月之前调回云南，撤销湘北军务总督之职，改任云南军务总督；王文华也奉命率部返回贵州，出任贵州军务总督。顾品珍所率领的滇军军团与王文华的黔军军团合编为南方第二集团军，两省共编制五个精英师的常规部队，除了集团军配置之内的战斗序列，其余地方部队全部裁撤。
南方第二集团军五个师番号顺延中央第三集团军序列，为精英第二十、第二十一、第二十二、第二十三、第二十四和第二十五师。顾品珍为总司令，王文华为参谋长，司令部设于昭通。该军团主要负责藏康越边境以及西南部分沿海的防务。
吴绍霆在整编序列的命令之后还附加一项密令，要求顾品珍在整编结束之后，着手加强本部人马的训练，随时执行入藏收复被英军侵占国土的军事行动。
至于四川地区，吴绍霆与国防部协商之后，决定不设集团军编制，仅仅将川军四个师整编为两个精英师番号，隶属于四川司令部直辖，熊克武为第二十六师师长、刘存厚为第二十七师师长。
最后，吴绍霆还特意与蔡锷、冯国璋等人经过讨论，决定将之前准备北伐蒙古平定叛『乱』的几个北洋中央师整编为北方第二集团军。这是《全**事整编计划定案》中第一阶段整编的最后一个集团军番号。虽然兵力、驻地都是现成的，可是却没有合适的负责人选，只能由国防部直接负责所有编练工作。【】1908大军阀759
当然，吴绍霆心中仍然是有自己的打算，历史上收复外蒙古是徐树铮所为，如今徐树铮尚且在精英团第一期学习，而且国内战事刚刚结束，自己的用心则放在东北方向，因此西北的事务还得容后一段时间。等到徐树铮从精英团毕业之后，他会安排这位国战名将调任北方第二集团军，筹划北伐外蒙古的作战。
北方第二集团军辖下精英第二十八师、第二十九师以及第三十师三个番号，额外再配备新三十一师、新三十二师两个空番号，又北京大本营新兵司令部负责招募训练。国防部预备派出总参谋长何福光，连同中央第三集团军总参谋长韦汝聪二人携带幕僚组北上，全权负责北方第二集团军的组建工作。
以上七个集团军的番号是第一阶段全**事整编的主要内容，也是共和国精英师目前全部的编制单位。国防部曾经打算为共和国精英师设计制式军服，并且优先筹集款项将军服推广到所有精英师之中，不过吴绍霆认为共和国精英师相当于中国目前的主战部队，涉及的防御地区地理环境各有不同，军装应该因地制宜才是。
不过共和国精英师仍然拥有独立的徽记，为了体现共和国精英师的无畏精神，并且给所有敌人留下深刻印象，吴绍霆不惧众议，毅然决定采用黑『色』骷髅头为主要图案，“志诚”式轻机枪和“绍霆”式自动步枪交叉在其后。
做为蔡锷寄托国防宏源以及中华民国最终军事体系的国防军，在十月中旬完成了第一期新兵特训，不过与其称呼这些国防军士兵是新兵，还不如说是老兵新练。在整个第一期训练当中，各地特训营合计招募的纯新兵数量不足四千人，从九月份开始各地特训营大部分招募的兵源都来自现役部队。
尽管之前国防部是严格规定要特训营是四个月训练，可这个法则仅仅是针对纯新兵，当现役部队兵员进入特训营之后，几乎只用了半个月的时间就通过了所有军事基础考核，余下的一个月时间全部用来补习文化和思想教育。这些兵员都是从各现役部队精挑细选出来的，本身就具备十分良好的军事和文化底子，再加上特训的强化，不可不谓是精锐中的精锐。
第一期特训新兵的总人数超过一万六千人，而第一期结束之后，更大规模的国防军招募紧接着展开，并且在武汉、北京、南京、兰州四处增设了新的特训营。无论是共和国卫队还是共和国精英师，但凡通过报名考核者，都会由中央预备役司令部分派到各个特训营受训。从第二期开始，各地特训营采取交叉训练的方式，南方士兵去北方，北方士兵来南方。
如今国防军的兵力只够编成一个师，番号暂定为国防第一师。由孙继直出任师长，并破格提拔何应钦为副师长兼代理参谋长，特聘国防大学外教鲁登道夫为军事顾问。
目前各地新兵营特训营的国防军士兵都奉命前往广州集合，不过这次会议结束之后，第一师将会调驻至江苏扬州。
参加这次大会的所有人都知道，之前七个集团军番号当中唯独没有提及中央第一集团军，可见吴绍霆是特意打算将这个番号留给国防军。这正是吴绍霆的打算，在第二期国防军特训结束之后，如果不出差错，国防军兵力足以完成集团军建制。
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军事整编会议结束的第二天，吴绍霆在总统府举行了授勋仪式，为蔡锷、冯国璋、韦汝聪三人佩戴上一等大绶文虎勋章，并且授予蔡锷光武上将军称号，授予冯国璋为复武上将军称号，授予韦汝聪为国武上将军称号。
一番程序一一走过，特邀的国内记者和国外记者纷纷上前点燃镁光灯照相，记录中华民国最有名望的三位将领的荣耀之时。
在仪式结束之前，吴绍霆还代表中央『政府』宣读了另外一份授勋名单，不过这些获勋人员将会由总统府仪仗队陆续前往办公场所授予，不必千里迢迢来到南京总统府当面参加典礼。虽然这些都是虚有的荣誉，但是有必要为中华民国奠定长久的荣誉制度，以此鼓励全国各界人士为国家尽心尽力。
当天下午，国务总理梁启超又以『政府』名义，任命韦汝聪为共和国精英师最高长官，冯国璋为共和国卫队最高长官，蔡锷为国防军最高长官。不过这些“最高长官”的职衔仅仅是虚衔，用以承托一级陆军上将的高级身份。
吴绍霆从国务办公厅走出来，与蔡锷迈步向总统办公室走去。今日蔡锷穿着一身笔挺的新式一级上将礼服，胸口挂着两枚崭新的勋章，原本还有一条丝绸绶带，不过他觉得太过招摇和麻烦，并没有佩戴上去。
“松坡兄，全**事整编让各省慢慢转变即可，这件事不必太急，至于那七个集团军，除了北方第一集团军之外，剩下五个都有基础在那里，相信各司令部不用多久就能完成任务。国防部那边松坡兄还是先让海军部把海军整顿定下来，到时候也要把海军的整编公布出来。”一边走，吴绍霆一边有条不紊的说道。
蔡锷虽然身体仍有虚弱，不过回到祖国故土心情大好，再加上这几日的调养和锻炼，比起在日本那会儿已经好多了。他点了点头，应了一声道：“此事我会交代下去的。”
顿了顿，他叹了一口气，颇有顾虑的由说道：“说来也有一些棘手，北京那边的海军部到现在都没迁下来，上海海军司令部的进程也很不理想，这些北洋『政府』时期的海军将军们只怕心里还有想不开的地方。”【】1908大军阀759
经这番话提醒，吴绍霆倒是觉得海军部确实是一桩麻烦事，他停下了脚步，脸『色』显得很沉闷，心里飞快的思索着。中国海军虽然是通脉相连，可是由于北洋『政府』的治理不当，如今海军各舰队也是四分五裂，俨然如同海上军阀一般。诚实的说，北洋『政府』的海军部要比执『政府』的海军部更加权威许多，可如果由北洋『政府』的海军部代替执『政府』的海军部，对一直以来支持南方政权的海军将领来说肯定不公平。
不仅如此，整顿全国陆军看上去是十分庞大的工程，可比起整顿全国海军来说，陆军的工作要轻松许多。从清朝末年开始，各地海军基本上已经形成互不相干的局面，中华民国成立之后有的支持南方，有的支持南方，再加上中央海军部的独立『性』，这种情况愈发顽固。
如果仅仅是要一个名义上的整顿，这倒不是什么难事，无非是用财政干预海军预算来要求海军妥协。可是吴绍霆绝不会这么想，要做自然要做的彻底，中国海军必须隶属于中央『政府』管辖。
想到这里，他缓缓的开口说道：“看来，我得把老一辈的海军将领和年轻一辈的海军将领都约出来好好谈一谈了。”
蔡锷问道：“那要派人去北京请他们来了？”
吴绍霆想了想，说道：“这倒不必，我过段时间要去一趟北京，到时候直接去见他们就是。之前还以为中国海军手足相怜，不过现在看来没这么简单了。”
蔡锷苦笑了起来，说道：“没办法，一方面是陈规旧习所致，一方面又历史背景所影响，我们中国的海军一直以来都是多灾多难，也算是独树一帜了。北京海军部的那些老臣，像萨镇冰，虽然退居二线可仍然对长江流域的舰队颇有作用；刘冠雄和李鼎新虽然都是上海舰队出身，不过前者一直把天津、山东的北方舰队捏在手里，后者则牢牢把握着上海舰队。”g！~！