同时阿科尼亚和郭纳爵还有另一个任务，就是在穆陵关里迅速建立起一个初步的医疗系统来。并且要陪养一批军医，参与这次南下的作战。
尽管在后世，医学界对中医理论有很大的争议，但在古代，以中医理论为基础的中国医学水平在很长一段时间里，要远远高于西方，由其是中医基础的经络和阴阳五行系统，也使中医形成了相当成就的理论，并且在很早的时候，就出现了专职的医生和专业的治疗程续。而在西方十五世纪以前，医疗基本都是由教会来兼职，绝大多数治疗手段都是祷告和念经。
但到了十六世纪之后，西方的医学有了长足的进步，缩短了与中国的差距，在1543年，尼德兰人萨留斯完成了［论人体的构结］一书，同时期的西班牙人塞尔维特发现了心肺之间的血液小循环，使欧州医学开始朝着人体研究和血液循环理论的方向迈进，到了1628年，英国人哈维写成了［心血运动论］一书，系统的阐明了血液循环理论，从而开避了生理学和医学的新时代。
尽管在差不多同一时期，中国的李时珍也写出了一部伟大的医学著作［本草纲目］，但本质依然还是秉承的传统医学，沒有能够突破传统医学的极限，而欧州医学却以经突破了中世纪的限制，在逐步向近代、现代医学靠近。不过总体来说，在十七世纪中期时候，东西方的医学水平差不多还是在同一水平线上。
在古代，军队里的医疗技术水平很差，一方面是时代整体的医疗水平不高，另一方面也是因为高水平的医生者不愿从军。通过前几次与清军的战争，商毅就发现这个问题，伤病员的治愈率极低，一般只有百分之三十左右。而其实大多数士兵受得伤都不重，以这个时代的医学水平，只要有足够完善的医疗条件和受过专业训练的医疗人员，完全可以抢救许多士兵的生命。因为毎一个士兵都是经验丰富的老兵，能多救活一个，都是一笔宝贵的财产。
但现在商毅手下缺口最大的技术人员就是医生。因为越是在乱世，医生就越是吃香，由其是有能力有经验的大夫，到那里都能混得上好生活，不用像其他一般的百姓和工匠那样，非要在商毅的手底下才能混上饭吃。虽然目前商毅手底下到是有六十多个郎中，但绝大多数都是走街窜巷，卖什么大力丸、回春丹的蒙古大夫。真正有坐堂问诊水平的大夫，才只有两个人。但商毅目前急需要提高自己治下的医疗技术，因此暂时只能依靠传教士的力量。
不过在现阶段，商毅对军医的要求并不是要他们有多么高明的医术，只要能够处理最基本的刀枪伤口，消毒、化胧、包扎，避免伤口感染就可以了。在这方面商毅自己就是专家，因为紧急治疗本身就是特种兵必须掌握的技术之一。只要有足够的外伤药和消毒水就够了。药材可以到青州、莱州、登州等地去购买，找曾化龙等人帮性，应该没有什么大问题，而虽然这个时代没有消毒水，但用盐水也能代替。
商毅首先选了十名头脑比较机灵的郎中，先手把手交给他们如果止血、清洗伤口、上药包扎以及其他的注意事项。好在这些技术都不复杂，教了几遍就会，致于熟练呈度，那就是毎个人去慢慢练习了。然后就由这些人再教给其他的郎中。
使用的药材全是制成品草药，主要是以治疗跌打损伤、刀枪创口、去於化血，舒筋活络为主。商毅甚致还想过自已配制云南白药。虽然在后世，云南白药在中国属于机密，但在美国以经公开云南白药的配方，商毅自然保存了一份。以一分五百毫升的剂量的云南白药，成份为散瘀草八十五毫升、苦良姜三十毫升、老鹳草三十六毫升、白牛胆二十五毫升、田七二百毫升、穿山龙五十七毫升、淮山药六十六毫升。都不是什么名贵药材。但目前时间不允许商毅大量配制，因此只能暂时放弃这个打算，还是以购买现有的成品药物为主。
同时南方的天气炎热、潮湿，加上又是盛夏出兵，山东士兵非常容易水土不服，因此还要准备大量避暑消火，清热解毒的药材，当然这样的药材在中国早就有了，那就是著名的诸葛行军散。
而傅汎际则被商毅受于了一个艰巨的任务——开矿。
商毅知道，山东是一个矿产资源非常丰富的大省，蕴藏有多种金属、非金属矿物，而其中以煤、铁、石油储量最多，在后世石油为全国第二位，煤矿为全国第三位，铁为全国第六位。对现在的商毅来说，煤和石油暂时都用不上的资源，但铁矿可是大大需要，而且越多越好。商毅查阅电脑知道，后世著名的山东金岭铁矿就是位于青州府和济南府交界的淄博东北，离穆陵关只有百余里的路程，金岭铁矿是从春秋时期就有开釆的记碌，一直到商毅穿越之前，仍糹还在继续开釆。
目前穆陵关要自行生产火炮火枪，因此对生铁的需求量极大，支出的预算中，有相当大的一部份是用于购买生铁，而且基本都是从金岭铁矿购买，如果能够自行在金岭铁矿进行开釆，冶炼，将可以为关城节省很大一笔开支。而这个任务自然也就当仁不让的交给阳玛诺，谁认他以前是干过矿工的呢？
而就在商毅查找山东铁矿的同时，他还查到了，原来就在青州府境内的昌乐县附近，居然还蕴藏着大量丰富的蓝宝石矿，这可是后世著名“蓝宝石之乡”。
这个意外的发望也让商毅大喜过望，忍不住连声惊呼着：“这下可发达了。”
当然,这并不是说商毅指望依靠大量开釆出蓝宝石来赚钱，因为蓝宝石虽然属于贵重珠宝一类，但毕竟是由于量少才显得尤为珍贵，如果过量的开釆，只会造成蓝宝石的价格下跃，也就不值钱了，而开采少了，虽然能够保持住蓝宝石的价格，但也赚不了多少钱, 因此蓝宝石根本不能作为赚钱的图途，商毅实际上看中的，是蓝宝石在工业上的用途。
通过查找资料，商毅知道，蓝宝石的矿物名称叫刚玉，属刚玉族矿物。是一种硬度极高的天然矿物，仅比金刚石略差一点，可以用它来机床刀具，钻头等机械的核心部件，对钢铁机械工业的发展非常有用，将可以可大规模生产比较精密产品。
特别是目前穆陵关的工匠作坊里都是釆用钻管工艺来制造火枪的铳管，但现在的钻头使用的都足坠子钢制做的，硬度和脆性都很大，一个钻头最多只能钻六只铳管，有时只能钻三四只铳管，这也成为一个制约穆陵关火枪制造发展的最大瓶颈，如果改用硬度比坠子钢要强得多刚玉来做钻头，自然会使生产效率大大提高。同时在了刚玉之后，就还能够制造其他的机床设备，对于推动穆陵关的机械工业，有着十分重要的作用。
想想以后自己作坊里的每一台钻床全部都是使用蓝宝石来当钻头，商毅也禁觉得好笑，这也太奢侈了吧。
但接到任务之后的傅汎际却是一头雾水，开釆金岭铁矿还好些，毕竟这个矿产是以经探明了的，自己只是去找一块合适的地方开釆就行了，但令傅汎际百思不得其解的是，商毅怎么一口断定，在昌乐县附近会有蓝宝石矿呢？难到他也学过开矿吗？
不过不解虽然是不解，但傅汎际还是尊照商毅的命令，组织人手，开始出发探矿。因为这一次只是先去打探门路，因此傅汎际也没有多带人，只带了一个中国传教士李林，和两名在穆陵关发展的教民，商毅又派了成进和成刚的父亲老成，带了五百两银子，跟他们一起去，老成虽然不懂开矿，但为人精明，能说会道，如果遇到了合式的地方，可以先期在那里做一些准备工作。同时还派了一个班的士兵保护他们。
而最后一个洋和尚阳玛诺，则被商毅扔到孙和鼎的军器司里去干活。 虽然这个时东西方的总体科技水平差不多，但西方的金属加工机械制造水平明显要比中国高得多，以经出现了比较简单的旋床、钻床、磨床、以及拔丝机、压延机、起重机，甚至出现了一至二吨的重力锺，能生产带锤的齿轮时钟、能将铁和铜抽成丝。
虽然商毅还不要求阳玛诺能为自己马上制造出现在欧州的这些机械设备，但让他对穆陵关现有机械设备进行一番改造升级，至少要使生产效率提高一个水平，还是可以的。另外也可以选择性的制造出一两倍可用的机械设备，提高穆陵关的生产效率。