工藤新一的邻居阿笠博士，一个独居的天才发明家，在柯南的眼里是一个很能整活的人，比如和他的爸爸妈妈一起装成黑衣组织成员绑架他，然后被警察叔叔以绑架儿童、扰乱社会治安、占用警力资源等罪名被拘留。
但柯南是真的想象不到，等到盂兰盆节假期结束后，开学的第一天阿笠博士就给他又整了个大活。
也就是班上新的转学生，现在坐在他的面前，将将自己的身世娓娓道来的小女孩。她现在的名字叫做灰原哀，过去的代号是雪莉。
“……，无处可去的我，只能仰赖工藤新一你一个人了。”小女孩坐在沙发上，淡然的说道：“我想同为组织叛徒的你，一定会理解我的。”
“开什么玩笑！”柯南愤怒的爆发了：“我怎么可能会理解你这个制造杀人毒药的……等下，你刚才说‘组织叛徒’？”
“啊啦？”灰原哀还有些奇怪柯南的反应：“拒绝继续研究、吃下这个药物逃出组织的我，已经毫无疑问是叛徒了吧？”
“这我当然知道，但‘同为组织叛徒’是什么意思？”
“你该不会以外这是能瞒过去的事情吧？”灰原哀的表情有些嘲笑：“组织交给我的名单可是清楚的写了：工藤新一，状态不明，需要确认其是否死亡，备注——原为组织成员，因背叛被处决，也许与FBI或其他情报机构有联系。”
“纳……纳尼？”
柯南一脸懵逼。
“新一！”柯南身后的阿笠博士也叉着腰，低头气呼呼的看着他：“小哀告诉我这件事的时候我也很惊讶，你居然连我都一起瞒着！”
“你现在给我说清楚，你到底是什么时候卧底到那个组织的？优作他知道这件事吗？”
毕竟是自己看着长大的孩子，阿笠博士向下以工藤新一的身份当然不可能是‘真酒’，他很快就认为工藤新一为了某个原因作为卧底加入了黑衣组织。
“不是，等等……”柯南都不知道他应该从哪一条开始否认了，语无伦次挥舞了半天手，才整理出头绪来：“我根本就没加入过那个黑衣组织啊！那天在热带公园是我第一次遇到那两人！”
“我都说的这么清楚了，还不肯承认吗？”灰原哀有些疑惑的歪了歪头：“明明对工藤新一的身份并不否认，那就并非是对我的身份感到怀疑了。”
她看向柯南身后的阿笠博士：“你百般否认的原因，难道是你对博士不能信任吗？”
“柯南——！”阿笠博士叉着腰，低头看着柯南：“我要生气了哦！”
说着，阿笠博士像河豚一样鼓起了腮帮子。
“我当然很信任你了博士！我变小的事情可是第一时间就告诉你了！”柯南转身安抚已经气嘟嘟的阿笠博士：“但我的真的没有加入那个组织啊，我怎么可能会加入犯罪组织呢！”
“喂喂，你这该不会是挑拨我和博士之间关系的离间计吧？”柯南回过头又看向灰原哀：“还是说组织是不是弄错了什么，所谓的组织叛徒应该是名单上面或下面的那个人，写名单的人弄错了行吧？”
“你还真是嘴硬啊，大侦探。”灰原哀叹了口气，感到无趣的摆摆手：“算了，你说是就是吧，就当做是琴酒搞错了吧。”
“喂喂，你这根本就是不信啊……”
算了，柯南不想和这个组织里逃出来的药物研发者浪费口水了，他转身看向阿笠博士，博士的看法才是最重要的。
博士与灰原哀如出一辙的摆摆手：“你说是就是吧，就当是那个组织搞错了吧。”
“你们信我啊！”
柯南绝望的栽倒在沙发上，思考该如何证明自己不是卧底更不是叛徒……不对，是证明自己根本不是黑衣组织的成员。
这时，他身上的手机响了。
应该是小兰催他回家吃饭吧，这样想着，柯南看也没看就接通了电话。
“新一啊，好久不见了。”
然而电话接通之后，对面却是一个中年男人亲热的声音，而且他找的明显是‘工藤新一’。
忘记了！柯南又是一慌，前天的那起案件，属于江户川柯南的手机已经被户十研人砸碎了，现在他手中的是应该属于工藤新一的手机。
‘新一机’平时状态下当然是关机的，但之前从学校回来的路上，灰原哀发挥了演技让他以为阿笠博士已经遭到了组织的黑手，他慌张的拿出了属于工藤新一的电话，开机往阿笠博士家打电话。
柯南慌慌张张的拿起脖子上的变声器，扭成工藤新一的声音说话：“铃……铃木叔叔？”
电话的另一端，是铃木园子的爸爸，铃木史郎。
工藤新一毛利兰和铃木园子，三个人从上幼儿园开始就认识了，园子的性格又大大咧咧的，他们时常去园子家做客，对园子的父母和姐姐也很熟悉。
不过工藤新一和铃木史郎并没有交换过电话号码，应该是铃木史郎从园子那里要来的电话号码。
“铃木叔叔，有什么事情吗？”
听着柯南用工藤新一的声音讲电话，灰原哀的表情有些不喜。
“新一啊，我听园子说，你最近可很久没有上学了，遇到麻烦事情了吗？”说正事之前，铃木史郎先闲聊了几句。
谁说的，我可是天天都有上学……，柯南抽了抽嘴角，用敷衍小兰时一样的理由说道：“没什么麻烦啦，只不过接到一个很特别的委托，需要花很长时间罢了。”
“哦哦，这样啊。”铃木史郎好像放心了：“如果遇到麻烦了，尽管来找叔叔我哦。”
然后铃木史郎才进入正题：“那新一啊，你最近有时间吗？”
“叔叔案件要委托吗？”柯南隐约懂了。
“差不多吧，新一你知道怪盗1412吗？”
“小偷啊……不知道。”一听是抓小偷，柯南感到有些无趣。
“那可不是一般的小偷啊，实际上那位怪盗给我发了预告函，想要偷走我们家的一颗宝石，新一你有没有兴趣来帮帮我啊？”铃木史郎说道：“虽然说已经联系了警方，也请了小兰的爸爸毛利先生，但我总觉得还要加上你才能放心啊。”
“时间呢？”虽然根本没有办法去接受这个委托，但柯南依然问道。
“预告函上是9月10号，还有近一个月呢。”铃木史郎说道：“怎么样新一，能不能把时间腾出来？”
“真的很抱歉。”柯南推辞道：“我恐怕腾不出时间来……不过，我给您推荐另一位侦探吧？”
“他叫乌丸酒良，平时是一家酒吧老板，作为侦探的名气并不是很大，但实力非常强。”一想起乌丸先生，柯南就兴奋了起来：“我觉得他的推理能力比我还要高明那么一……一丢丢……或者多一点，有乌丸先生在，一定能把您把那个怪盗抓住的。”
又寒暄了几句，柯南放下了电话，发现灰原哀正在用非常复杂的眼神看着他。
“干嘛？”柯南没好气的问道。
“你就这样用自己的身份和别人打电话，不怕黑衣组织知道你还活着吗？”灰原哀问道：“如果你被组织盯上了，在博士家借住的我恐怕也不会好过。”
“我一直都是这么用工藤新一的身份跟小兰打电话。”柯南不好意思承认自己随手接电话是马虎了，他倔强的说道：“反正我都成组织叛徒了，还有什么好怕的，如果你担心被我连累的话，还是圆润的快走吧。”
“啊，对了。”灰原哀又说道：“刚刚你打电话的时候，我突然想起来一件事……姐姐……软盘……药物数据……教授……如果拿到那张软盘的话，说不定能给我研究解药提供很多帮助。”
“走！去看看！”一听这话，柯南立刻蹦了起来。