在张居正担任内阔首辅之前，明朝的整个体系已经被前任内阁首辅严嵩弄得乌烟瘴气，充斥着各种弊病。
在这种情况下，没能爆发农民起义，推翻明朝统治，反而还能一直延续统治，这与张居正的改革有关。
张居正的改革自万历元年，即1573年开始，至万历十年，即1582年张居正去世结束。
张居正的全面改革，旨在解决明朝两百余年发展中所积留下来的各种问题，以巩固明朝政权。
张居正为了挽救明朝统治的危机，缓和社会矛盾，他从政治、经济、文化、军事、科技等方面进行整顿，尤重于经济的改革，企图扭转嘉靖、隆庆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
张居正的改革一定程度上强化了中央集权，国家财政收入增加，推动了商品经济的发展，国防和军事力量得到了提高，边境安宁，万历初年明朝一度有了“中兴”的景象。
尽管张居正为明朝的国计民生呕心沥血，但是，在他死后不久，就遭到了万历皇帝朱诩钧的彻底清算——谥号、赠官、诰命被全部追夺。张家就从万人之上的高位沦落到惨遭抄家的地步。
眼看张家起高楼，眼看张家宴宾客，眼看张家楼塌了。
张家上下，从白发老者，到黄口稚子，无一逃脱此劫难。
张居正，这位曾经的内阁首辅、堂堂太师，主持了种种改革，少年时的万历皇帝朱诩钧对其言听计从，满朝官员也慑服于他的权势。但在抄家后，张居正在bJ、荆州等的房产及所有金银古玩全部充公，只留下一百亩薄田，作为张居正老母赵太夫人的赡养之用，可以说整个张府都被查抄得一干二净。
万历皇帝朱诩钧对张居正的清算从万历十年六月张居正病逝开始，到万历十一年四月才清算完毕。
在这十个月惊心动魄的清算过程中，真可以说是搅得国无宁日。不单官场像是抽风打摆子，就是天底下老百姓的心灵也备受熬煎。那些通邑大都，甚至边鄙州县的驿舍客邸、酒楼茶馆、船坞书坊、祗园道观，凡有人群处，必将把张居正的荣辱功过生死沉浮，作为不可或缺的谈资。
万历皇帝朱诩钧对张居正的这次抄家，不但令人震惊，而且极其惨烈。
张居正的儿子们遭到严刑逼供，长子张敬修自缢身亡，其弟张懋修两次自杀未果。
张敬修的妻子高氏求死不得，觉得生无可恋，竟用茶匕戳瞎了自己的眼睛。而活着的张家女眷也被抄家者进行逐一搜身，“至揣及亵衣脐腹以下”，连张居正已经八十多岁的老母亲赵太夫人都未能幸免。
张居正的二儿子张嗣修，四儿子张简修均革去功名荫职，俱发蛮瘴之地。
三儿子张懋修，也就是万历七年的状元，被革去功名及官职原籍闲住。
张懋修之所以没有发配边塞，乃是因为他三次自杀，均被人救下，已成残废。
余下老五张允修、老六张静修，都尚未参加乡试，也被革去秀才功名斥为编氓。
还有常住在江凌掌管大学士府的三弟张居易和四弟张居敬，以及族人张书、张顺等人俱令烟瘴地面充军，
张居正的二弟张居谦也难以幸免，被革去锦衣卫副指挥使职位，连同家人直接从南京白马街柳树巷发配到云南充军。
张居谦到云南充军的地方，就是当时乌蒙府的一个兵营，这个兵营就是乌蒙府的肖家营。
张居谦到肖家营的任务就是为军队做苦役。
大家也会说，不就是为军队做苦役吗？没什么了不起的。
如果你这样想就大错特错了！
在古代，被发配充军的犯人却是最悲惨的。到底有多惨，完全超乎你的想象。
如果用一句话来概括就是：流放充军比杀头更可怕!
这不是危言耸听，根据史料记载对充军的描述是“刑莫惨于此”，很多被发配充军的人宁愿自杀也不愿去充军。
根据《宋史·兵志七》的记载，充军是将犯人投入监狱服刑，然后安排罪犯坐牢之后发配到那里劳动。一般役监会根据罪犯的处罚对象和犯罪情况，将一个距离犯人超过4000里的事故地点，作为他们的去处，最近的地方也有1000多里，那时候即使快马加鞭这么远也够累的，更何况是要去充军，哪有这么好的待遇。
充军还分为终身和永久两种类型。
“终身”指的是被指派到军队服役的人，直到他死去。
“永远”就更可怕了，这种充军不仅必须在军队服役，而且他的儿子在他死后需要被替换，他的孙子在儿子死后需要被替换。被充军到军队中的人往往不让你直接率领军队到前线。首先，你没有军事能力。你怎么能带领军队去战斗呢？第二，你不会被允许作为前锋去杀敌。因为没有专业训练，这样的士兵就不需要了，所以在军队中充军的大部分士兵都是充当民夫的角色。
这些人不需要用武器去战斗，就像后勤人员一样，它听起来不那么危险吗？其实并不是这样。他们需要向前线军营供应物资。由于安全原因，路线崎岖不平。如果你不注意，在悬崖上行走失去生命是很常见的。有时货物被运到兵营，但货物丢失，或更少，虽然它们没事，但是也按军法从事，最终还是死亡。当然，可以用金钱赔偿，但是这些人，在家人被充军时就没收所有钱财了，没有钱，怎么能赔偿呢？
据说，充军刑罚在元朝正式形成，但以前有先例，但都没有得到完善。
到了明代，充军这个处罚制度已经得到了完善。按照明代法律规定，充军只有一种“永远”的形式，即一个家庭成员充军之后，他死后必须找到另一个人取代他。这就导致在明代，许多充军的家庭不得不隐姓埋名，甚至躲在山里，这样朝廷就找不到他们，他们这么做的目的，只是为了避免被捕和被惩罚。
可以看出，古代充军不仅对个人，而且对家庭都有很大的影响。
张居谦被发配充军到云南乌蒙府，结果是整个家庭都沦陷了，毫无疑问地成为了整个家族的噩梦。
在张居谦动身去云南充军之前，他担心张居正的第二个儿子张嗣修被严刑拷打得奄奄一息了，无法到达边疆的苦寒之地，他就利用曾经担任过锦衣卫副指使时所积累的人脉，打通了各层关系，把张嗣修与自己的儿子张滋修作了调换，让张嗣修冒充张滋修到乌蒙府充军，张滋修则代替张嗣修到了边疆苦寒之地充军。
张滋修的命运正如张居谦料想的一样，还没到苦寒之地，就在半途被冻死了。
张嗣修到了云南乌蒙府之后就以张滋修的身份在肖家营服苦役。
张居正被抄家这件事，虽然不会影响历史的车轮滚滚向前，但在经历了风霜洗礼后却能洗刷他的冤魂。天启二年，即1622年，明朝才给张居正平反。