剿灭了伪帝朱由榔和孙可望等反朝廷势力，在孟休城，新任缅莽白以最隆重的仪式接见了朱由崧，并排摆酒宴，载歌载舞，在那里朱由崧美美地享受了一番域外风情.数日之后，朱由崧带着数万大队别了莽白，搬师还国，缅王又亲备礼品相送.
朱由崧表示感谢，然而他的大军刚到云南，就接到了广东来的奏折，这奏折是李自成写来的.
朱由崧折展开一看，不由得拍案而起:”好狡猾的郑芝龙，朕这次非端了你的老巢穴!”
文武众将还不知道是怎么回事，朱由崧把奏折之事向众将说了一遍，众将这才清楚，原来是明军在广东战事不利.郑家叔侄上了郑芝龙的当，被囚于金门岛，李自成没有水师，请旨定夺.
郑鸿逵和郑成功叔侄带着一支人马，讨伐唐王朱聿键，朱聿键主要是得到了大海盗郑芝龙的支持，占据福建和大半个广东，与朝廷对抗，当时由于朱由崧要亲征讨伐李自成和张献忠，才传旨让郑家叔侄为征南大元师和副元帅平定叛乱.把原来的操江水师刘文如派给他们叔侄当副将.
这一仗打了两年多，双方各有胜负.数日之前，朱由崧平定了西南的匪乱，郑鸿逵和郑成功这路人马也打了胜仗，朱由崧坐镇广西时，为了加速唐王的灭亡，派出李自成带兵十万配合郑鸿逵，从侧翼攻击唐王的人马.
李自成实力强大，统兵有方，攻必取，战必克，很快把拿下了整个广东，把唐王和郑芝龙的郑家军赶到了福建.
因李自成连打胜仗，郑鸿逵和郑成功的仗也好打了，在福建北部也是节节胜利，唐王这兵马根本抵不住明军这两路大军的进攻，以郑芝龙为首的郑家军两面受敌，节节败退，一下子被逼到了福建南部沿海一带.
从最强盛的两个省，地盘现在只剩下了漳州，泉州，福州等几地，人马从十几万，现在只剩下不足五万人.面对明军咄咄逼人之势，唐王朱聿键一筹莫展.和太子太保兵部尚书郑芝龙\内阁首黄宗羲等所谓一帮文武臣僚商议对策.
郑芝龙现在也没了脾气，被亲兄弟和亲儿子打得没脾气，主张退往海岛，仗凭他的海上实力与明军周旋.
黄宗羲摇了摇头，现在朱由崧的实力越来越强大，李自成和张献忠都归顺了大明，一个强大的大明帝王呼之欲出了，他建议向东联系鲁王朱以海，另一方面要开辟新的根据地，进驻台湾.如果能占领了台湾，他们就可以凭海上的优势高枕无忧了.海岛靠近大陆，根本避不了多大风浪.
朱聿键也想占领这个地方，但是他知道现在台湾被荷兰人霸占，荷兰有强大的海军，他们这些木船如何对付了荷兰的船坚炮利?
还没商量出个具体可行的战略，福州守将背叛了他们投降了大明，郑鸿逵和郑成功的大军兵不血刃占据了福州，大兵进逼泉州.与此同时，李自成的人马逼近漳州，形势相当危急.
最后郑芝龙一咬牙.想出一个狠招.建议朱聿键假意投降.郑芝龙和李自成张献忠一样，善于用诈降计对付崇祯，今天迫于无奈，又把一招抬出来了.
朱聿键现在是江郎才尽，黄宗羲只是一个空谈误国的书生，文不能治国，武不能统兵，现在全指望着郑芝龙了.因此对郑芝龙言听计从.
朱聿键和郑芝龙等人写了投降书，派人送交郑鸿逵，郑鸿逵和郑成功一看，高兴了，他就等着郑芝龙投降呢，如果真要投降了朝廷，他们还是一家人.
但是事关重大，郑鸿逵不敢擅自作主，就派人向朱由崧行文请示，当时朱由崧正在缅甸大兴兵马，追歼朱由榔和孙可望等人，公文来往很需要一些时间，双方就此休兵罢战，等待朱由崧的旨意裁决.
哪知郑鸿逵和郑成功被老奸巨猾的郑芝龙给耍了，郑鸿逵和郑成功派出给朱由崧行文的人，中途被郑芝龙派人伏击，被搜出了郑鸿逵和郑成功送给朱由崧的请示公文.
郑芝龙和黄宗羲大喜，威逼利诱之下，这些人投降了唐王，唐王也很高兴，按照事先预定之计紧锣密鼓地进行，但郑鸿逵叔侄还蒙在鼓里，在这里按兵不动，一直等待他们陛下朱由崧的消息.
数日之后，朱由崧的批文果然来了，说是准予唐王和郑芝龙投降，让郑鸿逵和郑成功就地接收唐王的兵马，进行改编.唐王和郑芝龙仍然官复原职，其犯罪责一律赦免，既往不咎.
这道旨意当然是伪造的，是出自于大才子黄宗羲之手，他模仿朱由崧的笔迹，也完全符合朱由崧的处世风格，以前他对待李自成和张献忠等判匪的投降归顺都是这么处理的，然后伪造了玉印，什么都做的天衣无缝，很容易地瞒过了郑鸿逵叔侄.
他们叔侄按旨意而行，就放松了对郑芝龙的警惕，以后是一家人了，郑芝龙和郑鸿逵，郑成功还私下去见了几次面，三个一家亲初次见面还抱头痛哭，接下来就打算接收郑芝龙的军队，按朱由崧的意思进行改编.
哪知道这时突然接到老家来的消息，说是郑芝龙的年迈的老母突然重病，郑芝龙当时就哭了，就打算立即回去南安老家看望娘亲，来向郑鸿逵和郑成功辞行.因为尽管是他大哥是父亲，但是现在他是降将.
郑鸿逵和郑成功这两个征南大元帅一听如晴天霹雳，因为郑芝龙的娘亲也是郑鸿逵的娘亲，是郑成功的奶奶，因此二人也要随郑芝龙一同回老家探亲，这下正中郑芝龙的下怀.
简单安排了军中事务，把手下数万人马给了副将刘文召统领，让他进安改编郑芝龙的人马，他们二将仅带着一支亲兵卫队，跟着郑芝龙就离开了军营，一行人快马加鞭直奔南安老家而来.
行至半路，郑鸿逵和郑成功觉得不对了，福建南安老家应该往东南走，郑芝龙却带着他们往西南走.这叔侄二人就表示疑问.郑芝龙告诉他们有些事临时要办，先绕个道.这叔侄也没多想，只好一直跟着走，郑芝龙把他们叔侄骗到一荒野劝他们投降唐王，共图大事，二人一听就急了，一家三口再次反脸.这时伏兵四起，叔侄二人这才知道上了大哥(父亲)的奸当.
一场混战，郑鸿逵和郑成功被擒，郑芝龙也没舍得杀他们叔侄，毕竟是亲骨肉，但是狠狠抽了他们俩一顿鞭子，然后把他们囚于金门岛.接下来的一场蓄谋之战，两路明军大败，郑鸿逵和郑成功的这路人马几乎全军覆没，副将刘文召被杀，李自成的人马也中了郑芝龙的烟幕弹，损失了上万人马.又丢了大片地盘，后退一百多里.
后来李自成收集了郑鸿逵和郑成功的残部，二次进攻郑芝龙，一面加紧向朱由崧行文，这次朱由崧接到真实的奏报了，恼怒之余，亲率十万大军奔广东而来^