朱由崧的两路大军仅一个月就拿下了整个山东和河南的大部分地区，直接威胁到满清的都城北京和潼关之战，睿亲王多尔衮闻报大惊失色。
多尔衮显然意识到自己此前用兵误判了当时的形势，认为大明江山名存实亡，只注重攻灭李自成的大顺军，对苟延残喘的南明政权不屑一顾，曾经把他们诬蔑为伪帝。
不成想，此朱由崧早已非彼朱由崧了，现在的南明跟历史上那个南明也不可同日而语了，内部党争、东林乱政、四镇拥兵自重等这些致命问题已经得到妥善解决了。朱由崧抓住时机果断出兵，收复失地，一鸣惊人。
多尔衮在北京坐不住了，立即让多铎回兵东征，迎击朱由崧的人马。
豫亲王多铎得令后，率孔有德、耿仲明等明朝降将，杂牌八旗共八万大军出虎牢关，由龙门、南阳和怀庆等地兵分三路往归德方向杀来。
多尔衮知道多铎能征惯战，但仍然不放心，把本打算运往潼关战场的四十门红衣大炮分出一半给了多铎，让他务必拿下河南和山东，继而南下平定江南。这边潼关大战结束后，阿济格部将从秦晋之地南下，两路大军可以让南明首尾难顾。
但是多铎这一撤兵，带走了八万满精锐，虽然是杂牌八旗，但战斗力很强，估计也只有明末的三大军能与之一争高下，另外中途还拉走了运往潼关攻坚的二十门红衣大炮，这无疑减轻了潼关大战李自成的压力，从客观帮了大顺军的大忙。
历史上李自成与满清八旗在潼关展开大战，清军分两路进攻潼关，一路是英亲王阿济格率吴三桂、尚可喜、鳌拜等十万人马由陕西榆林南下，从北面进攻潼关，另一路大军则是豫亲王多铎率孔有德、耿仲明等八万精锐从沁阳、孟县西进，两路大军共十八万人马与李自成在潼关决战，双方互有胜负，攻不下坚城，后来清军将红衣大炮运来才攻破潼关，李自成兵败退往陕西，后南下武汉，在湖北九宫山遇难。
但是现在的潼关大战，清军的力量一下减少了八万人马和二十门的红衣大炮，兵力和火力双双减半，只剩下北部的阿济部一路大军与李自成的人马在潼关鏖战，这就不是原来的历史走向了，刚好反过来了，结果李自成胜，阿济格败。
不是阿济格无能，也是不吴三桂和鳌拜不够威猛，只能说这位杰出的农民起义领袖善于用兵，这一路尽吃败仗的李自成长经验教训了，他知道如果荒野决战，摆开战场，冲锋陷阵，双方兵力相当的情况下，他的大顺军决不是满清八旗的对手，这已经是经过多次血腥验证的真理了。
因此，他命令部属守坚险城不准出战，消磨敌人的锐气。就跟当年李世民在浅水原跟薛家父子大战一样，坚壁其垒，消磨敌人，相机而出，一战成功。
潼关要塞易守难攻，可称得上一夫当关万夫莫开，少了多铎的八万人马和一半的重炮火力，因此满清八旗久攻不下这座险关。
到了顺治二年元月中旬，也就是历史上李自成在潼关兵败的时候，李自成看到敌人锐气消尽，精神麻痹，认为他已经被吓破胆了绝不敢出战，只敢守城当缩减乌龟，突然组织反扑。
这天深夜，寒风呼号，夜黑得伸手不见五指。潼关突然城门大开，李自成率领麾下猛将刘宗敏、李过、郝摇旗、刘芳亮、高一攻、高桂英等几万大军倾巢而出，像洪水决闸一样冲出潼关，杀向鞑子的连营。
营中到处都是火光，喊杀声连天，阿济格从梦中惊醒，亲兵帮他披挂整齐上马之后，手提大刀的李自成飞马便冲过来了，阿济格也没把李自成放在眼里，摧马来战，闯王刀名不虚传，只三合，这位嚣张不可一世的英亲王阿济格便招架不住败阵而逃。
李自成挥大刀在后就追，夫人高桂英也是能征惯战的巾帼英雄，带着惠英、惠梅等女营将士和孩儿兵紧随闯王左右，如下山之虎无人能挡。
眼看阿济格要被李自成追上斩于马下的时候，斜刺里冲来一支人马，为首两员大将，一个是吴三桂，一个是鳌拜，吴三桂截住李自成厮杀起来，这位大清第一勇士的鳌拜则护着阿济格逃之夭夭。
吴三桂跟李自成是死仇，本来他是打算投降李自成的，但是李自成的部下抢了他的女人陈圆圆，又杀了他一家三十多口，仇人相见分外眼红，吴三桂把大刀舞得像云片一样斩向李自成。
李自成虽然骁勇，但分跟谁比，吴三桂的武艺可不吃素，深得他舅舅祖大寿的真传，刀马娴熟，杀法骁勇，因此二人杀了个棋逢对手，难解难分。
这时夫人高桂英带着女营兵和孩儿兵赶到，合力才杀退了吴三桂。
李自成继续追赶，一口气追出五十余里，方才收住军队。
阿济格的十万大军损失怪重，连二十门红衣大炮给李自成仍下了，败出一百多里收住阵脚，再清点人数，十万人马损大半，连受伤的算上仅剩下三万多人。
阿济格不服气，生平未有此败，和吴三桂、鳌拜整顿兵马，打算再战潼关，但这时，摄政王多尔衮命令他率部退出陕西，收缩兵锋，守住吕梁山一带，没有命令，不得西进。
因为多尔衮调整了战略部署，目前大明虽然剩下半壁江山，但仍是他的主要对手，因此他决定西线对李自成坚壁其垒，重点南下，先扫灭大明的残余势力再说。
李自成潼关大捷后也没有东进，因这一路他都在吃败仗，就搬回这一局，兵员伤亡逃跑等因素，减员厉害，大将刘宗敏又负伤了，军马极需整顿，兵员极需补充，因此他命大将刘芳亮带兵一万守住潼关，李自成带剩下的六万人马回兵陕西，苟延残喘。
现在豫亲王多铎率八万大军正在河南怀庆、南阳等地跟陈潜夫作战，忽然闻报，左良玉暴毙，其子左梦庚愿意率四十多万大军投降，多铎大喜过望，请示过他的兄长多尔衮之后，立即派固山贝子博洛和尼堪带五千清军赴从南阳下九江督左梦庚进攻湖口的朱由崧。