同刚果的关系
1997年，乌曾支持洛朗卡比拉推翻前扎伊尔蒙博托政权，乌同刚果（金）关系一度十分密切。后来乌指责卡庇护乌反政府武装，两国关系恶化。1998年8月，乌支持刚反对派与政府开战，并直接出兵参战。1999年7、8月间，刚冲突各方签署卢萨卡停火协议后，刚问题转入政治解决阶段。2001年10月，乌开始撤出驻刚军队，并于2002年9月恢复与刚的外交关系。2003年2月，穆塞韦尼总统和刚总统约瑟夫卡比拉会晤，决定增设伊图里和平委员会，以便在乌从该地区撤军后维护该地区和平与安全。4月，乌、刚和卢旺达总统在南非首都比勒陀利亚举行刚果（金）和平进程地区峰会。5月，乌完成从刚全部撤军。10月，刚地区合作部长访乌，双方决定实现关系正常化，互派大使，并承诺加强安全合作，不准对方的反政府武装在各自领土上活动。11月，两国总统同意就刚指控乌对其进行武装入侵而上诉国际法院案达成庭外和解。2004年5月，两国民航局签署谅解备忘录，决定恢复自1998年以来中断的商业航班。2006年4月，刚果（金）指责乌驻刚果（金）大使曾参与掠夺刚东部资源，乌随即召回驻刚果（金）大使，拟新派的大使则未得到刚认可，而刚也不愿向乌派出大使。2007年3月以来，乌多次要求刚果（金）对清剿其境内的乌反政府武装予以配合。9月，两国总统在坦桑尼亚进行会谈，签署涉及双边安全、外交和经济合作等领域的多个协议，同意尽快恢复两国大使级外交关系。12月，两国外长签署联合公报，决定全面恢复外交关系。2008年12月至2009年3月，乌干达、刚果（金）和苏丹三方对盘踞在刚果（金）贾兰巴公园的上帝抵抗军予以毁灭性打击，科尼率残部逃窜至中非共和国。2009年3月，穆塞韦尼总统和卡比拉总统在乌刚边境会晤。8月，两国互派大使，双边关系全面恢复。2011年2月，乌、刚果（金）国防部长、联合国驻刚果（金）特派团代表在乌举行为期三天的防务与安全会议。刚果（金）和联合国同意继续跨境打击上帝抵抗军和联合民主阵线叛军。2012年，刚果（金）东部局势再度紧张，乌参与斡旋，推动叛军与刚政府和谈。2017年12月，乌打击盘踞在刚果（金）东部的乌反政府武装民主同盟军，乌方表示打击行动事先经过两国政府高层沟通协调。2018年7月，乌刚两国军队因“非法捕鱼”在爱德华湖上发生冲突，造成乌4名士兵死亡、30名渔民死亡或失踪。
同肯尼亚和坦桑尼亚关系
乌与肯尼亚、坦桑尼亚关系良好，肯蒙巴萨港和坦达累斯萨拉姆港是乌货物主要进出口港。肯是乌最大贸易伙伴和主要投资来源地之一。三国是东非共同体创始国，并在此基础上于2005年建立关税同盟，2010年建立共同市场，并计划最终建立东非联邦。乌肯正在探讨携手打造连接坎帕拉、内罗毕、蒙巴萨等两国重要城市的东非铁路网北部走廊，乌坦已就建设从乌干达阿尔伯特湖区油田至坦桑尼亚坦噶港的外输石油管线达成共识。2017年2月，穆塞韦尼对坦进行国事访问；11月，赴肯出席肯雅塔总统就职仪式。
同卢旺达关系
1994年乌支持卢旺达爱国阵线夺取卢政权后，乌卢关系十分密切。1997年两国共同支持洛朗卡比拉推翻蒙博托政权，1998年又联合支持刚果（金）反政府武装并出兵刚。但1999年8月后，双方在刚问题上分歧加剧，两国军队曾3次在刚东部发生冲突，致使关系恶化。2001年11月以来，双边关系趋缓。2003年9月，乌总统穆塞韦尼出席卢总统卡加梅的就职典礼。2004年1月，两国总统在伦敦会晤。2月，乌内务部长访卢，同卢方举行第二届两国政府间联合委员会会议。2005年9月29日，两国就遣返在乌的多名卢难民进行了商谈。两国关系基本平稳。2011年12月22日至26日，卢总统卡加梅访乌，其间与穆塞韦尼总统共同出席了欧盟援助的乌卢两国边境公路开工仪式。2012年1月25日至27日，卡加梅对乌进行国事访问，其间乌、卢举行两国联合常设委员会第十次会议。12月，穆塞韦尼总统访问卢旺达并出席卢爱国阵线成立25周年庆典活动。2018年3月卢总统卡加梅访乌期间，双方否认乌卢关系紧张，同意加强在情报安全及基础设施等发展领域的沟通。
同布隆迪的关系
双方关系良好。1993年至2003年，乌干达参与斡旋布隆迪国内和平谈判。布隆迪是乌干达商品主要出口市场之一。两国均系非盟驻索马里特派团出兵国。2015年以来，布隆迪各党派围绕总统恩库伦齐扎“第三任期”问题激烈博弈。穆塞韦尼总统被东共体任命为布隆迪问题调停人，多次赴布斡旋，但未取得实质性进展。乌认为东共体应在布问题上加强协调，坚持协商对话、政治解决。但一旦布局势持续恶化，应考虑向布派遣维和军队。
同其他非洲国家的关系
2000年，穆塞韦尼总统出席了在开罗举行的首届非洲－欧盟首脑会议（4月）、在洛美举行的第36届非统首脑会议（7月）、在阿鲁沙举行的布隆迪和平会议（3月）、在阿鲁沙（7月）和内罗毕（9月）召开的布隆迪和平进程地区首脑会议（9月）。穆塞韦尼总统访问了利比亚（8月和11月）、尼日利亚（9月）、莫桑比克（11月）。布隆迪总统布约亚（1月、3月和9月）、吉布提总统古莱德（7月）、南非前总统曼德拉（10月）、刚果（布）总统萨苏恩古索（11月）访问了乌干达。