虽然内塔尼亚胡被视为是奥斯陆协议的坚定反对者，他仍然决定从希伯伦撤军，并且签下怀伊备忘录（wye River memorandum），给予巴勒斯坦民族权力机构更大的自治权力。在内塔尼亚胡任内巴勒斯坦团体对以色列平民的袭击活动大为减少，然而他的联合政府仍然在1999年垮台。在1999年选举中工党的埃胡德·巴拉克以大幅票数差距击败内塔尼亚胡而继任总理。
以黎冲突
巴拉克在2000年决定单边从黎巴嫩撤军，这次撤军也是为了阻挠zhenzhu党对以色列的攻击，迫使他们不得不跨越以色列边界才能发动攻击。巴拉克和亚西尔·阿拉法特曾在美国总统比尔·克林顿的斡旋下于2000年在大卫营协商，然而协商最后失败了，亚西尔·阿拉法特提出的条件是一个由73%西岸地区和100%加沙地带组成的巴勒斯坦国家，并且在10至25年时间内将西岸地区的巴勒斯坦领域扩展至90%（排除耶路撒冷郊区则是94%），但巴拉克拒绝这个提议。
在谈判破裂后，巴勒斯坦开始第二次的暴动，被称为阿克萨群众起义，开始的时间就发生在以色列反对派领袖阿里埃勒·沙龙访问耶路撒冷圣殿山之后不久。协商的失败以及新战争的爆发使得许多以色列人对巴拉克政府感到失望，并且也使和平协议的支持度大减。
在一场总理的特别选举后，沙龙在2001年3月成为新总理，稍后又在2003年的选举中成功连任。然而，鹰派的沙龙政府开始从加沙地带单边撤军，这次撤军在2005年8月至9月间实行完成，沙龙的决定遭到党内的强烈不满，他其后退出利库德集团，另组前进党，并提前大选。内塔尼亚胡其后重夺党的领导权。
以色列也在西岸地区建立围墙，表面的目的是为了保护以色列免遭武装巴勒斯坦团体的攻击。事实上长达681公里的围墙及其缓冲地区侵占9.5%的西岸地区面积，使得巴勒斯坦居民的经济状况遭遇困难。围墙的建立遭致国际间的许多批评，也遭到一些以色列极左派的批评，不过，围墙的确减少对以色列的恐怖攻击事件，也压迫巴勒斯坦的土地与平民。。
在沙龙严重中风之后，总理权力转移给艾胡德·奥尔默特。在2006年4月14日，在前进党赢得大选后，奥尔默特当选为以色列总理。奥尔默特的前进党也在2006年的选举中赢得第一大党席位。
在2006年6月28日，哈马斯的民兵部队从加沙地带挖地道潜入以色列境内攻击以色列国防军的据点，俘虏一名以色列士兵并且杀害其他两名。以色列以此为借口展开报复性的夏雨行动，大量轰炸黎巴嫩唯一的国际机场贝鲁特－拉菲克·哈里里国际机场以及其他桥梁、道路、以及发电站等民用设施，以色列也派军占领此地区，并称此行动与伊斯兰份子无关。
2006年6月13日爆发的以黎冲突发生在以色列北部和黎巴嫩地区，主要是介于zhenzhu党和以色列之间的冲突。冲突始于zhenzhu党之前在一次跨越边界的军事行动中杀害八名以色列士兵并且俘虏其他两名，以色列以此认为黎巴嫩政府必须对这次攻击负起责任，因此从海上和空中对黎巴嫩展开轰炸，并且进军黎巴嫩南部。zhenzhu党继续使用火箭攻击以色列北部，并且以游击队的打带跑战术袭击以色列军队。最后以色列在2006年8月14日达成一则停火令。这场冲突导致一千名黎巴嫩平民、440名zhenzhu党民兵、以及119名以色列士兵丧生，也对黎巴嫩城市的基础建设造成庞大损害。
2008年12月19日，哈马斯与以色列签署的停火协议到期，哈马斯向以色列境内发射大约百枚huojiandan和迫击弹，以色列发动反击，从12月27日开始对加沙地带实行空中军事攻势，造成至少228人死亡和约780人受伤，加沙战争爆发。2009年1月3日，以军开始从地面军事行动。此外，以军在攻击中使用被联合国禁止的白磷弹，并因此遭到各方相当的抗议，以军才在2010年2月1日承认曾使用白磷弹。经过连续20多天对加沙的进攻后，以色列总理奥尔默特17日晚宣布，以军将于当地时间18日凌晨2时开始在加沙地带实施单边停火。据悉，以国防军已经得到命令，在实施单边停火期间，将仅对针对以方城镇的huojiandan袭击和针对以军的攻击火力进行还击。以军强调说，将对敌方任何攻击行为予以强力回应。哈马斯一名发言人当晚表示，哈马斯将继续抵抗，直到以军撤出加沙。他说，以色列应该“停止侵略并完全撤出加沙，开放口岸，解除封锁”。
以色列自向加沙地带发动大规模地面进攻以来，已造成超过913名巴勒斯坦人死亡，超过5300人受伤。相较下，以色列方面只有13人死亡，120受伤。埃及方面一直努力调解以色列和哈马斯实现停火，并提出三点停火倡议，包括巴以双方立刻实现一定期限的停火，然后开始长期停火条件谈判。
内塔尼亚胡执政
2009年以色列国会选举，内塔尼亚胡领导的利库德集团及其他右翼宗教政党取得多数，组建联合政府，内塔尼亚胡再次出任总理。
防务之柱行动和2014年以巴冲突