正在这时候，兵科给事中郝絅上疏攻劾吏部文选郎中吴昌时，而且矛头直指首辅周延儒，说吴昌时“窃权附势，纳贿行私，为周延儒干子。内阁票拟事关机密，而昌时事事先知”，说周延儒“多欲则不刚直，有用而无体，智足以掩过而忠不足以谋国”，是“天下之罪人”。
紧接着，一批御史、给事中纷纷论劾吴昌时和周延儒，御史蒋拱宸还揭发吴昌时勾结内监，直接在皇帝身边做手脚。
而吴昌时是复社的第一号政治活动家，极善于钻营，当初周延儒再次出山全是靠他一手操办，在京中宫里宫外关系又极多，自然是周延儒的头号心腹。但他在周延儒再次出任首辅一年多之后，仍然只是一个没有实权的礼部仪制司主事，心中颇为不平。直到崇祯十六年三月，在周延儒和东林党一派的吏部尚书郑三俊的联合支持下，吴昌时才调任吏部文选主事，代理郎中事，掌握了文官铨选的大权。
一朝权在手，吴昌时不由得意忘形起来，在京都的官场上频繁活动，徇私受贿，一面为朋友同党安排好职位，一面对结过夙仇的人痛下恨手。
在吴昌时代理文选郎中的当月，正值例行的科道外转，就是在给事中和御史中挑出几个人出京作地方官。科道出京照例是要升官的，但通常还是被认为是很吃亏的事，因为给事、御史不但在京中颇有势力，而且随时可能升为京卿，前程无量，而一入外官之流，远离朝廷，前途就十分暗淡了。
何况此时正是天下多事之秋。外转为地方官，天知道会落个什么下场。因此科道们全都不想被外转出去。按惯例，每次科道外转都是给事中一人，御史两人，但这一次吴昌时偏要杀一杀言官们的威风，一下子外转了四个给事中和六个御史。大多数言官为此相当愤慨，但当时吴昌时的后台太硬，只得隐忍。
可是随着周延儒的失宠和郑三俊去职，陈演等人又正在煽动一起摧毁周延儒在朝势力的风潮，言官们的积怨终于爆发出来。再加上吴昌时平日招摇太甚。得罪的人很多，才有了这次对他的集中攻讦。
明朝的官僚向来彼此撕咬不休，但许多人共同攻击一个郎中级的小臣的事件却极为少见。崇祯皇帝正在邪火上撞的时候，见到劾书上有同首辅勾结操纵朝政、与宦官暗通声气及泄露机密等重大内容，立即对这宗案件表现出病态的关注。
在这时候。崇祯皇帝还收拾不了躲在通州大营的首辅周延儒，那就先收拾周延儒的首号爪牙——吴昌时吧！
崇祯皇帝执政从来就有一个保守机密、慎之又慎的原则。最忌讳宫中与外间。内阁与部僚互通消息。平日里有关重大事宜的本章发往内阁，他都是亲自密封在黄绢小匣中，亲笔在封条上写好“某日某时送阁”；内阁票拟之后，原本章连同票签再放在原来的小匣里，由阁臣密封“某日某时某臣等谨封”，再由他亲自启封。
这一套繁琐的办法。就是怕内臣或是中书一类办事人员有意无意了解了机密，泄露出去。而这个胆大妄为的吴昌时竟然既勾通内阁又勾通太监，觊觎大密，暗操朝政。这还了得？
为了不让手眼通天的吴昌时得到消息，他没有把攻击吴昌时的劾疏发往内阁，因为怕内官见了也会走露风声，劾疏就一直装在自己的袖子里，趁着身边没人才亲自批旨：立即将吴昌时除名，听候审判。
崇祯皇帝在处理吴昌时案时表现出的极度小心谨慎，实在有点疑神疑鬼，小题大做。但他自己却真是很郑重其事的。他平时亲自批的御旨，字都是真草相间，唯独这一次批旨全用楷书，无形中也反映出他当时的心态。
皇帝如此郑重，这样如临大敌，吴昌时要想躲过这场灾难已经不可能了。四月，崇祯皇帝再次在中左门平台上升堂断案，亲自审讯吴昌时。
这次审讯一派杀气腾腾，内阁、五府、六部大臣以及京卿、科道官员全部被召入，崇祯皇帝身着素服角带，更是一副要杀人的气势，太子和定王也随侍在身旁。
在此之前，锦衣卫密探已经向皇帝报告了周延儒与吴昌时狼狈为奸、纳贿营私的种种劣迹，围在崇祯皇帝身边的大太监们也摸准了他的脉，用真真假假的“事实”向周延儒大泼脏水，因此他在心里早已拿定了主意，审讯不过是为了耍耍威风，出出恶气。
没想到，吴昌时却是个硬骨头，对于所有指控一一辩解。崇祯皇帝特别痛恨吴昌时罪款中的“通内”，因为宦官内臣是他自己的家奴，却被朝臣中的小人利用，实在是情理难容。但吴昌时却说：“祖宗之法，交结内侍者斩。此法最为森严，臣虽不才，哪里敢触犯？”
崇祯皇帝喊来揭发吴昌时通内的御史蒋拱宸，要他当面对质。谁知蒋拱宸已经被周围的气氛和吴昌时的强硬态度吓破了胆，伏在地上浑身哆嗦，一句话也说不出来。崇祯皇帝被气得几乎也要发抖，只能大骂吴昌时欺瞒狡辩。吴昌时仍是不屈不挠，说：“如果皇上一定要以通内之罪坐臣，臣怎敢违抗圣意？处罚自当由臣承受，但要违心屈招，臣实不能。”
气昏了头的崇祯皇帝命宦官对吴昌时用刑。阁臣蒋德暻、魏藻德抗议道：“朝廷殿陛之间，向来没有用刑的先例。请将吴昌时发送法司审问。”
可崇祯皇帝却说：“这样的奸党，神通广大，若离开此地，谁还敢按法律对他勘问？”
两个阁臣仍然说：“在殿陛用刑，实为三百年来未有之事！”
可崇祯皇帝恨恨地说：“吴昌时这厮也是三百年来未有之人！”
于是阁臣无话可说，只能看着太监们在堂皇的丹陛上动刑。吴昌时被上了夹棍猛敲，不多时两条腿就都被夹断，人也昏死过去。朝廷中的文武大臣们从来没见过这样的场面，一个个面如死灰。
而崇祯皇帝发泄了一通，也觉得颇为无趣，这才收场。之后，他又命锦衣卫迅速派人到通州大营和吴甡的家乡，将周延儒和吴甡提解到京，听候发落。周延儒是在吴昌时案中受到牵连的，提解进京还勉强说得通，吴甡同此案毫无关系，也被提解，那理由就只有崇祯皇帝自己知道了。可是因为清军还在关内，全城戒严，提解的锦衣卫一时三刻内不能出京。
而吴昌时被人抬到诏狱中，后来又多次受刑，始终没有招供。为了泄愤，崇祯皇帝就下令把吴昌时连同范志完、赵光汴等人一起处决了。
这件事不仅证明了，小人中也有“坚贞不屈”的硬骨头，也让众勋贵心中戚戚，崇祯皇帝已经变得喜怒无常，所以在这敏感时期，还是谨言慎行为妙。
沉默了一会儿，就有位侯爷就问薛濂和吴惟忠道：“薛侯！吴侯！你们家长敬什么时候带兵来勤王？”
薛濂立刻闭紧了嘴，因为这个问题很难回答，怎样回答都不好。
而吴惟忠则沉吟了一下，接着犹犹豫豫地说道：“本侯那十四子现在汝宁，正与民匪和鞑子作战，应该无力顾及京城。而那西北李贼已成气候，依本侯之见，还是先让皇上赴南京巡视一番吧。”
而吴惟忠提出的就是迁都江南，这也是现在的崇祯皇帝最想要做出的一个决策。
在明朝建国的时候本来建都在南京，后来成祖靖难成功，却不愿离开自己的老根据地北平（就是北京），所以在政权稳定之后仍然回到北方，以北平为北京，但在很长时间里北京在名义上只是陪都，称为“行在”，正式的首都还是南京。
直到宣德年间，南北两京的地位才巅倒过来，北京成为了正式的京师，而南京反而成了陪都。但由于历史的原因，陪都南京一直保留着皇宫和一整套政府班子，有五府、六部、和各院、寺、科、司，甚至宦官的二十四衙门都一应俱全。各部门的长官和属员在名义上同北京各官是平级的，只是没有实权，管辖范围仅限于南直隶地区。
明朝在南京保持一套虚拟的政府班子，本来也有预防突然事变的意思。此时北方大部分地区频遭兵燹，已经残破得几乎无法收拾，而长江以南却还基本上保持着比较稳定的局面，因而迁都南京确实是暂时躲避危险，再从长计议的最佳策略。
这里面的道理，就连从来不过问政事的周皇后都很明白。据说一次见到崇祯皇帝为国事危急闷闷不乐，她就提起过：“我们在南京还有一个家。”
其实崇祯皇帝自己对于这个道理更清楚，而且早在崇祯十四五年间就已经与首辅周延儒秘密商议过南迁的问题。(未完待续请搜索，小说更好更新更快!