现在的莱州城内，防御的明军和青壮已经达到了二万多人。而徐从治、谢琏两位巡抚、再加上莱州知府朱万年、总兵杨御蕃这四位官员分别主持把守一座城门，使得城内的士气是相当的高昂。
而且莱州知府朱万年的准备工作又是做的是相当到位，城内粮草、军械和守城物资充足，面对着城外的三万多叛军，在一般人眼里，应该说守城是绰绰有余了吧。
其实不然。与固若金汤的登州城不同的是，莱州城所处的地势并不十分险要。而且莱州城是在万历二十六年才重建的新城，它的城墙高三丈五尺，基厚两丈四，有城门四座。城下为护城河，深两丈，宽四丈。
也是因为有孙元化这个火器专家的指导，莱州城的建造参照了西洋筑城法，筑有炮台。而且作为辽东的另一个后勤基地，城中的粮草、兵器充足。
但是不足的是重型火器较少，大多是明朝自产的轻型火炮，而且懂得操作火炮的士兵也不多。相比较而言，城外叛军的炮兵在叛乱前都曾经接受过葡萄牙军官的训练，炮打的得特别精准。尤其对于静止的目标，轰击城墙的垛口，就如同打靶一般的轻松。
而为了攻打莱州城，叛军调来了几乎所有的红夷大炮，从四面向莱州城轰击。这火炮的威力是如此的强大，打得站在莱州城上的明军几乎抬不起头来。
深知火炮威力的叛军以为城内的明军应该已经丧失了守城的勇气了，因此，他们开始填埋护城河，准备运上攻城器械。
可是没想到的是，当那些填埋护城河的叛军刚靠近城墙以后，看起来空无一人的城墙上，总是会出现大量的明军。在明军的火铳和弓箭的射击下，造成了叛军大量的伤亡。而这么几次三番下来，叛军也明白了自己轻视了莱州城内守军的意志力。
于是首战小挫的叛军休整了一下。他们分兵一部攻克平度后再回师攻打莱州。而在平度的抢掠，让整个叛军的士气也为之一振。而更令人奇怪的是，叛军攻城的人数，也越打越多起来。见到叛军势大，附近的土匪、流民等都纷纷来投。叛军攻城的人数很快超过了四万人，向着五万的数字逼进了。
叛军还总结了首次攻城不利的原因。他们决定集中火力，把所有的炮火主攻城的东北角。而在炮火的掩护下，叛军不断的挖地道，想以此攻入城中。
对此，城中的守军也对症下药。在城中沿着城墙，每隔一段距离埋设了大缸，让盲人从中听出地道的方向后，守军向地道里灌水，淹死了敌兵。谁说盲人在打仗中没有用的啊？
但是叛军根本不气馁。叛军再次派兵在城边挖地道，挖成大洞后，用棺材装满火药置入其中，击发引火，爆炸后城墙被炸塌了数丈。
可当叛军从城墙缺口处蜂拥而入时，早有准备的守军向涌入的叛军泼下沸油，再扔下火把，冲天烈焰下叛军死者枕籍。而徐从治等再命人投下早已准备好的沙袋，堵塞缺口。
而莱州城的守军并不是只会被动挨打，守军打得也极为机动灵活，在夜里，徐从治等又派出敢死队悄悄出城，从几个方向出击，击毁叛军的多座火炮，并颇有斩获。
而就在这个时候，从京营赶到的神机营参将彭有谟没有象他的同僚一样在青州畏敌不前。他带着三百多名神机营官兵，趁着夜黑，果断顺着城外叛军包围圈的缝隙，冲进了莱州城内。
这样一支首支到来的援军，使得城内是士气大振。更为重要的是，彭有谟带来的都是神机营的火器专家。他们加强改进了火炮的技术，提升了守军的操炮水平。于是城内的炮火也逐渐地把叛军的炮火压制了下来。
之后在叛军的一次趁夜偷袭中，参将彭有谟又率兵连续打退了叛军的三次进攻，莱州军民称其作为是有“再造之功”。这胜负的天平首次向莱州城内的明军倾斜了过来。
而就在莱州城内军民血战的时候，朝堂上剿抚两派官员的口水仗也越演越烈。
而当时被俘的孙元化曾经对孔有德等叛将晓以利害，明以大义。面对着孙元化的规劝，孔有德表示出了回心转意，请求招安的态度来。
这时候的崇祯皇帝还是倾向于招安的。因为当时明朝各处民变，关外又有后金军围困大凌河城。整个朝廷是处处用钱，兵力也是捉襟见肘。如果能够招安，那么起码可以缓解眼前的困局。
再加上以首辅周延儒为首的这派官员，为了保住自己的官位，也为了救援下孙元化这些亲信，他们也竭力主张对叛军招安。到底首辅的官位大，所以在朝堂上，招抚的意见就这么占了上风。因此，朝廷也同意孙元化带罪招抚。
但是接下来，不可思议的一幕又发生了。山东巡按王道纯竟然私自藏匿了诏书，叛军以长时间求招安不得为理由复乱。
而孙元化苦口婆心地再一次说服叛军，让他回朝陈明真相。可当孙元化返京之际，王道纯派军袭击叛军，致使叛军攻打莱州，乱事扩大。
在后来的历史上，有些历史学者就指出了：如果不是王道纯的擅自行动。可能孙元化的招安会取得成功。这局面也不会达到后面那种不可收拾的局面。
在他们看来，孔有德这些叛军的叛乱好象有很大程度上应该怪罪于王道纯的背信弃义上。而孙元化后面的死，也是完全是被冤枉的。
从表面上看起来，这些历史学者的话好象有些道理。可看看王道纯奏章上疏言吧。
““贼日以抚愚我，一抚而六城陷，再抚而登州亡，三抚而黄县失，今四抚而莱州被围。我军屡挫，安能复战？乞速发大军，拯此危土。”
对于已经把背信弃义当成了家常便饭的叛军，王道纯有什么理由相信他们接受招抚的诺言呢？
以笔者看来，孔有德他们要求朝廷的招抚，最大的可能性也就是缓兵之计。等到叛军准备完备以后，他们肯定会再次叛乱的。这野心家的野心已经起来了，还妄想着他们再把自己的野心收敛起来吗？
可是话反过来说，王道纯那种违抗朝廷政令，私自藏匿了诏书的举动也是该大加鞭挞的。王道纯个人的做法无论是如何正确，也不应该违抗朝廷的政令。这也就是现代的“保留个人意见，但坚决服从组织”这话的意思。
要知道，可能在某件事上，真理确实是在个人的少数人这一边。可在绝大多数的情况下，处在底下的官员的视角是狭隘的，他认为正确的事也是在局部方面的。而朝廷考虑问题往往是从全局考虑的。局部正确的事，可能在全局就是错误的事。而这种情况是经常发生的。
如果都随着底下个人的意见乱来，那么怎么样保障朝廷的政令畅通呢？所以从这件事就可以看出来，当时明朝的政令传达和执行是如何的混乱啊！
所以这么一来，孙元化和王道纯的奏章，就使得整个朝堂的争论是混乱不堪。
主张招抚的官员就说：是王道纯他们这些违抗朝廷政令官员的举动，导致招抚叛军的不成功。只要派出合适的官员再次招抚，应该能够取得招抚的成功的。
而主张围剿的官员就说：叛军两次三番屡抚屡反，显示出了叛军的狼子野心。因此，应该放弃招抚叛军的幻想，调集大军，把处在明朝内地心腹的叛军剿灭干净。
但是由于周延儒的首要政敌温体仁还是保持着沉默，那些主张围剿的官员就因为群龙无首，得不到很好的组织。因此，在统一了思想的主张招抚的官员的众口一词之下，崇祯皇帝再次倾向了招抚，派出了招抚叛军的官员。
这时朝廷就派出辽籍文官中官衔最高的张国臣前往招抚，而张国臣又一次受到了叛军诈降的蛊惑，他命令莱州城中的军民和各路援军不许擅自出战，以免破坏抚局。