佩涅洛珀和韩鹏之前是偷偷跑出来的，虽然有波莫娜教授的授权。
但是现在学校已经被反对邓布利多的一派掌权，连海格都已经被要求禁足在小屋。亲邓派的波莫娜现在说的话也是人微言轻。
唯一还能在高层中说上话的也就是副校长麦格夫人了。不过她为了暗中保护更多的亲邓派，选择了表面上的服从和隐忍。
所以韩鹏和佩涅洛珀选择隐身后偷偷潜入草药实验室。
波莫娜教授这边看到两人提供的卵后非常满意。马上开始调制。她目光落在了摆满材料的柜子上。快速扫视了一眼，她准确地取出了需要的材料：一颗纯净的独角兽角，一罐珍稀的麦格乌斯鹰眼，一小块深海捕获的魔鳞，一个刚刚从八眼巨蛛那里取下来的卵，和一株生机勃勃的曼德拉草。
首先，独角兽角被经验丰富的波莫娜教授精心研磨成粉末。接着，她细心地用魔法量杯测量麦格乌斯鹰眼的重量，并用金制研磨棒轻轻搅拌之后与角粉末混合。不久，一个金色的液体在烧瓶中开始形成，并在光线下闪烁着诱人的光芒。
此刻，她取出那个闪着黑色光泽的蜘蛛卵，仔细剥开外壳，将卵黄轻轻倾倒入烧瓶。倒入的瞬间，液体的颜色立刻变得更加深沉，暗金色的液体流淌出一种神秘而强大的魔法气息。
然后，最需要技巧的步骤开始了。她拿起一株绿色的曼德拉草，细心地从根部到顶端剥下几片叶子。这需要极其精细的手法，因为曼德拉草很容易受到惊吓，过度惊吓后的草药效大打折扣。
曼德拉草的叶片落入药液，立刻在药液中解开，将药液染成一种深蓝色的颜色。最后，教授施放魔法，将魔鳞化为细粉，均匀地撒在药液上，深蓝色的药液在瓶中沉静地跳动。
波莫娜教授手持试管，将药剂缓缓滴入其中。药剂与石化样本接触的瞬间，试管内的气氛仿佛凝固了一般。
随着药剂的渗透，石化样本表面开始出现微小的裂纹，仿佛是生命的律动重新注入其中。波莫娜教授眼中闪过一丝惊喜，但她并不放松警惕，因为这只是第一步。
接下来，她轻轻摇晃着试管，让药剂充分与石化样本接触，促进解药的渗透。试管内的液体开始呈现出微妙的变化，颜色渐渐变淡，散发着一股清新的气息。
时间慢慢流逝，终于，在试管内，那块石化样本发生了奇迹般的变化——裂纹逐渐扩张，石化表面开始褪去，露出里面柔软的组织，仿佛重新得到了生命的释放。
有了解除石化的药剂，挺邓派士气为之一振。
在麦格教授的安排下，波莫娜带着蒋启、韩鹏、哈利、佩涅洛珀4人一起前往放置石化患者的医护室。
期间碰到了期内普教授和吉德罗·洛哈特教授。让人意外的是，原本被认为是倒邓派的斯内普竟然帮他们掩护。
反倒是被邓布利多亲自招聘的吉德罗·洛哈特教授一反常态，竟然想阻止他们前往医护室看望患者。
不过吉德罗的魔法水平和他的写作水平成反比，蹩脚的魔法使用让他很快被打败。
一行人终于有惊无险的到达患者处，赫敏、洛丽丝夫人、科林·克里维、贾斯廷·芬列里分别通过在皮肤裸露处涂抹药剂渐渐解除石化。
而差点没头的尼克的因为是幽灵没有实体，无法直接涂抹，此时只能由蒋启使用黄泉果实效果，灵魂出窍，然后灵魂带着涂抹的药剂蹭到尼克的幽灵之身上。
随着众人纷纷苏醒，事情的也逐渐真相大白。几位患者都是因为“看到”蛇怪，而被石化。其中只有幽灵尼克是直视蛇怪被石化。
其他的要么是通过地面的水，要么是通过照相机，或者镜子看到蛇怪。所以没有死只是身体进入石化状态。
而根据几人中招的地点，推断出大概率是女厕所中存在密室。
几人分头行动，波莫娜教授要将石化已经治愈的消息告知校董会，这样蒙冤的海格和邓校长就可以回来了。
其他人则前往女厕所寻找密室入口。于此同时，罗恩急急忙忙跑来说自己的妹妹金妮失踪了。同学最后一次见她恰恰是上厕所。
所以罗恩和韩鹏几人汇合一起来女厕所寻找。
此时罗恩和哈利突然收到海格的猫头鹰传信，说是想到了一件很重要的事情，因为被禁足，所以只能哈利和罗恩去海格小屋找他。
于是密室的最终难题就只能靠韩鹏三人解决了。韩鹏通过标记的日记本感应到就在女厕所下方。然后蒋启通过灵魂感应找到了躲在柜子里的幽灵桃金娘。
通过灵魂交流才将当年尘封已久的真相揭开。
在1943年的某个时间，汤姆·里德尔在伦敦沃克斯霍尔路的一家麻瓜报刊店买到了这个日记本。
五年级时，汤姆·里德尔已经了解到自己是斯莱特林的后裔，并发现了密室的存在。他成功找到了密室的入口，并用蛇佬腔将它开启。在那之后，里德尔命令密室里的蛇怪袭击了若干学校中麻瓜出身的学生，以此清除他眼中不配学习魔法的人。最终，其中一个麻瓜出身的、名叫桃金娘·沃伦的拉文克劳女生被蛇怪杀害。里德尔利用这次谋杀，将自己的一片灵魂注入到日记本中，把它制成了自己的第一个魂器。
桃金娘遇害后，魔法部开始讨论是否要关闭学校保证学生的安全。而如果学校真的关闭，里德尔则不得不重新回到自己厌恶的麻瓜孤儿院中生活。为了阻止这一切发生，汤姆·里德尔将自己所做的一切陷害给当时正在偷偷饲养八眼巨蛛阿拉戈克的鲁伯·海格，谎称是八眼巨蛛杀死了桃金娘。海格最终被学校开除，而里德尔则获得了对学校特殊贡献奖。
海格被开除后，时任变形学教授的阿不思·邓布利多劝说校长阿芒多·迪佩特留下海格，并把他培养成猎场看守。邓布利多也对里德尔产生了怀疑，从此开始密切地监视他。里德尔知道，自己再在学校打开密室已经不再保险，于是赋予日记除魂器之外的能力，让它能够引导另一个人沿着自己的足迹，将密室再次开启。