其实对于林家，大祁皇帝是有一定的感情的，林家是文官世家，林青稚的爷爷还担任过大祁皇帝还是太子时候的老师，林青稚的父亲林清玄还曾经远去边关当军师出谋划策，当年最有名的平定叛军的冀北之战正是因为林清玄的计谋才大获全胜的，而当时的元帅就是大祁皇帝。
所以，当时林家遭人陷害虽有人暗中相助，但如果皇帝心里丝毫不念旧情的话，那也是没有办法的。
那两年朝廷正和塞外的游马族进行长战，当时左相李延声称收到线报说林家通敌叛国，李延偷偷的去了御书房向大祁皇帝禀报，请大祁皇帝暗中派人去搜查。
大祁皇帝性本多疑，心想前线这几个月的战报都不是很好，况且这左相说的有鼻子有眼的，万一真的是林家通敌叛国了的话，那可是不得了的事情啊！
大祁皇帝最终还是没有能够信任林家，或者说大祁皇帝自登基后就再也没有真正相信过谁吧。
果不其然，大祁皇帝派去暗中搜查的人真的搜到了证据，搜到是林清玄与游马族族首萨哈达来往的书信，书信里面还有一幅雁守城的战略地图。大祁皇帝大怒，将林家上上下下全都关进了大牢！
另外一个令大祁皇帝毫不犹豫下令关人的原因是：当年冀北之战的时候林清玄曾经不幸受伤，下落不明过，而当时冀北之战的位置偏北，离游马族并不是很远，还记得当时林清玄安全回归的时候并没有具体说明是谁救了他，只是说了有好心人救了他。
大祁皇帝心想：看来那个时候就是这个萨哈达救了林清玄一命啊！他这是报恩吗？哼！
大祁皇帝的心里其实还是有那种被背叛了的难过的，他当晚就去了监狱夜探林清玄，无论他质问什么，林清玄都没有说话，直到最后大祁皇帝怒斥了一声：“你居然背叛了朕啊！”
林清玄却是笑着回了一句：“陛下连真假都已经分不清了吗？”说完就只是看着大祁皇帝，不再说话。
大祁皇帝很是生气的甩了长袖就离开监狱了。
林清玄相信皇帝知道自己是被冤枉的，但是林家势力逐渐变大，已经是皇帝心头的一根刺了，有如此良机，他那么聪明的一个人又怎么会错失呢，自古无情最是帝王家！
而林清玄并没有想错，当时的大祁皇帝是真的以为林清玄背叛了，但后来冷静下来也明白此时十有八九是栽赃，但是为了权力，他决定牺牲林家，牺牲这个曾经并肩作战的朋友，而乌验司也得出三封信件都是出自一人之手，即林清玄所写，这本来正合了大祁皇帝之意，但是后来乌验司本不管这件事的张执掌却意外发现了字迹有不同之处。
被发现的信封有三封，前两封确实是林清玄的字迹不错，但是最后一封信却不是！虽说第三封信模仿的很像，但是既然是模仿的总会有不同之处的。而这个张执掌的证词一出来后，朝廷上马上出现了很多为林家说话的声音。那些上奏说林家如何立下大功的奏折勾起了大祁皇帝心里的回忆。
最后大祁皇帝认为林家虽然通敌叛国的罪名是被栽赃陷害的，但是如果他没有与萨哈达有交往又怎么会被有心之人加以利用，而且这个罪名现在不成立不代表以后他——林清玄不会叛国！
况且就这么巧吗，本来都已经是铁板上不会变的事实了，却杀出了一个程咬金来，说是发现了新证据，一看就是这个林家背后有人啊。
总的一句话：朕不信任你了！
最后林家上下有官职的都被革去了官职，并且林家再也不能参加科举入朝为官！
知道结果的太子并不满意，但是也很无奈，皇帝好像有点怀疑到了他的身上，所以太子暂时放弃了弄死林青稚，隔了差不多一年才去掳走林青稚来威胁祁央乐。